由上可见，这次今古文之争的性质，已由西汉末年利禄之途的争夺转变为学术道统之争了。这种转变的原因何在呢？这就与古文经学在东汉初年所处的地位有关了。古文经学在西汉一直处于受压制、受排挤的地位（王莽当政时曾立古文经博士，这里姑且不论），但到了东汉，这种局面已经大大改变了。刘秀本人就是古文经学的支持者，这由他“卒立《左氏》”可见。且刘秀自建国之初，就十分重视古文经学及其学者，已经把今、古文经学置于同等重要的地位。他大量任用古文经师为官，当时著名的古文经学大师如杜林、郑兴、陈元、桓谭、卫宏等，皆在朝廷任职（皆详《后汉书》本传），有的甚至充任朝廷要职如杜林官至大司空，就是明证。这样的例子还可以举出不少。由于通古文经也可以做官，甚至被朝廷所重用，人们自然争趋而研习之。这里还有一条材料，很值得注意，即在这次围绕韩歆提出为《左氏春秋》立博士的争论中，竭力反对立《左氏》博士的，还有当时著名的古文经学大师桓谭和卫宏！据《东观汉纪》记载：“光武兴立《左氏》，而桓谭、卫宏并共毁訾，故中道而废。”[6]这两位古文经学家具体出于什么理由而加入反对立古文博士的大合唱，因史料缺乏，已不可考。但有一条是可以肯定的，即以刘秀为首的东汉政权对今古文经学者一视同仁地重视和任用，利禄之途既开，因此是否立学官，已经没有什么实际意义了。这应该是桓谭和卫宏反对立《左氏》博士的基本前提。
    总之，自东汉初年开始，今古文之争，已成为道统之争（谁更能传孔子之道）、学术之争，与西汉末年的今古文之争，性质已迥然不同。我们从发生于东汉的以后两次争论，更可以看出这一点。
    东汉的第二次今古文之争，实际是由章帝发起的，是章帝支持古文经学大师贾逵对今文经学展开的一次全面挑战。贾逵之父贾徽就是两汉之际的一位古文经学家，而贾逵则“悉传父业，弱冠能诵《左氏传》及《五经》”，而“尤明《左氏传》、《国语》，为之《解诂》五十一篇”[5]（《贾逵传》。按以下引文凡不注出处者，皆出此《传》）。章帝即位，“特好《古文尚书》、《左氏传》”，诏逵入讲，而“善逵说”，于是命贾逵“发出《左氏传》大义长于二《传》者”。这是章帝在《春秋》学领域命贾逵对今文经学发起的挑战。于是贾逵“摘出《左氏》三十事尤著明者”，认为“斯皆君臣之正义，父子之纪纲”。其书上奏章帝后，受到章帝的嘉奖，赐给他布五百匹，衣一袭，并令他“自选《公羊》严、颜诸生高才者二十人，教以《左氏》”。可见太学此时虽未立《左氏》博士，实已开设《左氏》课程，且选《公羊》学之高才生以教授之，由此开了东汉太学教授古文经学的先例。这是古文经学取得的一次重大胜利。
    贾逵又“数为帝言《古文尚书》与经传《尔雅》诂训相应”，于是章帝又“诏令撰《欧阳》、大、小《夏侯尚书》、《古文》同异”。这是章帝支持贾逵在《尚书》学领域对今文经学发起的挑战。于是贾逵又“集为三卷”，上奏章帝，“帝善之”。紧接着又命他“撰《齐》、《鲁》、《韩诗》与《毛氏》异同，并作《周官解诂》”，这是在《诗》学和《礼》学领域支持贾逵对今文经学发起的挑战。这一系列对今文经学的挑战，由于有章帝的支持，都取得了辉煌的胜利。接着，章帝又命“诸儒（即太学博士）各选高才生，受《左氏》、《谷梁春秋》、《古文尚书》、《毛诗》，由是四经遂行于世”，这就进一步打破了自西汉以来太学只讲授今文博士之学的旧制。章帝不仅让贾逵在太学教授古学，且“皆拜逵所选弟子及门生为千乘王国郎（李注曰：千乘王伉，章帝子也。）朝夕受业黄门署，学者皆欣欣羡慕焉”。《后汉书·儒林传·序》也说，当时古文经“虽不立学官，然皆擢高第为讲郎，给事近署”。这又开了古文经弟子拜官的先例，实际是自刘秀以来任用古文经师政策的沿续和发展。我们由“学者皆欣欣羡慕”可以看出，此例之开，在当时对学者影响之大。
    这次贾逵在章帝支持下对今文经学发起的挑战，基本上是唱的独角戏，即有挑战而无反击，所以严格地说，谈不上争论。据《后汉书·儒林传》记载，只有一个《春秋公羊》学者，名叫李育，“颇涉猎古学，尝读《左氏传》，虽乐文采，然谓不得圣人深义”。在他拜博士前，曾作《难左氏义》四十一事，但并非针对贾逵的挑战，而是有感于“前世陈元、范升之徒更相非折，而多引谶纬，不据理体”而发。李育拜博士后，曾参加章帝于建初四年（79年）召开的讲论《五经》异同的白虎观会议，在这次会上李育“以《公羊》义难贾逵，往返皆有理证”。如果说对于贾逵的挑战今文经学家有所反击的话，仅此而已。
    东汉的第三次争论发生在桓、灵之际。当时著名的《春秋公羊》学者何休正遭党祸“废锢”在家。据《后汉书·儒林传》记载，他“作《春秋公羊解诂》，覃思不窥门，十有七年”。又“与其师博士羊弼，追述李育意以难二《传》，作《公羊墨守》、《左氏膏肓》、《谷梁废疾》”。这可以说是《公羊》学对《左氏》、《谷梁》二学发起的挑战。然与他同时的郑玄则针锋相对，撰写了《发墨守》、《针膏肓》、《起废疾》三书，对其一一加以批驳。于是何休见而叹曰：“康成入吾室，操吾戈，以伐我乎！”[5]（《郑玄传》）
    所谓今古文之争，自西汉后期至东汉后期，近二百年间，见诸史籍而能寻绎其脉络者，仅此而已。由上可见，对于汉代的今古文之争，既不可夸大，以为壁垒森严，水火不容，且贯穿于汉代经学之始终，而对争论的性质，亦不可一概而论，当区别西汉与东汉：西汉是围绕立博士之争，实为利禄之争，东汉则主要是学术道统之争。且就学术道统之争而言，其争点也主要在《左氏》。故皮锡瑞说：“汉之今古文家相攻击，始于《左氏》、《公羊》，而今古文家相攻若仇，亦唯《左氏》、《公羊》为甚。四家之《易》与《费氏易》，三家之《尚书》与《古文尚书》，三家之《诗》与《毛诗》，虽不并行，未闻其相攻击。惟刘歆请立《左氏》，则博士以左丘明不传《春秋》抵之；韩歆请立《左氏》，则范升以《左氏》不祖孔子抵之。……各经皆有今古文，未有相攻若此之甚者。”（注：见皮锡瑞《经学通论》之《春秋通论》“论《公羊》《左氏》相攻最甚何郑二家分左右袒皆未尽得二《传》之旨”条。）这种说法倒是比较客观的。因此，除《左氏》外，其他诸经之今古文，皆不闻相攻之例，各自传其学，相安无事。就经学的争论而言，今古文之争，还远不如今学内部的争论之甚，且贯穿两汉经学之始终，其例甚多，而西汉宣帝甘露三年的石渠阁会议和东汉章帝的白虎观会议，即其显例。