如果说以上讲的只是个别事例的话，那么下边就是整个学术界和全体学科了。在《地理与文明之关系》的前言中，梁启超说：“程子谓读书为玩物丧志。此语在今日，几于为世诟病矣。虽然，今之学者，其能免于此四字之诮者几人哉！旧学之训诂家、金石家、词章家，不必论矣，即今所谓涉猎新学，研究西学者，亦大率取其形质，遗其精神。若是，则虽博士多于鲫，而于国民之进步无当也。吾恐中学之八股家考据家去而西学之八股家考据家又将来矣。是以鄙人叙论诸学，恒取其于精神上有关系者，欲读者因之而悟读书致用之法。”（注：《饮冰室合集·文集》之10，第106页。）看来，学科结构变了，学术内容变了，但经世致用的传统不能变，这仍然是梁启超对待新学的根本态度。在梁启超晚年于南开大学讲述《中国历史研究法》时，他曾经提倡过“为学术而学术”、“为历史而历史”的问题，大批孔子治史而高悬经世之目的（注：《饮冰室合集·专集》之73，第31页。），在其他场合，也谈过做学问，最好要做个书呆子的问题，但他为何这样提，也许有两个原因。其一，他对于包含自己弟子在内的一些学生急于从政，特别是投靠军阀来鱼肉民众大为不满，不仅自己表示要远离政治，而且也要求学生好好读书；其二，这也许是对他早年在宣传文学革命、史学革命、宗教革命乃至整个学界革命时，为了一时的政治需要而不惜牺牲学术本身的科学性的反思。但无论如何，“为学术而学术”、“为历史而历史”的观念在梁的一生中，是一闪而过的念头。不久他便在《中国历史研究法（补篇）》中说：“无论研究何种学问，都要有目的。什么是历史的目的？简单一句话，历史的目的在将过去的真事实予以新意义或新价值，以供现代人活动之资鉴。”又说：“现在人很喜欢倡‘为学问而学问’的高调，其实‘学以致用’四字也不能看轻。”（注：《饮冰室合集·专集》之99，第5、10页。）“不能看轻”之意，就是必须坚持。
    这儿有必要说明一下梁启超“学术应该为现实的社会运动服务”的观点对其关于“学科结构”认识的影响。梁启超在早年曾受到过“中体西用”说的影响，而“中体西用”实为以易经为体、以其他经史为用和以儒为本、以其他子学为末流学科结构的“末代”表述。后来他反叛了，而现在他又非常清晰地按照西方学科的分类来待各学科的关系。特别是他后来所写的《学与术》一文，明确提出了每门学科自为体用的观点（注：在《学与术》一文中，他说：“学也者，观察事物而发明其真理者也；术也者，取所发明之真理而致诸用也者。”文中引生计学家沃尔格之言：“学者术之体，术者学之用，二者如辅车相依而不可离。”足见他已从根本上扫除了“中体西学”的观点。见《饮冰室合集·文集》之25（下），第12页。）。这一观点意味着不同学科之间的关系是平等的。但是在另外一方面，各学科在与政治、与社会的现实运动之间，却有一个主从关系问题，学术要服从和服务于政治、服务于社会的现实运动，这样的现实生活中往往就会形成在不同学科之间有主有从的现象：哪门学科最接近于现实的社会运动，那门学科就最为重要；哪门学科离现实的社会运动较远，那门学科就会被挤到边边角角。这实际上会造成政学为本，其他学科为末的情况，看来，《新民丛报》以“广罗政学理论，以为智育之原本”，正是他这一思想的反映。对此问题，严复在此时却有着较为清醒的主张。1902年严复在国内的《外交报》上又发表了著名的《与〈外交报〉主人书》，其中谈到：“政本艺末也，滋所谓颠倒错乱者矣。且其所谓艺者，非指科学乎？名、数、质、力四者皆科学也。其通理公例，经纬万端，而西政之善者，即本斯而立。……是故以科学为艺，则西艺实为西政之本。设谓艺非科学，则政艺二者，乃并出于科学，若左右手然，未闻左右之相为本末也。”（注：王栻主编：《严复集》第3册，〔北京〕中华书局1986年版，第559页。）
    其次，梁启超认为现代学术的基本精神是“自由”。这是他摆脱旧经学传统的根本所在。在《保教非所以尊孔论》一文中，他开篇就说：“此篇与著者数年前之论相反对，所谓我操我矛以伐我者。”他所要伐者是什么？是“我中国学界之光明，人物之伟大，莫盛于战国，盖思想自由之明效也；及秦始皇焚百家之语，坑方术之士，而思想一窒；及汉武帝表章六艺罢黜百家，凡不在六艺之科者，绝勿进，而思想又一窒；自汉以来，号称行孔子教二千余年于兹矣，而皆持所谓表章某某，罢黜某某，以为一贯之精神”（注：《饮冰室合集·文集》之9，第50、55页。）。而在今日他所主张者又是什么？是他给康有为的信中所明确表示的说：“弟子以为欲救今日之中国，莫急于以新学说变其思想（自注：欧洲之兴全在此）……孔学之不适于新世界者多矣，而更提倡保之，是南辕而北辙也。先生所示自由服从二义，弟子以为行事当兼二者，而思想惟有自由耳。思想不自由，民智更无进步之望矣。”（注：梁启超光绪二十八年四月《与夫子大人书》，转引自丁文江、赵丰田《梁启超年谱长编》，第277-278页。）后来在《清代学术概论》中他特别强调了此次思想大转折的意义：“此诸论者，虽专为一问而发，然启超对于我国旧思想之总批判及其所认为今后新思想发展应遵之途径，皆略见焉。中国思想之痼疾，确在‘好依傍’与‘名实混淆’。若援佛入儒也，若好造伪书也，皆原本于此等精神。以清儒论，颜元几于墨矣，而必自谓出孔子；戴震全属西洋思想，而必谓出孔子；康有为之大同，空前创获，而必自谓出孔子，及至孔子之改制，何为必托古，诸子何为皆托古，则亦依傍混淆也已。此病根不拔，则思想终无独立自由之望，启超盖于此三致意焉。然持论既屡与其师不合，康、梁学派遂分。”（注：《饮冰室合集·专集》之34，第65页。）对于梁启超以是否“自由”来区分古今学术的界限，美国研究梁启超的著名学者勒文森曾给予极高的评价，认为这是他真正理解了现代学术的真谛而使其思想进入了新的阶段（注：〔美〕勒文森：《梁启超与中国近代思想》，刘伟等译，〔成都〕四川人民出版社1996年版，第125-126页。）。
    学术必须为现实的政治服务，学术研究又必须自由，这两者存在着矛盾吗？有一种理论认为它们并不矛盾：后者讲的是研究主体应该坚持的精神状态，以及不受外在的政治和其他因素的干扰而只忠实于研究问题本身的特性；前者讲的是学术成果的社会功能。其实，说两者没有矛盾，只是一种纯理论分析，或者说只能从宏观上看待两者的关系才是这样。在任何社会，学术的发展都会推动精神文明和物质文明的进步，而社会的发展也反过来促进学术的发展，这是一个客观的必然的过程，由人来特别“提倡”是这样，没有人来“提倡”也是这样。然而从具体的和即时的现实看，两者往往存在着程度不等的矛盾，而且社会文明程度愈低其矛盾也就愈大。从学者这方面来说，其研究意志的自由并不意味着他所得以的结论就必然“正确”，在相当多的时候，其结论或是不完善的，或是不正确的；若怀有急功近利之心，过分强调学术为现实服务，把此不完善、不正确的东西用于社会，这就必然给社会带来不良的后果。而从社会运动的领导者和决策者来说，他们在决定社会政策时，除了要注意决策的科学性之外，更要考虑社会各阶级、阶层、集团间的利益关系，更何况他们也会像普通人一样难免会存在一些认识的局限或偏见，从历史的经验看，强调学术为现实服务，很多情况下就是要求学术作某一政治决策的“注脚”，如果统治阶层所制订或执行的政策是正确的还没有问题，如果包含着不完善、甚至属于完全错误的决定，那么要求学术为它作“注脚”就无疑是扼杀了学术的生命。因而，社会愈文明、愈发达、愈“现代化”，愈要求学术研究与社会活动的分离：学术研究是自由的和自主独立的，而作为社会宏观运动的决策者也是自由的和自主独立的；学术的研究者可以自由的发表意见，社会活动的领导者和决策者可以在众多的学术成果中选择自认为合乎社会需要的学术。固然，这是一种理想状态，但这毕竟是历史发展的一种趋势。而就中国学者来说，最早认识到这一点的是严复，他在1898年就发展过《论治学治事宜分二途》的文章，可惜的是，严复的主张如泥牛坠海，不仅未能引起梁启超的注意，而且整个中国学术界也漠然处之，这表明至少在梁启超的时代，将学术研究与社会运动特别是社会的政治运动相离的时代还未到来，各学科之间也不可能处在平等的地位上。严复的言论，并非针对此时梁启超的思想而发，但可以看出，他的思想要比轰轰烈烈的梁启超更为冷静，但话要说过来，他的影响就远远不如梁启超那样广泛、那样深入人心了。