元朝疆土辽阔素为史家称道，但元朝政局动荡也为史家诟病。之所以动荡，实由版图过大、治理不善所致。由于版图内分布众多部族，而各族及各地区的经济、文化存在着很大的差异，这给有效行政带来实际困难。元朝开国后曾附会汉法，采用中原制度，以图纠弊更新，但仍无法克服此伏彼起的民族矛盾、社会矛盾，加上过度掊克的财政政策激起不断反抗，国势难以稳定。基于武力开国的蒙古贵族统治者于是又将武力镇压作为治国重要手段，为此建立了军事戍防体系。由于蒙古贵族的防范及史料的亡佚，元朝军事制度至今尚不能为世人全知。但由于学者们的努力，许多具体问题逐步得到诠释，在此基础上，综合各家研究，借以概述元朝军事戍防制度，进而探索军事戍防对元朝治国得失的影响则成为可能。
        根据《元史》的记载，元朝最高军事机构是枢密院。院由知院、同知、副枢、佥院、同佥及院判、参议、经历、都事等职官组成。另有负责军法狱讼的断事官。枢密院直隶皇帝，其职责是“掌天下兵甲机密之务。凡宫禁宿卫、边庭军翼、征讨戍守、简阅差遣、举功转官、节制调度，无不由之”。（注：《元史》卷101《兵志四》。）如遇地方有事需调军出征，则于地方设行枢密院，事已则罢。由于元朝奉行蒙古至上政策，所以军籍机密唯一二蒙古长官知晓，汉人等不得查看。元朝中枢另有兵部。与枢密院相较，兵部职权相对较小，其职掌主要是“掌天下郡邑邮驿屯牧之政令。凡城池废置之故，山川险易之图，兵站屯田之籍，远方归化之人，官私芻牧之地，驼马、牛羊、鹰隼、羽毛、皮革之征，驿乘、邮运、祗应、公廨、皂隶之制，悉以任之”。（注：《元史》卷85《百官志一》。）以此观之，职同军需后勤部门。
        元朝的军事戍防，大体可分为中央宿卫制和地方镇戍制两大类。
        （一）中央宿卫制
        元朝的中央宿卫，基本上由蒙汉两种制度构成。为保证专制集权以及中央对地方“居重驭轻”的战略，元朝因袭了汉地制度。以汉军为主，忽必烈于至元年间组建了12卫侍卫亲军。每卫设亲军都指挥使等军官统辖。（注：参见史卫民：《元代侍卫亲军建置考述》，《元史论丛》第4辑，中华书局1992年版。）迄至元末，由于增置色目诸卫，侍卫亲军达34卫。这不仅成为元廷加强民族间制衡的力量，而且为色目权臣在元中后朝政治舞台上崛起打下了基础。
        作为皇权的干城，侍卫亲军受枢密院直辖。其功能大致有以下几项：第一，作为常备军，防守两都及附近地区。第二，作为控御地方的中央武力，逢有反叛，出征讨伐。第三，非军事时期，屯田自给军食，减轻国家负担。第四，承任两都营建、修缮等劳役。
        与汉式中央禁军不同，元朝另有怯薛（kesig）宿卫系统。入元以前，蒙古大汗的宿卫是由怯薛担任的。怯薛制度起源于游牧贵族的那可儿（伴当）、亲军。与汉地中央禁军不同，怯薛在草原游牧社会中，不仅是大汗的亲卫，还具皇室家务干部、质子营、贵族子弟训练学校等性质。蒙古汗国军政官员大多由怯薛出任，因而怯薛又有汗国中央政府的功能。入元以后，怯薛权力大为削弱，但作为蒙古传统的皇家卫士之角色依然存留，并受特殊优待。怯薛设长，分四班轮值，并负责宫城守卫和帝室警卫。与侍卫亲军不同，怯薛不隶于枢密院而直属皇帝。有元一代，怯薛失去了蒙古国时代的大中军功能，非皇帝亲征，很少出征。怯薛的军事作用在于与卫军相互制衡。而怯薛与侍卫亲军构成的中央禁军又是控制地方镇戍诸军的平衡力量。（注：参见萧启庆：《元代的宿卫制度》，《元代史新探》，新丰文出版公司1983年版。）
        （二）地方镇戍体系
        与宋朝“强干弱枝”政策不同，在保持中央精兵的同时，基于治安和国防的需要，元朝在内地重镇及边远要塞派驻了大量军队。史称忽必烈与谋臣斟定全国镇戍规模，“命宗王将兵镇边徼襟喉之地，而河洛、山东据天下腹心，则以蒙古、探马赤军列大府以屯之。淮、江以南，地尽南海，则名藩列郡又各以汉军及新附等军戍焉”。（注：《元史》卷99《兵志二》。）此仅就全国形势而言。据区域、军队的分布，又可划下列若干镇戍区。
        1.汉地镇戍区所谓汉地，主要指原金朝辖境而言，即河北、山西、山东、河南、辽东、陕甘等地，还包括了四川。平宋以后，元朝据新形势布防，各蒙古军万户构成数个大军团。
        （1）山东河北蒙古军大都督府至元二十一年（1284），罢统军司都元帅府，立蒙古军都万户府。府驻沂州（临沂）。大德七年（1303）改为山东河北蒙古军都万户府。后总部移州（县）。延祐五年（1318）罢。天历二年（1329）改立为大都督府。下辖左手万户、右手万户、拔都万户、哈答万户、蒙古回回水军万户、都哥万户及哈必赤千户、洪泽屯田千户。
        （2）河南淮北蒙古军都万户府至元二十四年（1287），以四万户奥鲁赤改为蒙古军都万户府。大德七年（1303）后改为河南淮北蒙古军都万户府。总部设于洛阳。下辖八撒万户、札忽儿台万户、脱烈都万户、和尚万户。其中三万户驻黄河以南、河南省之西，一万户在河南省之南。（注：见《元史》卷86《百官志二》。）
        以上两大军团为驻汉地蒙古军主力。