从方法的要求上看，这一认定的最主要的缺陷是：在作为古国理论基础的有关考古工作中并没有发现对于国家制度存在能够自明的考古学证据。众所周知，国家制度本身只是一种政治关系，属非物质性的事物，即在考古上是不可能直接观察到国家或国家制度的。正如德国政治学家赫尔佐克所说：“早期人类生活于其中的制度，是不能从地下挖掘出来的。”（注：[德国]罗曼·赫尔佐克：《古代的国家》（赵蓉恒译），北京大学出版社1998年版，第2页。）因此在严格的规范上，考古学只能通过确认与国家制度有关的某些物质性遗存类型的物件来推断国家或国家制度的存在。但必须看到，具有此种说明力的考古遗存类型并不如有些研究者想象的那么多。在单独依靠考古学证据下结论的场合下，真正直接和最为重要的证据类型当然是能够反映某种比较正式的管理机构亦即官署运作的物件，如官印、符信、文书之类，以及记载或反映官署运作的某种文字资料，如同某些金文资料那样。但这些类型的证据资料在我国新石器晚期遗址中尚未有发现，而且这类证据甚至迄今在夏代考古中也还是空白。究其原因很复杂，这里暂且不论。近年来频频在国内研究中被作为主要证据类型来谈论国家制度形成问题的是各种大型公共建筑，包括房屋、祭祀场所、墓葬、聚落设施等。然而，这种类型的证据资料对于国家制度存在的说明力其实并不如人们希望的那样确定或肯定，亦即这些类型的证据资料在表明是国家还是前国家政体存在的问题上并不能自明。其原因就是早期的大型公共建筑并不一定与国家制度有必然联系，在前国家时期的文化中这类遗存同样可能存在。考古学史上属于史前亦即前国家时期文化的大型建筑遗存屡见不鲜。美国学者哈斯就曾经着重讨论过显示“史前社会行使权力程度”的“大规模工程”的问题（注：[美国]哈斯：《史前国家的演进》，求实出版社1988年版，第147-148页。）。原因很简单，那就是某些前国家复杂政治制度看来已经具有相当有效和有较大规模的社会动员和组织能力。因此没有国家制度，许多远古人类仍然有能力实施并完成这类大型工程。可见将大型工程遗迹与国家制度的存在简单地等同起来是不可取的。由于事实上很难得出大型公共建筑（甚至某些大型聚落）的技术性指标本身对政治制度的系统的反映关系，因此仅据这类遗存的技术性特征，显然尚不足以对有关文化或人群的政治制度状况作出确定无疑的判断。这一点，在现代重视考古学证据意义认定规范问题的早期历史研究中已颇受关注，是值得从事考古学解释工作的学者思考的。
    古国理论在证据认定上的上述缺陷是同这一理论内容上的特征直接有关的，那就是：古国理论不包含关于前国家时期复杂政治组织的概念，从而放弃了对国家形成前夕可能存在的接近于国家的社会-政治形式的探讨。前国家时期复杂政治制度的存在是近年来越来越多学者深入研究的中国国家起源过程中的重要和基本事实。但这方面问题在90年代的古国理论中几乎完全没有涉及，因此很自然，对这方面问题的思考亦未纳入其对考古学证据意义的解释中。这样做无疑提供了支持其大幅度提早中国古代国家进程的主要理论条件，但同时也意味着这一理论的事实基础至少是还不确定的。自现代人类学在早期政治组织演进问题上发现并深入研究了作为前国家时期复杂政治组织的酋邦以后，前国家时期人类在政治制度上所达到的复杂程度使人们对国家制度产生前后政治组织演进的实质和细节都加深了认识（注：参见拙著：《中国早期国家》，浙江人民出版社1995年版，第233-234页。）。这对有关考古学证据意义的认定上提出的问题是：虽然考古学证据作为物质性的遗存对于一个早期复杂社会个体在社会规模、社会权力结构特征、社会控制力水平、社会分化程度、工艺和生产力水平以及文化统一性程度等方面的表现，确实可以有直接的和比较确定的说明意义；然而由于前国家时期复杂政治组织的存在，一个古代社会个体在所有上述方面的表现，在其形成国家制度前后实际上并不一定会有截然不同的特征。因此，在直接发生导致国家制度形成的事件的时段内，在一个社会个体的上述表现方面，我们并不一定能够观察到足够明显的和意义确定的变化。换言之，在大多数物质性表征方面，酋邦与国家实际上是非常接近的，因而在考古实践上往往很难区分。美国学者塞维斯曾就早期国家与酋邦的不同提出两项要点：（1）早期国家的政治统治更正规化、形式化、专业化，并更多地以对武力的垄断为基础；（2）社会分层现象已发展成明确的阶级区分（注：E.R.Service:Profiles in Ethnology,p.498.）。另外，我们当然还可以想到国家应该有对特定地域实行更稳定的控制的概念和相应制度等等。但是所有这些方面的表现如何在物质遗存中被反映，也还是非常复杂、并且是目前考古学中尚未真正解决的问题。因此在这个问题上只有一点是明确的，即我们已经不能轻易地只是依据有关社会个体的复杂程度来判断其是否进入国家化进程，也不能无条件地依据有关社会个体的工艺和经济活动总量的规模来下结论。“古国”问题最初在80年代被提出时，在当时的表述上完全有可能进一步发展出关于前国家复杂政治组织的完整思考。苏老80年代所概括的“高于公社的组织”，实际上应该就是指前国家复杂政治组织。但这一思路在90年代的古国理论中消失了。在由《中国文明起源新探》完整表述的古国理论中并没有对前国家时期复杂政治组织的讨论。在书中苏老还多次明确地将中国国家起源的过程概括为“氏族向国家转化”、“由氏族向国家的过渡”（注：苏秉琦：《中国文明起源新探》，第133、137页。）。可见古国理论确实不再将前国家复杂政治制度作为一个有自身地位和完整特征的范畴从“氏族制度”中分离出来。由于重新对前国家时期问题采取长期以来被认可的较简单的所谓“氏族模式”的理解，因此对明显超出氏族制度特征的现象，古国理论显然只能用国家制度来解释。这导致它简单地将特征接近于国家的社会个体直接认定为国家。这在证据认定的理据方面缺乏深入的讨论而较显简单化的缺陷是显而易见的。
    三、古国理论与古代文献总体内容的“内核”
    中国国家起源的研究不同于许多完全缺乏有关文献依据的个案，中国古代遗留下来可供我们讨论早期国家问题的文献资料是大量的。当然古代的记载并不等于全部事实，但在中国早期历史的研究中，一般地谈论这类原则并不足以充分揭示和贴切地体认中国古代的文献资料作为史料的特性。这是因为古代中国文献不是一些相互孤立的资料，它们在总体上是中国古代特有的文献传统的产物。也就是说，在对古代事实的记录和叙述上，文献总体是依托古代中国十分发展的文字记录传统的。这种传统的内容就是：具备完善的原始记录系统（史官制度）、很高水平的资料整理系统（实用文献和古书的出现）、具有一定专业水平的资料著录系统和检索方法（目录学的雏形和对古书引用的传统）、一定程度上的批评系统（史官职业准则的形成和非官属著作活动的出现），以及文献作为国家政治活动一部分的严肃的地位。中国古代文献传统的发展是古代中国历史非常有特点的因素。因此对早期文献资料的可信性问题的判断，应当在对古代文献总体研究的基础上进行。这是近年来学术界在对大量新出土文献研究基础上，对于中国古代文献作为历史性资料的特性问题所获得的最重要的认识之一。那种孤立地对待单项文献资料的方法并不能真正解决古代与文献有关的重要课题，反而可能在最终结果上失误。近年来对历史上“疑古”方法的反思已充分说明了这一点。