在西南地区。记载李自成牺牲后，其部将刘体仁、郝永忠带四五万人归何腾蛟共同抗清。何腾蛟“威名大振”，联合义军在岳州、湘阴等地“皆大捷”。江楚之间的民兵“皆结砦固守”，曾收复江西的袁州、吉州。还有李锦、高一功等18营，众30万人，归于堵胤锡，号“忠贞营”。又有李赤心、李来亨等部，也由堵胤锡领导，起义军收复不少城镇，给清军严重打击。
        当清兵南下，南明政权初建，明朝的正直官员和士大夫，也建议或组织抗清武装收复失地。例如，清兵破池州，将去徽州，金声悬太祖像率百官哭临，“起兵谋恢复”。江天一认为：“徽州为形胜地，诸县皆有阻隘可守”，在皖南组织抗清收复失地。陈子龙提出“中兴”的举措，以达到“报仇雪耻”。“中原可收，旧京可复”的目的。还提出“下诏亲征”的方案（卷14陈子龙传）。史可法在扬州“开幕府治事，招徕智谋之士及遁甲诸术者”，募得甲士万余人。整顿军务，“劝朝廷为自强计”，并制定进取规划，收复失地（见卷5史可法传）。
        值得注意的是，作者还记载了武艺高强的僧人潘鸣凤反抗清兵的动人事迹。记录“三营卒”反对主人投降，主张抗清的义举。说主人“不能杀敌，返迎之，何以为颜”（卷47）。三营卒痛斥了恬不知耻的民族败类。《南疆逸史》对各地的抗清武装进行报导或歌颂，充分肯定了各阶层人民的正义斗争。处在清康熙时代，大兴文字狱之际，作者敢于高度评价抗清人物、歌颂南明政权的正直廉洁官吏，显示了温睿临的胆识和气节。
        《南疆逸史》对“邪人秽夫”也进行了揭露。作者说马士英“庸鄙贪黩，本无智略”，他“内结操江诚意伯刘孔昭，外约总兵黄得功、刘良佐、高杰、刘泽清”（卷5），起用“机敏猾贼”阮大铖， 组成执政的反动集团。于是出现“邪人秽夫，峰起用事，卖官鬻狱，……贿赂公行，政日浊乱矣”（卷56）。又揭露马士英掌握军权之后，与阮大铖进一步“植党树私，权倾中外”（卷7）。他们争门户，起大狱， “欲尽杀清流，以快己意”（卷5）。马、阮在生活上糜烂奢侈， “歌姬甚盛”，“治亭台园圃，畜声伎以自娱”。行军驻帐“则执版唱以侑酒，人人交欢以为常”（卷56）。马士英带领军队“过徽大掠”（卷14）。他的四镇兵不分守地方，却“暴横江北”（卷5）。更引入注目的是马、 阮的部下，不是“纵兵大掠”，就是“剿杀平民，株连无辜”（卷14）。温睿临揭露、叙述之后，感叹说：“民之苦兵，甚于盗也”（卷30）！
        三、兼书文化与科技
        《南疆逸史》采用纪传体记事，未立《书》、《志》，缺少典章制度文化专篇。从全书内容考察，记事较为广泛。收录了某些学术人物及文化科技资料。例如记有著名思想家黄宗羲、王夫之、方以智的事迹。有著名史学家谈迁、张岱。有文学家宁都魏禧、余姚吕成章事迹。记载虽简略，但可补官私史籍之不足，是研究思想史、史学史和文学史的珍贵资料。例如叙述谈迁撰《国榷》原稿被盗及复成，谷应泰《明史纪事本末》之成书经过，都是原始记录。张慎言、高弘图称谈迁为“奇士”，并赞扬谈迁和张岱“于君臣朋友之间，天性笃至。其著书也，征实覆核，不矜奇门，文以作者自居，故儒林尚之”（卷（43）。又如卷42《万泰传》载：万泰，字履安，“其先定远人国珍，从明太祖起兵，赐名斌，北征战殁，赠明威将军，子孙世袭宁波卫指挥，遂为宁波人。七传而为万表，泰曾祖也。……虽武臣，而好读书谈道，时推理学名臣，至泰遂以文显。举崇祯丙子（1936年）乡试，为浙东名士之冠。……子八人，皆才而好学，季子斯同，尤精于史学”。众所周知，万泰是史学家万斯同之父。各书记述万氏为浙东鄞县（今宁波）人。据此记载知万氏原籍是安徽定远。
        《南疆逸史》还记录编纂实录、开科取士及日食、地震等情况。福王弘光元年（1644年）九月，纂修《玉牒》，辛卯命撰《起居注》，癸己命修《思宗实录》。唐王隆武元年（1645年）十一月，命曹学侄修《思宗实录》“设兰台馆以处之”。隆武二年六月，唐王开科取士，命广额70名，“流寓者皆入试，……举叶琐等175名。士子多以贿进， 乃命复试，落4名。”永历八年（1654年）二月，桂王“开科取士， 四十名，以四川熊谓为第一”。
        又记弘光元年（1644年）八月，“日有食”。十月甲子“凤阳地震。丙寅再震。”十一月己丑，“凤阳皇陵灾，松柏皆烬。”丁未……“淮安地震”。弘光二年正月乙酉朔：“大雪”。壬辰立春，“流星入紫微垣”。隆武二年二月丁亥：“湖广大雨雹，闽所无也。风霾昼黑，对面不相见”。桂王永历元年（1647年）十二月，“肇庆大震”。四年十月辛已朔：“日有食之”。这些都是重要的科技资料，故原文收录。