但是，南北间的政治关系决定了其经济关系的脆弱性。1992年10月6日，南方的安全企划部公布说， 它已破获北方一个“规模庞大的间谍组织”，在韩国引起震动，南北关系也随之逆转。当时，韩国政府宣称，它不能继续同大搞间谍活动的北方进行经济合作，下令禁止一切企业人士访问北方，南北经济交流骤然变冷。
    不久后，半岛核问题爆发并迅速发展成一切危机。问题尚未解决，金日成主席去世，南北间发生唁电风波。1994年10月，美朝间签署关于核框架协议，局势缓和。但不久后又因据协议援助北方的核电站采用哪国型号发生争吵，直到1995年6月， 韩国得到它将在援建过程中起“中心作用”的承诺，南北关系才重新出现改善的曙光。在得到韩国政府允许韩国企业家重赴朝鲜进行经贸活动的明确态度后，南方的大宇、三星、双龙等18个大财团向北方派出了考察团，同北方重续合作前缘。其中，走在前边的是1996年6 月大宇集团同北方“三千里总会社”各投资1050万美元在南浦合资开办的服装厂，现已开始生产服装、箱包等。这是南北间第一家合资企业。其他的一些南北合资企业正处于不同合作阶段，有的正在筹建厂房。已达成的协议包括在北方生产矿泉水、彩色电视机、洗衣机等食品和家用电器。
    与南北间的经济合作相比，南北间的物资交流受政治关系波动影响更小一些，因此也更显出稳步增长的态势。
    据韩国学者姜声允的统计材料称，到1996年末，南北贸易批准总额为14.35779亿美元（海关总额为12.37348亿美元），其中韩国从朝鲜进口10.59236亿美元（海关统计），向朝鲜出口仅为1.78112亿美元， 南方出现巨大赤字。
    南北贸易商品种类不断扩大。从韩国海关统计的进口商品结构看，1996年南方从北方进口中，钢铁、金属占59.0%，纤维占24.7%，农林产品占6.6%，水产品占5.5%，矿产品占1.0%，在出口商品中， 纤维占60.9%，化学制品占21.0%，机械电子占4.8%，农水产品占4.5%，金属钢铁占0.1%。
    半岛南北经济合作的一个重要方式是委托加工贸易，其数额正随时间推移出现急增趋势。委托加工贸易一般是韩国企业向朝鲜方面提供原材料，利用朝鲜的成本优势委托生产加工，然后将成品运回韩国，向朝鲜支付加工费。这种贸易方式始于1991年， 当年仅占双方贸易总额的0.02%（36000美元），但到1994年时，委托加工贸易额已占双方贸易总额的12.5%，此后逐年增加，1995年达15.2%，1996年增至24.8 %（6032.8万美元）。1996年韩国有24 家企业在朝鲜进行这种委托加工贸易。
    这种贸易方式对南北双方都十分有利，形成很强的互补性。
    1989年1月，韩国现代集团会长郑周永破天荒第一次访问北方， 回到阔别40多年故乡通川。在祭扫先人茔墓之后，他考察了家乡附近的著名风景胜地金刚山，同朝鲜方面达成了合作开发金刚山旅游资源的意向。这是南方企业家第一次进行投资合作的探索。不过，后来由于南北间政治关系影响，这个美好计划被搁置起来。但是，1992年1 月大宇集团金宇中访问北方，同北方达成合资建设南浦工业园区的协议，后来却结出了果实。继大宇集团之后，南方的泰昌饮料集团与北方绫罗888 贸易会社在江原道高成郡联合投资580万美元， 成立金刚山矿泉水合营公司，每年可生产7.6万吨优质矿泉水。 现在南方获批准的同北方合作企业已达18家。
    与贸易相比，南北投资合作成果较少。这主要是，投资合作本身受政治因素影响较大，而且，这涉及双方的相互了解、相互信任以及诸多客观条件的制约。
    南北政府间的经济往来有一些，其中最大一项是韩国参加朝鲜半岛能源组织，为协议中规定的给朝鲜建造两座核电站提供近30亿美元的资金。其次就是近年来朝鲜农业面临危机，韩国每年都向朝鲜提供一些粮食援助。1995年提供15万吨，1997年先后两次提供10万吨。
    影响南北经济合作的因素有许多，其中最主要的是政治因素。首先，南北间的政治关系冷热直接影响着交流状况。其次，南北双方对经济交流抱有不同的想法，南方认为扩大经济交流是诱使北方摆脱孤立、融入国际社会的必要条件，也是减少战争风险、促进北方演变的重要手段。而北方对南方的经济交流动机、人员互访的副作用也保持着极高的警惕。这使得南北的经济交流合作呈现出极强的政治色彩。
    此外，南北间社会制度不同，经济活动的方式和程序也不同，因此它们的交往沟通存在着相当的困难。而双方国内立法和规章制度的差异也时常引起矛盾。比如现在韩国方面虽然已通过立法承认南北经济交流合法，但北方却没有类似的条法，以至经济合作中出现争执无法解决，这也使许多商人对合作持谨慎态度。
    此外，分裂半个世纪，南北两方间在观念、习俗、政治文化等许多方面也存在着相互了解、相互适应的过程，特别是需要消除误解、加强相互信任。这对进一步发展相互关系尤为重要。