1928年2月12日，中央常委召开政治谈话会，讨论对国内政治形势的估量问题。周恩来发言批评党内在大革命失败后产生的悲观思想，指出我们的斗争并未停止过，特别指出农村割据方面的发生并还在继续发展。会后，即22日，按照周恩来的意思，中共中央在给广东省委的指示信中，提出了这样一个观点：“中国现在革命的发展，事实上形成特殊的方式：‘农民割据’”，“这种割据局面必须发展大城市的中心，工人阶级的领导权，就要在这上面表现坚强起来”。
    不可否认，周恩来此时的认识也还很有限。他反对暴动是反对不顾一切地蛮干，强调暴动要具备主客观条件及周密的准备，这只是从战术上而不是从战略上提出问题。他提出了“农民割据”，但并未脱离“城市中心”，是主张用“农村割据”来配合“发展大城市的中心”。但是，他提出“农民割据”将形成为中国革命发展的“特殊方式”，这是党内此前还未有过的全新的观点，应该看做是周恩来思想发展过程中闪现出来的一次耀眼的火花，是非常可贵的。
    二、认识不断深化--将红军游击队和农村根据地放在重要位置上，发展了六大路线
    党的六大前夕，1928年4月28日，中共临时中央政治局会议讨论共产国际2月间发来的《关于中国问题的决议案》。此文件有助于中共纠正第一次“左”倾错误。出席这次会议的有瞿秋白、周恩来、李维汉、邓中夏、项英5人。他们有的完全同意国际指示；有的认为下边有“左”倾盲动倾向，中央没有。
    周恩来在会上作了长篇发言。他肯定国际指示“确有几点值得注意”，如关于革命性质及对“无间断革命”的解释等；但不同意国际在农村游击战争与土地革命问题上对中共的批评。国际决议案认为，“中国革命发展是不平衡的”，强调要以城市为中心，乡村只能配合城市的发展，不能跑在城市的前面，即要乡村去等待城市。而周恩来认为：目前乡村的确走在了城市的前面。因为中国的国情与俄国不同，“农民占了一个重要因素”，所以这种不平衡是必然的。他不同意让乡村去等待城市。他说：“国际仿佛以为乡村与城市要配合好一点”，“过去城市的工作的确不好，但在中国的形势下很适宜的配合是很困难的。要这样，必致引到乡村〔对城市〕的等待，这是不好的。”他提出：我的这种与国际主张不同的意见，可以拿到六大上去讨论，以便作出适合中国国情的结论。
    在共产国际指导下召开的党的六大，当然没有采纳周恩来的意见，仍然主张以城市为中心、乡村要配合城市发展的路线，对农村武装割据不够重视。但六大也强调了建立工农红军的重要性，认为在农村中“游击战争将成为主要的斗争方式”，肯定了农村革命根据地和工农红军能够存在和发展。这是六大的一个重要贡献。
    六大以后，由于共产国际强调“工人成份”而被捧上台的党的总书记向忠发领导水平很低，作为常委、常委秘书长兼组织部长的周恩来，成为中央工作的实际主持者。中央分工他主管军事工作和组织工作。从1928年底到1930年，周恩来的一个突出贡献，是进一步发展了六大路线，将农村革命根据地和工农红军的创建、发展和壮大，放在党的越来越重要的位置上，直至成为党的工作中心。他的思想认识也在这一过程中不断得到深化。
    首先，他十分重视和关注毛泽东、朱德领导的红军的存在和发展。
    六大以前，周恩来就得知毛泽东率领秋收起义部队上了井冈山，在湘赣边界活动；也知道朱德、陈毅率领的八一起义余部已撤到湖南境内。1927年12月21日，他代中央起草给朱德的指示信，告以毛泽东农军的驻地，要朱和毛取得“确实联络”，“共同计划-发动群众以这些武力造成割据的暴动局面，建立工农兵代表会议--苏维埃政权”（注：《周恩来代中央起草的致朱德的信》，1927年12月21日。转引自《朱德年谱（1898-1949）》（中央文献出版社、人民出版社，1989年）第130页。）。他怕朱德不能及时收到这封信，乃派中央军事科科长李鸣珂专程送去。后来朱上了井冈山与毛会师，成立红4军，创建了湘赣边界红色政权，周恩来的信对朱德是起了指导作用的。
    1929年六七月间，由于在红4军部队发展方向及领导方式等问题上，朱德、毛泽东之间发生分歧和争论，毛离开部队，影响了红4军的团结发展。周恩来在李立三、陈毅的协助下，主持起草了《中共中央给红四军前委的指示信》（即“九月来信”）。周恩来在信中作出了一个对中国革命运动有重大意义的论断：“先有农村红军，后有城市政权，这是中国革命的特征，这是中国经济基础的产物。如有人怀疑红军的存在，他就是不懂得中国革命的实际，就是一种取消观念。”（注：《周恩来选集》上卷，第32页。）
    曾有人认为这段话是针对托陈取消派而讲的，不代表周恩来对中国革命特点的新认识，认为他“还是城市中心论”。其实不然。诚然这段话是针对托陈取消派的，但这一认识是从对半殖民地半封建中国经济基础这一基本国情的认识出发而得出的精辟结论，而且与1928年4月他在政治局会议上讨论国际二月决议时的认识是一致的。虽然不能说他此时已摆脱了“城市中心论”的束缚，但比起六大时的认识，显然前进了一大步。对这段具有创造性思维的结论，笔者认为应该给予充分的评价。
    在“九月来信”指导下，朱、毛重新团结起来，不久即开辟了“中央革命根据地并组建了红军第一方面军，在土地革命战争中，“起了最重要的作用”（注：《关于建国以来党的若干历史问题的决议》，中共中央文献研究室编《关于建国以来党的若干历史问题的决议注释本》（修订本），人民出版社，1985年，第3页。）。其中周恩来的历史作用是不能低估的。
    贺龙、周逸群领导创建的湘鄂西苏区和红四军，是在周恩来大力支持和具体指导下的结果。