到1924年商团事变发生前夕，广州商团有常备军4000人，后备军4000人，每人有长短枪各一支（注：《全粤商团大会之经过》，《申报》1924年6月7日。）。附城商团与城中商团全副武装者，合有27000人。此外，还可以指望得到各地商团民团总计可达十七八万人的支持（注：《广州扣械潮之扩大》，《申报》1924年8月26日。）。
        广州商团的壮大和发展，是辛亥革命后南北军阀混战、国家不统一、社会秩序混乱的局面造成的，它归根到底是近代中国军阀制度下的畸形儿。一个有作为的政府不可能长期容忍这样一支不受统辖、人数众多、枪械精良而又抱有敌意的民间武装。商团联防会议是在广东政府眼皮底下大吹大擂地举行的，这不能不引起当局者的高度警觉。在商团决定联防不久，即有大宗军火运到，所以，扣留商团的军械（尽管这批军械领有军政部的护照）、禁止商团联防总部的成立，对广东政府而言是势在必行。
        本来，广东政府曾考虑用其他方法把商团纳入自己的政治轨道，在官商对抗如箭在弦上的形势下仍想争取商团的合作。1924年6月29日，大病初愈的孙中山举行军、警、团会操，政府方面曾通过各种途径争取商团人士加入国民党，但没有得到商团积极的回应。因此，政府与商人武装团体在一定条件下互相依存、互相容忍的局面再也无法维持。
        促成商团事变，特别是最后演变成武装冲突，其中有很多偶然因素（例如商团讨论联防后不久军械即运到；政府两次即将同商团达成妥协，都因偶发事件而未果）。但是，双方矛盾积郁已久，扣械不过是促使其爆发而已。孙中山要坚持其全国革命的目标，要进行军事斗争维持庞大的军队，既不可能改变其根本政策，也不可能减少税收。政府虽然以各种方式向商人否认“共产”的传闻，在税收政策上一再暂时让步，但不可能令商人完全放心和满意。广州商人不会轻易放弃民元以来取得的独立地位，必然极力抗争。因此，即使没有扣械事件，政府会找出其他理由解决商团问题，而商团和广州商界也会因别的借口同广东政府发生严重对抗。
        扣械事件可以视为政府向商团的进攻，毫无疑问，政府是希望趁此机会从根本上解决商团问题。但商团方面也有人想借此风潮进一步扩大商人的独立权力，表现出嚣张气焰。他们扬言：“政府希望商团（联防）胎死腹中，我辈则望商团长命百岁；现政府严禁联防成立，我辈偏庆祝联防成立，看政府奈我商人何。现我辈决定我行我事。”（注：《官商争械潮》，《香港华字日报》1924年8月16日。）在谈判还械的交涉中，商团把自己看成是与政府对等的政治实体，完全无视政府的权力与威信，还提出进一步的政治要求（注：例如，10月10日的《广东全省商民罢业宣言》提出“铲除共产运动、罢免凡百苛捐、恢复我联防之本能、发还我全数之枪械”的要求。见《罢市中的各方文件》，《香港华字日报》1924年10月14日。）。有人甚至认为，“盖多数心理，以为不乘械潮倒孙，则挽救粤局再无机会。故以争械始，而以倒孙结，实为全省商民对付械案之决心”（注：《矢在弦上之二次罢市》，《香港华字日报》1924年10月10日。）。从商团方面来说，“借械潮倒孙”的意向，终于使一开始就有强烈政治色彩的扣械潮演变成广州商人与政府的全面武装冲突。
        在长达两个多月的“官商对立”过程中，政府和商团一方面都做出强硬的表示，另一方面也想寻找妥协的方案。陈廉伯、陈恭受曾按政府的条件通电拥护大元帅，政府也允诺有条件地发还扣械。但在双方都有极端强硬派存在的情况下，达成妥协的可能性是微乎其微的。不过，即使商团与政府达成妥协，也不可能继续保持此前那种独立地位，权力和影响都会下降（政府把改组商团视为主要目标，在事变期间公布了《广东全省民团统率处章程》和《广东全省民团条例》（注：《中华民国史档案资料汇编》第4辑上册，第93-99页。））；如果商团收回了扣械，政府方面也不会认为根本上解决了问题。更何况，商团方面狃于民元以来对付政府的经验，态度十分强硬，策略却很僵化。从所有处置商团事变的文电看，政府方面从来没有重视过商团的武力，但考虑到税收来源、社会安定、外人干涉等因素，对商团罢市却不无顾忌；而商团则一直把罢市作为杀手锏。10月10日，政府决定发还部分扣械，但还械之后发生商团与工团的冲突，显然是商团方面挑起的（但看来并非商团高层的命令）。紧接着商团发动了大罢市。此时孙中山判断，即使再让步，商团也要叛乱，故决心武力从事（注：孙中山一度考虑同意有条件发还商团枪械，与担心英国干涉以及进行北伐等背景有关；而决心镇压商团事变，同他判断英国不会直接干预以及苏联第一批军援到达也有联系。孙中山在商团事变决策过程中的变化，是一个尚可进一步研究的问题。）。主张对商团有条件妥协的胡汉民也认为：“商团这次罢市，目的在推倒政府。政府与商团实有不两立之势，始终总要一次解决了商团，革命政府方有立足之余地”（注：《广东扣械潮》第1卷，“事实”，第89页。）。在动用武力之前，胡汉民曾命范石生致函商团、商会，“作最后通牒”，实际上把政府的决定通告了商团，希望商团自动开市，但商团仍不醒悟（注：范石生：《读记广州商团之变后》，《现代史料》第3集，（香港）波文书局，1980年重印本，第19页。范石生函事后曾见于报端（《粤官商决裂后激战详情》，《申报》1924年10月22日）。）。10月14日，情势已十分紧迫，商团在妥协和对抗到底之间面临最后抉择。当晚分团长及总团部的重要人员召开紧急会议，有人也想开市缓和一下，但总团部秘书关楚璞坚决反对，说要总团长主持才有效，会议无结果而散。主持会议的副团长李颂韶散会后叹息不止（注：《工商界老人回忆商团事变》，《广州文史资料》第7辑，第51页。）。如果当晚商团在最后关头答应开市，也许能避免后来的生命财产损失。
        在政府武力打击下，商团事变迅速平定，广州商团终于被解散。南京国民政府成立后，1929年8月7日通过《都市无组织商团之必要案》，大城市的商人武装团体从此再也不能合法存在（注：广州市档案馆档案，档号资-政-584。）。