但是到了咸同年间，这一制度遭到严重破坏。在镇压太平天国及其他农民起义的过程中，地方督抚及统兵大员自行募勇、自行筹饷，事先“均未奏咨备案，随营员弁亦不报部存查，扣旷扣建，纷纭谬葛，无从清厘。各路统兵大员肆意专擅，非不知事后报销无凭，核算必成不了之局。”[22]（P8262）据咸丰十年（1860年）四月上谕指出：“广东自道光三十年起……仅将二年军需奏报一次，余均系笼统约略之数。其历年防剿处所，调派兵勇及动用粮饷若干……事逾十载，总未造报。节经该部奏催，置若罔闻……著劳崇光、耆龄查明历任司道及办理军务各员，先行奏参，交部严加议处。一面将该省叠次防剿处所支用军需确实细数，按限分析造册报销。”[4]（P26）当时缺乏奏销的省份，并不限于广东一省，用兵各省普遍存在此种现象。如钦差大臣曾国藩在湖北督师时曾指示江西巡抚毓科，称：该省“银项应奏应题者，须倍加慎重，以少奏为是。或挈列敝衔先行寄稿函商定妥，再行拜发，或称江浙向以全力供给向帅、和帅大营，今江西以全力供应曾某大营云云，可少免于大司农之驳诘。”[11]（P9）这一指示表明，包括曾国藩在内的统兵大员都不向中央户部汇报各地军费收支的真实情况，其他官员在财政收支方面相互包庇、弄虚作假的行为，就更可想而知了。这种欺上瞒下的现象迫使户部于1864年7月宣布：当年7月以前各项军需用款报销免造细册，以后需按期上奏报销，并宣布下不为例。但各地督抚及统兵大员并未理睬，军需用款仍“每积数年而一销，或数十年而一销，其银数动至数百万、千数百万不等。”[24]1881年户部被迫再次宣布此前军需善后用款免造细册，开单报销，此后应重新办理奏销事宜。[22]（P8266）
    当时，各省不向中央办理奏销者，并不限军需用款一项，其他用款报销制度也渐趋废弛。光绪以后，各省为了应付中央的财务检查，兴起了一种新的报销形式--内外销。即把部分与“则例”、“成案”相符，上报中央的款项，谓之“内销”；与之不符，不报中央者，谓之“外销”或“融销”。外销之款存在问题最多的是厘金开支。据光绪六年（1880年）户部奏称：“近年以来，核计（厘金）抽收数目，适形短征……隐匿挪移，在所不免。至于局用一项，或以一成开支，或正厘一两，收办公银八分；或则支销项下并无经费名目。查应出之数匿不开报，则所报收数不实不尽可知。”[14]（P5491）这种匿报、浮开的现象，极大地削弱了中央对全国财政收支情况的了解和管理。到了清末，有人曾这样描述户部与各省之间的财政关系：“户部虽为（钱粮）总汇，而各处之虚实不知也。外省所报册籍，甲年之册，必丙年方进，已成事后之物，更有任催罔应者，孰应准、孰应驳、孰应拨、孰应停、孰应减、孰应止，皆未闻部中下一断语，皆以该督酌量办理，兼筹并顾一统之词而已。”[25]更有甚者，有的省份奏销不造细册，仅开一张“清单”，开支巨款，或三四百万两，或数十万两不等。督抚们在用款时曾奏明有款立即归还，但到归还时多半借口与洋人交涉，比内地情形迥殊，无凭造册，故“借洋务二字为开支巨款之地”。这种任意开支，不按财务制度办理的现象表明，咸同以后清朝钱粮奏销制度已达到十分混乱的程度。
    第三个后果是中央户部对地方各省的财政支配与控制名存实亡。就财务组织机构而言，原有的藩、道、府、县等，咸同以后仍旧存在，但它们的职权，大部分已转移到督抚们新设置的财务机构中去了。例如山东、广东等省的“善后局”，实已取代了藩司权力的大部或全部。其他各种新设局所，也多侵夺了原有衙门的职权。这种现象表明，咸同以后督抚的财权已大于户部；各地新设各种机构的权力也大于原有的衙署。在这种情况的干扰下，地方行政、兵权与财权等，实际上都非中央政府所能完全控制。再就财政拨款而言，户部已不能向从前那样从某处某款项下拨解若干。相反，督抚们不仅可以向户部“讨价还价”，而且常常迫使户部放弃成命而屈从地方的意见。同治三年（1864年），户部因财力匮乏，向两江总督曾国藩索要淮南盐课，曾氏闻讯后，提出诸种“理由”，拒绝其增税要求。次年，户部又令江苏巡抚李鸿章匀拨两淮盐厘三四成解部，以解中央燃眉之急。李氏仅答应略增加该省财政上缴数额，而盐厘征收使用则不容户部染指。光绪六年（1880年），户部欲改两淮盐法，令票商按年捐缴“票本”若干助饷，取消过去循环贩运、据世为业的征课办法。署理两江总督吴元炳对此不表同意，果然不能推行，后仅由两淮盐商一次性捐银百万两而维持原来的征课办法。[14]（P893）
    总之，咸同以后，清朝原有的京饷、协饷、奏拨、奏销等制度，以及原有的藩、道、府、县等机构，虽仍旧存在，但按其实际，却早已“貌合神离”了。这种情况正如同治三年曾国藩所言：“我朝之制，一省所入之款，奏明所候部拨，疆吏不得专擅。自军兴以来，各省丁漕等款，纷纷奏留，供本省军需。于是，户部之权日轻，疆吏之权日重。”[26]曾氏所言，清朝中央财权旁落、地方财权膨胀的局面是由咸同年间战乱引起的。那么试问，战乱平息以后，清廷为什么不能恢复旧制，而将全国财政的管理、征收、使用等大权重新收归中央呢？究其原因固然是多方面的，但有一点可以肯定，同光年间，内忧既除，外患又至（如1873-1875年的东南沿海危机、1876-1878年收复新疆的战争、1884-1885年中法战争等），清廷仍不得不仰赖于地方督抚手中的勇营保护，自然无法收回已失去的财权。不过此时，地方督抚们行为上虽尽力摆脱清廷的控制，但由于纲常礼教和“君臣大义”的束缚，表面上仍不能不尊重朝廷的“体制”。这就是咸同以后中央集权财政管理体制瓦解而没有最终崩溃，清廷还得以重振纲纪、苟延残喘数十年的重要缘故。
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