至此，冯玉祥及国民军与国民党及广东国民政府的关系已经明确。国民军已从北洋军阀集团分化出来，转化为有比较明确的政治纲领、接受孙中山三大政策、站在国共合作旗帜下的革命武装力量。国民军的上述转化，是在1926年5月至7月底完成的。9月17日， 冯玉祥回国后在内蒙古五原举行“誓师”，只不过是把上述的一切公布于世而已。
    冯玉祥及国民军投身于第一次国内革命斗争，使南口大战的性质发生了根本变化，即由北洋军阀集团内部的混战而演变成第一次国内革命战争的重要组成部分。冯玉祥在加入国民党后，就明确地认识到了这一点。5月下旬， 他在苏联发表讲话说：“国民军大致可以说为国民党的目的而战”（注：《国民日报》1926年5月28日。）。 冯玉祥虽然身在苏联，但仍然牢牢地控制着国民军，并通过苏联的外交途径，不断对南口战事下达指令。7月下旬，他致信张之江，说北伐军已进攻两湖， 要国民军坚守南口，以牵制吴佩孚。冯玉祥已认识到南口战役配合广东国民政府北伐的战略价值。
    吴佩孚再起之后，拼凑的兵力号称有20万人。他率其嫡系精锐北上攻打国民军，计有6个师另12个旅，共10万余众。 所余在两湖的仅为地方杂牌军，这就给广东国民政府北伐造成了有利的战略时机。 6月初，广东国民革命军为援助唐生智而进入湖南，将叶开鑫击败。吴佩孚仅令湖北鄂军驰援，自己想在打败国民军后再南返，但因直军在南口连遭败绩而不能脱身（注：《晨报》1926年6月29日。）。6月15日，广东国民革命军第四军进逼长沙。吴佩孚在长辛店虽然焦急万分，但仍不肯动用在南口主力的一兵一卒，只是派才收编的原唐之道的两个旅自直隶大名南下救急。7月1日，广东国民政府公开发表北伐宣言，并于7月9日誓师出征。 7月12日，北伐军攻克长沙。国民军在南口苦战给广东国民政府造成最佳战机，使其由最初的援湘而转为公开的宣言北伐。孙传芳比吴佩孚清醒，认为直系战略南重于北（注：《晨报》1926年7月2日。）。但是，吴佩孚复仇心切，必欲将国民军全歼而后快；又怕南下失去抢夺与操纵北洋中央政权的机会，故仍在长辛店坐视不动。8月15日， 国民军从南口撤退。8月19日，北伐军攻克平江、汨罗，22日占岳阳。 此时，吴佩孚才匆匆只身南下，于25日赶到汉口。他虽然急令直军主力南下增援（留下5个旅）， 但大部因没有军车等原因迟迟没有开拔，行动较快的一部于9月15日才赶到郑州。但是，北伐军早已于8月27日攻占汀泗桥，29日克贺胜桥，直抵武昌城下了。吴佩孚败局已定。
    广东革命政府北伐时，总兵力仅为10万人，且大部未经过改造。其对手直奉军阀（包括孙传芳）总兵力达75万人以上。因此，国民军在北方的举止对全国政局有举足轻重之作用。它首先吸引了直奉军阀的全部注意力，继而在南口牵制了直军的主力，使其顾此失彼。北伐军在两湖的胜利，也是国民军在南口一线数月苦战的直接成果，这是不能抹杀的。因此，第一次国内革命战争的北伐实际上有南北两个战场，北方南口大战的历史地位不应忽视。
    冯玉祥在是年9月说：“一失南口，一得武汉，其所失者少， 所得者多。在同志方面计，实已战胜敌人”（注：“致张之江共图大计电”，《冯玉祥政治要电汇编》卷1，北平东方学社，1933年，71 页。 ）。1928年7月9日，蒋介石在追悼南口阵亡将士大会上发表演讲，充分肯定了南口战役的功绩。他说：“当革命军自粤出发，未几下桂趋湘，彼时正值西北革命同志，与反革命者激战南口。赖诸烈士之牺牲，直军不能南下守鄂，北伐军才长驱北上，冲破长岳。后日西北同志，先退绥甘，而北伐大军已以破竹之势，消灭反动势力，建立政府于武汉。是北伐成功，多赖南口死难之烈士。革命同志，幸勿忘之也”（注：《国民军史稿》（下），491页。）
    国民军从南口撤退后，实力大损。1926年9月16日， 冯玉祥从苏联回国，在五原公开宣布参加国民革命（注：“就国民军联军总司令通电”，《冯玉祥政治要电汇编》卷1，70-71页。 ）。他在中国共产党人帮助下整顿国民军，采纳李大钊“固甘援陕，联晋图豫”的战略方针（注：于志恭：《关于冯玉祥吊李大钊的诗》，《人物》1980年4辑，102页。），率部取道宁夏、甘肃，进军陕西，打败刘镇华的“镇嵩军”，一举解除长达8个月之久的长安城围。1927年5月，国民军联军出兵潼关，从侧翼牵制直奉军队，使其无力从河南反扑湖北。5月底， 国民军联军会合北伐军打败了直奉军队，在中原胜利会师，开创了国民革命的新局面。至此，国民军的历史也宣告结束，被国民革命军第二集团军的番号所取代（注：《中华民国史事日志》2册，209页。）。
    冯玉祥及国民军能与北洋军阀决裂，参加第一次国内革命战争，主要是两方面原因促成的。首先，这是因为国共两党长期以来对冯玉祥所做艰苦细致的工作使他对国民革命有一定的认识。所以，冯玉祥的转变是大革命中错综复杂阶级力量重新组合的直接反映；此外，冯玉祥虽然与阎锡山等其他军阀的易帜投机有本质的不同，但在其政治态度转变中被逼迫的成分仍占有很大的比重，其政治思想的基础很不牢固。冯玉祥是在旧军阀意识没有得到根本改造下投入革命战线的，认识到这一点，就不难理解他为什么又迅速蜕化为国民党新军阀了。