关于高句丽始祖问题，似乎不应有何歧义。只是《三国遗事》一书，方有高句丽始祖朱蒙为檀君之子的说法。据考，从汉文典籍到《好太王碑》、《高丽大王冉牟墓志》，均记朱蒙为日之子，河伯外孙，为感日卵生，这可以说是铁证如山。《三国史记》虽然记述天帝子解慕漱曾“私”柳花，但柳花仍因“日影又逐而照之，因而有孕”。在《三国史记·高句丽本纪》中记二十八代王，有九代王（《三国史记》引《古记》作十代王）“如卒本，祀始祖庙”。
    大武神王三年春三月，“立东明王庙”。
    新大王三年，“秋九月，王如卒本，祀始祖庙”。
    故国川王二年，“秋九月，王如卒本，祀始祖庙”。
    中川王三十三年，“王如卒本，祀始祖庙”。
    故国原王二年，“王如卒本，祀始祖庙”。
    安臧王三年，“王幸卒本，祀始祖庙”。
    平原王二年，“二月，王幸卒本，祀始祖庙”。
    荣留王二年，“夏四月，王幸卒本，祀始祖庙”。
    “国之大事，惟祀与戎”，高句丽自不能例外，对其祖庙的祭祀乃是国家头等大事，自然十分隆重而庄严。
    《好太王碑》：“邹牟王……然后造渡于沸流谷忽本西城山上而建都焉。”
    《魏书·高句丽传》：“与朱蒙至纥升骨域，遂居焉。”
    《三国史记》：“朱蒙……与之俱至卒本川（《魏书》云至纥升骨城），……遂欲都焉……四年……秋七月，营作城郭宫室。”
    《三国遗事》：“东明继北夫余之后而兴，定都于卒本川，为卒本夫余。”
    可知，朱蒙建国于卒本“西城山上”，始称卒本夫余。沸流水即今之富尔江。“富尔江发源于兴京之金厂崖，长约三百里，自北而南……土人以河流甚急，中多巨石参差错列，水激石鸣，故呼曰响水河子。”（见《桓仁县志》）“此富尔江当因水激石鸣，而古代称之为沸流水。”（孙进己等主编《东北历史地理》第一卷，黑龙江人民出版社1989年版，第262页）沸流谷即富尔江之河谷， 卒本（忽本）即今吉林省桓仁县，卒本川即今浑江，“忽本西城山上所建之都”，“应是今桓仁五女山城”，亦即《魏书·高句丽传》的“纥升骨城”。“可以确定五女山山城不是国内尉那岩城，而是纥升骨城”（同上书，第264页）。 可知卒本为高句丽始祖朱蒙始建都之地，所以其后代王在即位之初均到卒本，拜谒祭祀由大武神王所立的“东明王庙”。高句丽及其国家所奉始祖是朱蒙，而非他人。朱蒙之上再无祀。“在高句丽，除卒本城的始祖祠堂外，还有许多地方兴建了祭祀东明王的祠堂。但从记载上出现的后世高句丽王一直去卒本祭祀始祖祠堂一事来看，可知始祖祠堂仍在卒本，而且高句丽封建统治阶级也是重视在卒本的始祖祠堂举行祭祀的。”“高句丽对东明王的祭祀，此外还见到与祭天活动紧密结合进行的情况。”“作为国家性的例行活动对东明王进行祭祀，还通过祭天活动进行祭祀。这表明祭祀东明王乃是高句丽重要的国家仪式之一。”（〔朝〕姜世权著、赵本宣译《关于东明王祠堂》，《东北亚历史与考古信息》1996年2期）
    《三国史记》按语引《海东古记》：“或云始祖东明，或云始祖优台，《北史》及《隋书》皆云东明之后有仇台，立国于带方，此云始祖仇台，然东明为始祖，事迹明白，其余不可信也。”
    据上可知，高句丽族及国家自有谱系，其所祀者唯其始祖东明，与古朝鲜不相及。
    在王氏高丽王朝期间，未见祭祀檀君始祖的记载。在李朝时代，明太祖二十五年（1392年），“冬，（李）成桂……并请更国号，帝命仍古号曰朝鲜。”（《明史》卷320 《朝鲜》）按李成桂于明太祖二十四年（1391）“自立，遂有其国”，是为李氏朝鲜。在李朝建立之始，--1392年8月，“令平壤府祭祀檀君”，又于1412年6月，把檀君列入《祀典》之中。1413年确定檀君祭祀为“从祀”级。于1429年另建檀君祠堂，进行祭祀。（〔朝〕姜世权著、赵本宣译《关于东明王祠堂》，《东北亚历史与考古信息》1996年2期）
    正如朝鲜学者指出的：“在高丽统治阶级认识到高句丽的强大及其始祖东明地位后，便力图通过为他在平壤建立祠堂进行祭祀，来提高高丽国家的权威，巩固自己的统治。李朝的统治阶级也从这一目的出发，在李朝建立之后不久便商定了历代始祖王的祭祀问题，力图提高自己的地位，以此来夸耀自己王朝的‘正统性’。”（同上）
    李朝把东明王与檀君共祭：“今君（按指世宗）十一年己酉方始设置（檀君祠堂），与高句丽始祖东明王共祀于一祠堂。檀君位西，东明位东，均南面。每年春秋两季，赐下香烛及祝文，进行祭祀。”“（国王）去檀君、高句丽始祖前进行祭祀。问承旨洪应：‘高句丽始祖为谁？’洪应答曰：‘是高朱蒙’。王说：‘三国中高句丽异常强大’。”（同上）
    从上述比较研究可知，高句丽与古朝鲜不是同一文化系列，而从《三国史记》、《三国遗事》出现起，出现一种把高句丽纳入古朝鲜文化范畴的思潮，并认为高句丽始祖朱蒙出于檀君，为“檀君之子”，以便构成古朝鲜历史文化谱系，正是“起因于李朝封建国家的统治阶级，树立异常强大的高句丽，以提高自己王朝的威信，强调自己的‘正统性’”。（同上）这正是典型的政治目的论所造成的历史歪曲现象。
    关于檀君神话
    我们已在上文转录了《三国遗事》著录的檀君神话，并与高句丽族源神话等作了比较研究，后在《帝王韵记》、《东国李相国集》、《世宗实录》等朝鲜古籍中有内容大同小异的记录，又如朝鲜史籍《东国通鉴》：“东方初无君长，有神人降于檀木下，立为君，是为檀君，国号朝鲜，唐尧戊辰岁也，至商戊丁八年入阿斯达山为神。”
    《东史》：“夏禹十八年会诸侯于涂山，檀君遣子扶娄朝焉。”（按《史记·夏本纪》：“十年，帝禹东巡狩，至于会稽而崩。”今本《竹书纪年》作“八年，会诸侯于会稽……帝陟于会稽。”与《东史》所记不符。）
    《五旬志》：“古有九夷，其君自檀君始。”
    《纪寿四闻录》：“檀君化行有年，九夷共尊之，立为天王。”
    《八域志》：“古时有神人，化生于平安道价川县妙香山檀木下石窟中，名曰檀君，遂为九夷君长，年代子孙不可记。”
    《龙飞御天歌》：“唐尧戊辰岁，神人降于檀木下，国人立为君，都平壤，号檀君。”
    《朝鲜史略》：“东方初无君长，有神人降于太白山檀木下，国人立为君，国号朝鲜，都平壤，徙白岳，后入阿达山为神，是为檀君。”
    一般朝鲜古籍均删除《三国遗事》中的神人桓雄与熊女、熊女与檀树交合生子的所谓“不雅驯”文字。殊不知，这正是这则神话最重要的文字，删除了它们，就失去了这则神话的原始性与神话特征，影响了这则神话的文化内涵。
    《三国遗事》所引《古记》的檀君神话，本体可分三个部分内容。
    第一部分内容为天神桓因庶子桓雄“数意天下，贪求人世”，桓因因之派遣桓雄下降人间，这是桓雄下世的起因，所谓天界、人间，充满萨满文化气息；而所谓“数意天下，贪求人世”、“天符印三个”，却有佛道思想的意味。
    第二部分桓雄天王降神太伯山顶神檀树下，并趋使风伯、雨师等天神地祗管理人间世界，这是桓雄以大巫神、大萨满的面貌支配人间诸神祗事，桓雄成为主宰人间的大神。而风伯、雨师、云师诸神祗，则是华夏--汉文化的产物。
    据考：《山海经·大荒北经》：“蚩尤作兵伐黄帝，黄帝乃令应龙攻之冀州之野。应龙畜水，蚩尤请风伯、雨师，纵大风雨，…”
    《韩非子·十过》：“昔者黄帝合鬼神于泰山之上，……风伯进扫”
    知风伯为黄帝时的风神。
    雨师又称k5i404.jpg翳、屏翳、玄冥。
    《楚辞·天问》：“k5i404.jpg号起雨，何以兴之？”王逸注：“k5i404.jpg，k5i404.jpg翳，雨师名也。”
    《韩非子·十过》：“昔者黄帝合鬼神于泰山之上，……蚩尤居前，风伯进扫，雨师洒道。”
    《艺文类聚》引《风俗通》：“玄冥，雨师也。”
    《搜神记》：“雨师一曰屏翳，一曰号屏。”
    雨师，行雨之神。
    云师即云神丰隆，一名云中君，《楚辞·九歌》有“云中君”一章，写云神之神异。
    主命，当为大司命、少司命之属，《楚辞·九歌》有“大司命”、“少司命”二章。清王夫之《楚辞通释》：“大司命统司人之生死，而少司命则司人子嗣之有无，皆楚俗为之名而祀之。”
    另有五厉为疾病之神、刑神蓐收等等。
    以上均为华夏--汉文化之诸神祗，桓雄支配诸神管理人间“三百六十余事”的情节，从中正可见出受到华夏--汉文化的影响，直接移植华夏诸神祗为其所用。
    第三部分即天神桓雄与熊女或熊女与檀树交合生子情节，为神话之主体，檀（神）树崇拜、熊虎崇拜，从自然崇拜到图腾崇拜，檀树成为生命之树，天神与灵兽联姻以及神树生子等均带有浓厚的萨满文化因素，与夫余、高句丽族源神话绝不相类。这种檀树崇拜（甚至生子名为檀君--以树为名）、熊虎崇拜正表现出檀君神话的性质与特点。
    第四部分为檀君建都与享国事。神话记“以高（尧）即位五十年庚寅。（原注：唐尧即位元年戊辰，则五十年丁巳，非庚寅也，疑其未实。）据翦伯赞主编《中国历史年表》：尧即位为前2297年，《竹书纪年》：“帝尧元年丙子”。则尧五十年为乙丑（前2247年）。可知《三国遗事》所记与注之年代均与史不符。
    所谓“周虎王即位己卯，封箕子于朝鲜”，据考，周武王十一年庚寅（前1066）伐纣，灭之，十二年辛卯设三监，十三年壬辰访箕子，“封箕子于朝鲜”。《遗事》所记周武王即位己卯，亦与史不符。
    所谓“御国一千五百年”，“寿一千九百八岁”，时间长得不可思议，却不见世系。
    可知《三国遗事》所记本不是史实，而属神话传说，檀君王俭之为神话人物，所谓“仙人王俭”有所宜也。有人从考古学上印证檀君王俭之实际存在，故有所谓“檀君陵”的发掘，已有学人对檀君陵之发掘提出质疑，见《东北亚历史与考古信息》1994年2 期的《檀君陵发掘质疑》一文，其中提出年代与地域、人骨的年代测定、墓葬结构，以及出土遗物等问题，我们不再重赘，这里只就发掘情况提出几个问题：
    一是“出土两副人骨，主要是骨盆骨和臂腿骨”。据说一为男性，即檀君，一为女性。据《关于檀君陵出土人骨的人类学特征》所说：“鉴定结果，查明檀君是当时活得最久的长寿者，…可以确信，檀君是以大大超过上面规定的最高基准界限（70岁）的老人而结束自己一生的。”“计算檀君遗骨的绝对年代为距今5011±267年，相对误差为5.4%。”生活在五千年前的人却可以长寿到“大大超过规定的最高基准界限”，所谓“最高基准界限”即70岁，所谓“大大超过”者，超过多少？一倍？二倍？三倍？这是可能的么？“埋在檀君陵内的女人，因为不知劳动而长大起来的贵族出身的人，所以在躯体骨的任何部分上，都典型地显示出纤弱女性的特征。”这种五千年前氏族社会的女性是“不知劳动而长大起来的贵族女人”的提法，是同样地荒唐而可笑。