《左传》是一部以《春秋》为纲的编年体史书，它的学术价值，汉代桓谭曾作过中肯的评述：“左氏传之于经，犹衣之表里相待而成。经而无传，使圣人闭门思之十年，不能知也。”可是晚清今文学家出于门户之见，对它却极力贬低。刘逢禄说，《左传》本名《左氏春秋》，原是一部独立的书，不是《春秋》的传，是刘歆拿他来比附经文，割裂拼凑而成的。康有为说，《左氏春秋》的书名也是假的，刘歆以前只有《国语》，没有《左氏春秋》，刘歆从《国语》中割裂出一部分，加上他伪造的凡例、书法、君子曰等等，凑成了《左传》。这些论断尽管没有得到学术界的公认，可是由于顾颉刚先生的表彰推崇，对青年初学却仍有很大的迷惑力。杨先生读中学时听到一位很有学问的老师说：“在经学问题上，今文学派说《左传》是一部假书”，当时心中便产生了很大的疑惑，萌生了解决这个问题的想法。杨先生晚年曾说有两句话影响了他的一生，其中一句就是“《左传》是一部假书”，因为这句话激发了他终生不衰的研究欲。考上北京大学后，他继续追根究底。于1932在他和几位同学合办的学术刊物《史学论丛》发表了《略论〈左传〉五十凡》。1936年，他又发表了《论〈左传〉的性质及其与〈国语〉的关系》一文（分上下两篇），上篇从《左传》书法及解经语、《左传》凡例、君子曰和《左传》古文等方面论述了《左传》的性质，证明《左传》书法及缘经立说之语46条，均散见于《国策》、《礼记》、《史记》、《说苑》等西汉或稍前之书籍。《左传》之书法、凡例等自《左传》撰述之初，即与各国策书之记事合编为《左氏春秋》，非出后人之窜加者。《左传》古本虽与《经》别行，但其书实为传“经”之作。下篇从《左传》与《国语》的不同论述两书的关系。首先论《左传》与《国语》体裁不同，二书同载一事，多为《左传》传其动态而国语记其言谈，各有偏重。其次论西汉以前两书之名称不同，先秦史籍引《左传》作“《春秋》之记”或“《春秋》之志”，于《国语》则仅名之曰“记”。最后指出《国语》之文法、体例等皆与《左传》不同。故二者决非一书之割裂。上下两篇的考证结合起来，较同时代其他诸先生关于《左传》、《国语》非一书的论证更加全面而深入，足以推翻《左传》为伪书的错案。
    与《左传》相比，对《周礼》一书的考辨则更为困难一些。《周礼》属古文经，本来就是今文家排斥的对象，再加上从西汉末王莽对它大加表彰，并仿照其中的井田实行了王田制，以及禁止奴隶买卖后，这部书也由于王莽的坏名声而受到更加猛烈的抨击。不仅今文学派、疑古学派的史学家把它看作是王莽、刘歆的伪造，是不值一钱的假古董，就是一般史学工作者对它也是心存疑虑，不敢或不愿引用。对此，杨先生并没有采取简单的“服从多数”的态度，而是对《周礼》所反映的经济制度、政治制度、学术思想进行了全面的研究，认为《周礼》的作者在经济基础上顽固地维护领主封建制的社会，但在政治体制上却附合新兴地主阶级实行中央君主集权、以严刑峻法治国的要求，这种矛盾正是社会过渡时期容易产生的现象。再从学术思想看，《周礼》中有两种历法通行，是春秋战国时的特色。在祀典中，既有昊天上帝的祭祀，又有五帝的祭祀，说明当时还不能以一族宗神作为全国的上帝。在五行学的系统中，它近于《管子》而时代稍前。这一切全说明它不是战国晚期的作品，而可能是战国中叶左右出于齐国有儒家气息的法家之手的著作。不仅如此，杨先生还针对莽歆伪造说提出反证，指出王莽本人对《周礼》还有许多误解，其中最为显著的是“三孤卿”问题、“大合乐”问题、“五等爵”问题，以及“屋粟”问题、“夫布”问题。这些问题，王莽本人都没有搞清楚，因此他的措施和《周礼》皆有出入。假如《周礼》是王莽等人的伪造，他们自己居然有不懂的地方，这岂不是不可解释的矛盾[1]？这些反证一针见血，不容置辩，与正面证据结合起来，足以为《周礼》洗冤。
    杨先生为《周礼》翻了案，连带着也肯定了经学史上的另一部巨著--孙诒让《周礼正义》的学术价值。《周礼正义》是清人注释经书中的最优秀作品，其中凡是涉及古代典章的考证，都是先明训诂，再引先秦文献的有关记载，并列举历代学者（主要是清代学者）的考辨，最后作出断案。书中搜集资料之丰富，考证之精审，断案之高明，都堪称前无古人，可以当作关于古代典章制度的资料与研究成果大全来使用。对于这部大书，杨先生曾多次向青年后学郑重推荐。对孙诒让，他也给予了很高的评价，称他为乾嘉学派的最后一位大师。《周礼正义》的价值与《周礼》为真书是连在一起的，假如《周礼》是莽歆伪造，为它作疏又有何价值？所以，我们今天敢于放心地利用《周礼正义》的考据成果，首先应该归功于杨先生对《周礼》的考辨。
    杨先生不仅重视传世文献，而且善于发掘长期遭冷落的文书、档案资料。这方面最突出的工作是20世纪60年代他两次进孔府“探宝”。
    山东曲阜孔府是孔子嫡裔世代居住的贵族府第。在长达千余年的封建社会里，它既不为统治阶级内部的政治风暴所摇撼，也不随封建王朝的更替而沉浮，政治和经济地位十分稳固。这在中国封建社会的世袭贵族中是非常罕见的。也正因此，孔府内存留了一大批文书、档案，是非常难得的历史资料。杨先生以其治学的敏感，很早便意识到它的价值。1961年春天，他从北京专程前往曲阜，对孔府档案进行了初步研究，搜集到不少珍贵资料，成为他在《中国古代社会与古代思想研究》一书中论证中国史事的重要依据。在这部论著中，杨先生对孔府这个明清时代贵族地主的典型从九个方面进行了详细的论析，其中关于孔府田产与佃户的分析尤为精彩。在全面分析的基础上，他指出：“孔府档案充分地表明，贵族地主在政治和经济上的垄断和跋扈，显示了封建地主统治的稳固性和落后性，同时也阻碍了原始积累过程的发展，也就影响了资本主义萌芽的发展。”这一论断，是明清经济史研究中的一个创见。
    1963年7月，杨先生受中国社会科学院历史研究所公派，带领历史所7位同志再进孔府，与曲阜师范学院历史系十余位经过挑选的同学一道对孔府档案进行选编。在开始工作前，杨先生规定了以下几条选录原则：明代档案全抄，鸦片战争前的清代档案重点选抄，鸦片战争以后的清代档案适当选抄，民国时的档案不要。刚开始工作时，杨先生亲自到库房中选取，又对各种类型的档案拟了一些题目，要求大家照此工作。由于在业务上全面负责，杨先生的工作量很大，晚上有时要工作到深夜。经过一个多月的抄录和两个多月的整理，4353件共计五六百万字的孔府档案终于精选出来了。然后，杨先生指导大家在每篇中都用标点符号断句，篇前加新拟的标题，篇后附有原标题和卷数。明代档案分量较少，单列一部分；清代档案为主，分作孔氏宗族、圣贤后裔、公府组织与职掌、公府田产、租税、集市、商业高利贷、刑讼、抗租与抗差斗争、农民起义与反抗活动等。这4000余件精选出来的档案在被搁置十余年后，终于在1979年再度重见天日，经有关单位组成的编写组在原稿基础上进行修改和审定后，取名为《曲阜孔府档案史料选编》交付出版。全书分三编，500多万字，合计24册，于1985年出齐。书前刊有杨先生写的《导言》，《导言》中说：“从对孔府的概略介绍中，可以看出它涉及到中国封建社会历史的许多方面。因此，可以肯定地说，广大史学工作者利用国内仅有、世界上也不多见的孔府档案资料，在马克思列宁主义、毛泽东思想的指导下，进行深入研究，一定能够做出若干新的概括，把中国封建社会史的研究向前推进一步。杨先生这一充满信心的预言，充分说明了整理孔府档案的重要意义；他所预言的美好前景，一定会有后人出来而实现。
    为《左传》和《周礼》洗冤，是为了挽救因错案而有湮没危险的史料；整理孔府档案，则是发掘新史料。这两方面的工作与努力掌握其他文献相结合，反映了杨先生在掌握史料方面的开拓进取精神，这是他在学术领域内取得卓越成就的又一重要原因。