2月10日，蒋介石约请部分国民党高级干部谈话， 专就政协宪草案表示了意见。他以当时对宪草案“虽有不同意之处，党亦只好为所派遣之代表负责”为理由，将该案通过推为代表个人行为，作否认之借口。他认为宪草决议“窒碍甚多”，“不合党纲，不适国情”，“不足以服党内同志之心”，对宪草原则表示了全面的反对意见。蒋特意作一番此地无银三百两式的表白，即他过去没有就此发表意见，是“恐有人以为余有希望作总统之意，而所言者乃为自身打算”，而最后他“深望今日在座之各位老同志，于此次宪草审查委员会开会时，尽保障三民主义五权宪法之责任。”（注：《总统蒋公大事长编初稿》卷6（上），41 -43页。）蒋的这番谈话，是对政协决议的实际否定，并鼓励了党内反对派的活动。
    3月1日，国民党六届二中全会在重庆开幕（注：六届二中全会是决定国民党战后政策方针最重要的会议之一，对其前因后果之研究以邓野《国民党六届二中全会研究》（《历史研究》2000年1期）较为充分。）。蒋介石在开幕词中表示将实行“和平建国”的方针，但他也为国民党的反复预留伏笔。他强调：其一，国民党是“在不违背革命主义，不动摇国家法统之下，不惜变通总理关于建国程序的遗教”而得到有关宪政的协议。此处为国民党设立了底线，即“主义”和“法统”，至于对此如何解释，则全取决于国民党自己，而有关“变通”总理“遗教”的说法，恰恰呼应了党内反对派的意见；其二，国民党“还负有捍卫主义、保障民国的特殊义务”，“在宪政实施以前，我们在法理上与事实上，还不能诿卸我们对于国家所负的责任。”（注：中国国民党中央执行委员会秘书处编《中国国民党第六届中央执行委员会第二次全体会议记录》，1946年，6-7页。）这仍然是将国民党凌驾于其他各党之上，足以引起他党之疑虑与反对。
    六届二中全会对战后国民党施政方针进行了全面检讨，尤其是围绕政协以及由此产生的对共关系、宪草修改等问题，进行了激烈争论。强硬派人物，如张继、邹鲁、谷正纲、潘公展、方治、刘健群等极为活跃，他们在发言中要求中共“放弃割据之政权”，“放弃武力争权之野心”，指责国民党政协代表让步过多。政协宪草决议尤为强硬派反对之焦点，他们坚持五权宪法“不容率予变更”，主张实行总统制，国大“不应约束其权力”（注：《中央日报》（重庆）1946年3月8日。）。主张对苏对共缓和的宋子文、王世杰等成为众矢之的，孙科、张群、张治中等人亦噤口不言，以免成为攻击对象，只有邵力子就宪草决议“说明当时不得不有此谅解之苦衷与彼个人之见解”（注：《在蒋介石身边八年》，597页。）。 从旁观察的美国人亦认为，二中全会“最突出的地方就是对政协决议的攻击以及对国民党政协代表们个人的攻击……总言之，是对整个政协决议的不满，但不满的焦点却集中在关于修改宪法的协议”（注：中共江苏省委党史工作委员会、中共南京市委党史资料征集编研委员会、中共代表团梅园新村纪念馆编《中共中央南京局》，中共党史出版社，1990年，480页。）。
    二中全会如此激烈的争论，亦出乎蒋介石的意料。他对会议几近失控不满，感觉党内如此互相攻击，对国民党自身形象和地位未必有利，因而不能不表明自己的态度。3月4日与11日，蒋介石两次在演讲中表示，“这次政治协商会议的召集，完全由我负责，你们不能责备负责政协的八位代表”；“至于政治协商会议对‘五五’宪草修正的原则，违反三民主义五权宪法与党纲的地方，我们自然不能接受”；强调“我决不会不忠于党，不忠于主义，而且绝不肯违反了总理遗教的”（注：《先总统蒋公思想言论总集》21卷，262、266-267、272页。）。蒋的上述表示具有两重意义。一方面，他对党内强烈的反政协情绪予以警告，以保证全会至少在表面上不通过反对政协的决议；另一方面，他又为党内反对政协决议的主张预留地步，尤其是在宪草问题上。前者是做给美国人和舆论看的，后者是在实际上必须坚持的。
    在蒋介石一打一拉的操控下，六届二中全会总算得以正常进行。16日，全会通过《对于政治协商会议之决议案》。该案对于政协决议并未明确赞成抑或反对，但将政治民主化的责任完全诿之于中共，要求中共“使政治民主化之原则不致因任何障碍而不能普遍实现”，而对自身责任只字不提。更重要的是，决议提出“所有对于五五宪草之任何修改意见，皆应依照建国大纲与五权宪法之基本原则而拟订，提由国民大会讨论决定”（注：《中国国民党第六届中央执行委员会第二次全体会议记录》，118页。 此次全会同时将宪草原则具体化为：国民大会应为有形组织；立法院对行政院不应有同意权及不信任权；监察院不应有同意权；省无须制定省宪（《中央日报》（重庆）1946年3月17日）。 从而在实际上否定了政协宪草国会制、责任内阁制与省自治的原则。）。综观该案全文，在对政协决议非常暧昧的文字中，独独对于宪草原则有如此明确的表述，显示国民党势将以此为借口，为政协决议的实行制造障碍。而这样的决议还是在蒋介石公开表态之后才得以勉强通过，可见国民党内对政协决议反对声浪之强烈。
    3月17日，国民党六届二中全会闭幕。紧接着， 国民党控制的民意机构国民参政会于3月20日至4月2日召开四届二次会议。4月1日， 蒋介石在会上发表演讲称：宪法的最后决定权属于国民大会；在宪法未颁布前，训政时期约法根本有效；政协本质上不是制宪会议，其关于政府组织的协议，本质上不能代替约法。参政会因此通过关于政协的决议，声称：国家法统，不容中断，政府扩大组织，尤应以国家利益为重；宪法制订原则应根据三民主义和五权宪法理论（注：《中华民国重要史料初编》7编2册，496-498、267页。）。 国民党六届二中全会决议因此而附上了“民意”招牌。
    六届二中全会为国民党战后政策决定了基本框架，然而此次会议未能在政治民主化方面带来任何新东西，相反，会议对政协决议实际的否定，使刚刚开始的民主化进程面临停顿以至夭折的现实可能，同时也为寄希望于民主化的社会各界心中抹上了重重阴影。民盟主席张澜认为，二中全会“目的无非在维持国民党一党专政的实质与形式，把各党派参加政府变成请客。所以国民党二中全会违反政协的决议”；国社党主席张君劢认为：“国民党内有少数人希图采用总统制是不对的”；无党派人士邵从恩认为：政协决议是全国都赞成的，中国目前的问题，除此也没有可以解决的途径。即使与国民党较为接近的青年党领袖陈启天也认为：应将以政协宪草原则起草的宪法交国大讨论，如果有几个草案同时交国大参考，徒引起纠纷（注：《评二中全会》，学习知识社，1946年，15-18页。）。
    对国民党六届二中全会做出强烈反应的首推中共。由于国民党的态度对政协决议能否顺利实行具有举足轻重的作用，因此中共一直密切关注着国民党中央全会的动向。可是会议的结果却使中共非常失望，国民党实际抛弃了政协决议的精神和内容，使本就因长期对立而缺少互信的国共两党之间，再次出现了信任危机。中共感觉国民党的不可信，必然要相应调整自己的政策，而中共的政策调整又会反馈给国民党，导致国民党政策的更向右转，国内和平的前景由此而趋黯淡，而这一切不能不说自国民党二中全会始（注：国民党中央秘书长吴铁城曾说，千不该，万不该，国民党最不该。一不该，较场口；二不该，二中全会；三不该，东北纠纷，致把政协议案搁起（《黄炎培日记》，1946年6月18日，引自《中华民国史资料丛稿》增刊5辑）。）。