坚持以大学的专门学者与机构为限，很可能不仅表现了日本学者的自律，更反映了中国学者对于日方其他机构乘机插足以图浑水摸鱼的警惕。因为在东亚考古学会的筹备及此后的活动中，朝鲜总督府和外务省文化事业部起着重要作用，满铁和关东厅也积极介入。1916年，日本殖民当局在朝鲜京城设立博物馆，开始为期5年的古迹调查事业计划， 主管机构为日本枢密院。在后来兼任古迹调查主任的关野博士主持下，发掘乐浪郡汉墓，所得丰富宝藏令世界震惊。关野到欧洲访问研究期间，滨田耕作和原田淑人出任调查委员。1921年，朝鲜总督府设学务局，将本来由枢密院管辖的朝鲜半岛古迹调查事业移交该局负责，成立了古迹调查课，从事调查和保存，1931年，以学术振兴会为核心主干成立的朝鲜古迹研究会，继续朝鲜总督府古迹调查会的事业（注：《大正十年度政务提要》，《朝鲜》83号，1922年1月； 官藤田亮策编《乐浪の古坟と遗物》，《朝鲜》120号，1925年5月；梅原末治：《考古学六十年》，159页。）。而关东厅和满铁， 则积极参与后来东方考古学协会的发掘。
    东亚考古学会于1925年秋组织完毕，但尚未正式成立，便直接寻求与北大考古学会结盟。当年9月下旬，滨田、 原田乘再度发掘朝鲜乐浪汉墓之机相继来华，与北京学术界广泛交流意见，“以为东方考古学之研究，非中日两国学术机关互相联络不易为功”，并举行学术报告会，得到北大国学门考古学会的马衡、沈兼士、陈垣以及朱希祖等人的积极响应，双方决定合组东方考古学协会。为此，首先邀请马衡访问朝鲜，参观引起世界瞩目的乐浪郡汉墓发掘。10月中旬，由研究地质、热衷考古的大新矿业公司理事小林胖生垫付资助，马衡由留学北京畿辅大学的智原喜太郎陪同翻译，如约前往朝鲜，先后参观了乐浪郡汉墓、江西郡高勾丽时代的古墓壁画和朝鲜总督府博物馆，与京都大学教授天沼俊一，东京大学教授村川坚固、田泽金吾，朝鲜总督府博物馆馆长藤田亮策、小泉显夫，京城大学预科校长小田省吾、教授名越那珂次郎、高田真治、黑田干一，东京美术学校讲师小场恒吉，新泻高等学校教授鸟山喜一等交游畅谈。归国后在北大国学门举行演讲会，报告此行收获（注：马衡：《参观朝鲜古物报告》，《北京大学研究所国学门周刊》1卷4期，1925年11月。）。
    在中日两国考古学界彼此沟通之下，1926年6月， 滨田耕作和东亚考古学会干事岛村孝三郎、小林胖生等来北京，双方正式结成东方考古学协会（注：《学问の思ぃ出--原田淑人博士を围んご》，《东方学》25辑，1963年3月。据顾潮《顾颉刚年谱》，东方考古学会成立于 1926年6月30日（中国社会科学出版社，1993年，127页。该书误记为东亚考古学会）。另参滨田青陵《东方考古学协会と东亚考古学会》，《民族》2卷4号。）。1926年6月6日，北大研究所国学门在公教大学召开第四次恳亲会，小林胖生应邀出席，并发表关于其古代箭镞收集和研究的演说（注：《研究所国学门第四次恳亲会纪事》，《北京大学研究所国学门月刊》1卷1号，1926年10月。）。6月30日，以北京大学第二院为会场，召开了东方考古学协会的第一次总会即成立大会，中日双方联合举行公开讲演，并得到中日及欧洲学者的祝贺。其会则规定：该会的目的在于交换知识，以谋求东方考古学的发达；研究结果将以日、中、欧三种文字发表；隔年于日中两国轮流召开研究总会（注：滨田青陵：《东方考古学协会と东亚考古学会》，《民族》2卷4号。）。此外，选举了委员、干事。7月3日，日本学者归国前在北京饭店设宴答谢中国学者，出席者有沈兼士、沈尹默、张凤举、徐旭生、陈垣、林万里、罗庸、翁文灏、李四光、马幼渔、朱希祖、裘子元、黄文弼、顾颉刚等，其中多数为与北大相关而热衷于考古事业的学者，当是参与东方考古学协会的骨干（注：《顾颉刚日记》1926年7月3日。感谢顾潮女士寄赠此条资料。鲁迅也曾接到邀请，辞不去（《鲁迅全集》14卷《日记》，人民文学出版社，1989年，606页）。裘子元时为教育部办事员，好金石碑刻。）。
    按照双方约定，1926年秋应在日本召开第二回总会，并举行东亚考古学会成立大会，因预定出席的中方学者有所不便，耽搁下来（注：滨田青陵：《东方考古学协会と东亚考古学会》，《民族》2卷4号。）。1926年11月，岛村孝三郎等再来北京，与中国考古学者协商，定于明年3月开会，并邀请中国学者派人赴会（注：《东亚考古学协会》，《文字同盟》1号。）。1927年3月27日，在东京大学召开东亚考古学会成立大会及东方考古学协会第二回总会，同时举行中日学者的公开讲演会。中方讲演者为北京历史博物馆编辑部主任罗庸和北大的马衡、沈兼士，讲题依次为“模制考工记车制述略”、“中国之铜器时代”、“从古器款识上推寻六书以前之文字画”，日方讲演者滨田耕作、原田淑人、池内宏，讲题为“支那之古玉器与日本之勾玉”、“汉人之缯绢”。池内原定讲乐浪出土之封泥与朝鲜古史的重大事实，后因病未写成文，另外担任东亚考古学会及东方考古学会干事的小林胖生也随同赶赴东京（注：《东方考古学协会公开讲演会》，《史学杂志》38编6号，1927年6月。）。中国学者在东京参观了帝室博物馆、东洋文库等学术机构，并访问京都、奈良、大阪等地。4月上旬， 沈兼士一行取道朝鲜归国，途经汉城，在儿岛献吉郎、高桥亨以及小林、高田、森等日本学者的介绍陪同下，参观了京城大学、朝鲜总督府博物馆、李王职雅乐部，并到清云洞观看韩巫舞（注：《汇报：参观》，《京城帝国大学学报》 2号；天行：《侨韩琐谈》之三《清云巫舞》、之四《雅乐》，《语丝》134、137期，1927年6月4、26日。）。