1927年夏秋，为了抵制占据北京的奉系军阀取消国学门的企图，由叶恭绰主持改组为国学研究馆，叶亲任馆长。研究馆下设总务、研究、编辑三部，其研究部分为哲学、史学、文学、考古学、语言文字学、艺术及其他七组（注：遐庵汇稿年谱编印会编印《叶遐庵先生年谱》，1946年。另据日本《史学杂志》39编5号（1928年5月）《北京に於ける考古学研究机关》，研究部分六组，无其他一组。）。1928年4月 28日至29日，东亚考古学会在京都召开第二次总会，并举行公开讲演会，中方亦派北大国学馆导师马衡、刘复以及馆长叶恭绰的代理阚铎等人出席。会期第一天为东亚考古学会总会，于乐友会馆召开，报告该会进行的事业，并观看貔子窝发掘以及朝鲜庆州古迹调查实况的电影。次日上午到京都大学考古学研究室参观貔子窝发现的遗物，午后举行公开讲演。马衡、刘复的讲题分别为“戈戟之研究”、“新嘉量之校量及推算”，日方演讲者高桥健和小川琢治（代法国学者E.Licent宣读从天津寄来的论文）的讲题分别为“ 日本上代の马具より见たる大陆との交涉”、“Ordos 河畔に於ける旧石器时代遗迹并びに东蒙古に於ける新石器时代遗迹に关する调查报告”（注：《东亚考古学会第二回总会》，《史学杂志》39编6号，1928年6月。）。
    1929年10月19日，东方考古学协会在北京召开第三回总会，并举行讲演会，由滨田耕作、梅原末治、徐炳昶、张星烺分别演讲“世界各国研究东亚考古学的现势”、“Seythai 文化在欧亚考古学的意义”、“中国西北科学考查团考古工作之概略”、“中国人种中之印度日耳曼种分子”（注：《东方考古学协会讲演会》，《北京大学日刊》2259号，1929年10月19日。）。
    在东方考古学协会的名义下，中日象征性地进行了几次合作考古发掘与调查。1927年4月下旬至5月中旬，东亚考古学会和关东厅博物馆联合进行貔子窝发掘，参与其事者有东京大学原田淑人、田泽金吾、驹井和爱、宫坂光次，京都大学滨田耕作、小牧实繁、岛田贞彦，关东厅博物馆内藤宽、森修，朝鲜总督府博物馆小泉显夫，以及东亚考古学会干事岛村孝三郎、小林胖生等人，中方的马衡、陈垣、罗庸、董光忠中途前来参观，并在其中一处亲自发掘。所以滨田耕作称此项发掘虽由东亚考古学会单独进行，却可以作为日中两国学会亲和的一个事例。只要北大考古学会和东亚考古学会不断重复同样的行为，则成立东方考古学协会的效果，将不仅体现于学会本身的事业（注：滨田青陵：《东方考古学协会と东亚考古学会》，《民族》2卷4号。）。1928年10月东亚考古学会发掘牧羊城，北大考古学会派助教庄尚严前来参加发掘一周。作为还礼，1930年北大发掘河北易县燕下都、老姥台，也请日方学者参加。双方还协议互派留学生，从1928年起，日方每年一人，先后派到中国留学的有驹井和爱、水野清一、江上波夫、田村实造、三上次男。中方因经费困难等原因，派往日本的仅有1928年度的庄尚严。1930年3月， 原田淑人由东方文化事业部出资，到北京大学和清华大学讲学两个月，与北大、清华、燕京等校及中央研究院史语所的学者广泛交流（注：《史学系通告》、《史学系教授会通告》，《北京大学日刊》2341、2367号，1930年2月18日、3月21日。）。其讲演给中国学人留下深刻印象，他在北大、清华举行系列讲演“从考古学上看古代中日文化关系”时，因前来听讲的学生人数太多，不得不换到大教室（注：《学问の思ぃ出--原田淑人博士を围んで》，《东方学》25辑。）。
    三
    日方在东方考古学协会成立后表示：“考古学--特别是研究东亚考古学，实为东方诸学者所负一大人类义务。这是数千年栖息于此、有悠久传统和众多遗产的亚细亚民族的特权。日中两国学者合组的东方考古学协会，可使此‘亚细亚之光’于人类文化史上灿然生辉”，以此为该会存立的意义并预祝其未来的发展（注：《东方考古学协会公开讲演会》，《史学杂志》38编6号，1927年6月。）。而中国学者显然也有借此光大本国文化和发展学术的期望。只是双方对于如何利用这一机缘并发挥各自的作用，想法并不一致。
    日方动议日中合组考古学机构，公开宣称是“为促进东亚诸地的考古学研究，与各国特别是邻邦中华民国考古学界增进友谊，交换知识”（注：东亚考古学会：《貔子窝·序言》，东方考古学丛刊甲种第一册，1929年。），实际上主要目的有二：一是利用合作名义，便于在中国境内调查发掘，尤其想参与举世瞩目的殷墟发掘；二是派遣留学生来华学习和考察。此举与日本的大陆政策以及风尚转向东方主义相吻合，因而得到日本政府的支持，其发掘考察及派遣留学生，均由外务省、关东厅和朝鲜总督府提供资助。而中方虽然也有引进外国财力和技术的愿望，以落实长期不能付诸实现的实地考古发掘设想，却较少政府意愿，并限于学术本身。因此，在东方考古学协会的旗号之下，双方的不和谐时有表露。首先在名义上， 东方考古学协会与东亚考古学会不时混淆。 如1927年东京大会，既是东方考古学协会第二次年会（注：《新书介绍：考古学论丛》，《北平图书馆月刊》1卷5号，1928年9、10月。）， 又是东亚考古学会第一回总会。而1926、1929年的北京会议和1928年的京都会议，则分别为东方考古学协会第一、三回总会和东亚考古学会第二回总会（注：刘复：《新嘉量之校量及推算》，《辅仁学志》1卷1期，1928年12月。）。两会的交错和中日双方各自强调与己关系密切的一面， 使得社会上乃至学术界误传甚多。 关于第一次貔子窝发掘的主办者， 1927年8月日本《史学杂志》38编8号刊登消息《貔子窝の发掘》，声称系以东方考古学协会名义组织；桥川时雄主办的《文字同盟》3 号报导此事，也以《中日学者合作之发掘古物》为题，称“日方好古之士，与中国国立北京大学考古学会、国立历史博物馆代表陈垣、罗庸、董光忠、马衡等四人共参其事”。“发掘所得，暂由京都帝大运回整理。俟整理后，运送北京一部分，交北大考古学会及历史博物馆陈列”。而后来日方撰写报告书时，则以东亚考古学会和关东厅博物馆的名义，并得到外务省文化事业部和关东厅的援助，报告书出版也标名为“东亚考古学会东方考古学丛刊甲种第一册”。亲历其事的庄尚严回忆，组织东方考古学会除互相观摩、交换学生外，还“互相参加两国自己举办的考古发掘工作”（注：庄尚严：《妙峰山·跋》，引自郑良树《顾颉刚学术年谱简编》，中国友谊出版公司，1987年，65页。）。滨田耕作专文介绍两会的联系与区别，立意之一，当也在澄清误会。