然而，名义上的不协调反映了双方实际利益和态度的差异。在此期间，中日关系以及东方文化事业经历了重大风波。1928年4月， 日本第二次出兵山东，并于5月3日制造了济南事变，东方文化事业总委员会中的中国委员全体辞职以示抗议。日方虽未废止原订计划，但将发展重心转到在国内创办东方文化学院（注：黄福庆：《近代日本在华文化及社会事业之研究》，台北中研院近代史研究所专刊（45），1982年， 156、178页；山根幸夫：《东方文化学院の设立とその展开》， 《近代中国研究论集》，东京山川出版社，1981年。）。形势逆转之下，1929年北京的讲演会虽仍使用东方考古学协会之名，可是预定发表演讲的协会委员朱希祖不仅未做报告，还于前一天分别向北大考古学会和东方考古学协会提出辞呈，理由是：“本会自成立以来，进行重大事务，如发掘貔子窝牧羊城古物事件，均未经本会公开讨论，正式通过，致有种种遗憾。委员仅属空名，协会等于虚设。希祖忝为委员之一，对于上列重要事件，其原委皆不预闻，谨辞去委员，以明责任。”（注：《东方考古学协会委员朱希祖先生辞职书》，《北京大学日刊》2260号，1929年10月21日。）由此可见，日方在中国东北进行的各项考古发掘，对其国内虽然坚持声称以东亚考古学会的名义，但在中国境内，为了活动与交流的方便，确实借用了东方考古学协会的名义而未经双方具体协商。朱希祖的辞职，代表了参与其中的中国学者对于日方诚意的怀疑和对其行为的强烈不满。
    在学术范围内，日方的参加者还能保持学术良知与真诚，没有凭借武力进行掠夺性发掘。其活动以合同方式进行，必须有中国学者到场。在合作的名义下，日本考古学界独自举办的考古发掘顺利进行，还趁机广交中国学者，密切彼此关系。来华留学和访问的日本考古学者、学生因而获见《宋会要》稿本、《皇明实录》等珍稀秘籍，参观中国学术机构在殷墟等地的发掘现场，甚至集体深入蒙古、绥远、察哈尔，考察古长城和细石器文化遗迹，收集匈奴时代的青铜器。1930年4 月来华留学的江上波夫，一年内先后到察哈尔、山东、旅顺、绥远、内蒙考察，活动完成，留学生活也告结束（注：《学问の思ぃ出：江上波夫先生を围んで》，《东方学》82辑，1991年7月。）。东方考古学协会解体后， 东亚考古学会仍在中国境内进行了大量考古发掘活动。
    东方考古学协会对中国现代考古学产生了影响。在此之前，从事考古活动的中国学者乃至多数在中国进行考古发掘的欧洲学者，大都半路出家，并非考古专门出身。滨田、原田等日本学者，曾在欧洲接受正规的考古学训练，使用的方法十分精密，在乐浪汉墓发掘中实际运用，令前来参观的中国学者颇受启发，而“此种考古途径，在我国尚未有人著手提倡也（注：《新书介绍：考古学论丛》，《北平图书馆月刊》1卷5号。）”，促使中国的旧式金石学加速向近代考古学转化。马衡回国后即派国学门事务员董作宾赴上海请蔡元培组织殷墟和汉太学遗迹等发掘。以后又与北平研究院携手，亲自担任易县燕下都考古团团长，发掘老姥台（注：傅振伦：《马衡先生传》，《傅振伦文录类选》，学苑出版社，1994年，595页。）。1926年10月， 与北大国学门渊源甚深的厦门大学国学研究院“顷闻北京大学考古学会与日本东京、京都两帝国大学之东亚考古学会，共同组织一东方考古学协会，为国际的研究考古学机关”，要求校方“一面推举代表，参加该会，一面由本校组织一发掘团”，声称：“非实行探险发掘，不足以言考古学的研究”，欲借此使中国的考古学“于世界学术界中占一位置”（注：《厦门大学国学研究院发掘之计划书》，《厦大周刊》158期，1926年10月9日。）。后来又计划与北京大学联合进行风俗调查和古物发掘，“南方风俗则本校担任调查，北方发掘则请北大担任招待，如是既省经费，而事实上亦利便多多。”（注：《国学研究院成立大会纪盛》，《厦大周刊》159期，1926 年10月16日。）
    不过，东方考古学协会内部的分歧，最终还是削弱了日本对中国考古学的影响力，与之关系最为密切的北大考古学会，影响反而不及清华研究院。日方重视北大国学门考古机构，原因之一，是后者在北京的考古学机关中具有官学至尊的地位，这被看重政府行为的日本学者认为是对华施加影响的有力支撑。与此相对，他们视美国系的清华学校国学研究院中的考古学机构为“私学”的代表。后者以人类学讲师李济为主，设有考古学陈列室和考古学室委员会，由李济担任主席（注：《北京に於ける考古学研究机关》，《史学杂志》39编5号，1928年5月。）。凭借较多的资金以及和美国考古学家的有效合作，清华的考古学稳步发展，成效明显，后来成为中央研究院历史语言研究所考古组的台柱。据说该组成立时，马衡要求加入，为所方拒绝。在交往过程中，日方似乎察觉到偏颇，注意加强与清华研究院等机构的联系，以图调整弥补。但预期通过组建东方考古学协会达到参与殷墟发掘的目标，因其事属中央研究院历史语言所承担，而该所负责人傅斯年素有“义和团学者”之称，李济等人又先此与美国的毕士博合作，日方虽曾通过来访的北京图书馆金石学研究室研究人员刘节了解有关情况，并派梅原末治、内藤乾吉、水野清一、长广敏雄等人前往参观（注：《北支史迹调查旅行日记》，《东方学报》（京都）7册，1936年12月。），始终未能实际参与。