新历史考证学之所以“新”，还新在“科学方法”。五四时期对“科学方法”的提倡和使用，是促成新历史考证学兴起的更为直接的原因，“此为蒙受西方之影响而然。”（注：顾颉刚：《自序》，《古史辨》第1册，上海古籍出版社，1982年，第25页。）
    五四新文化运动的主旋律是民主和科学。五四时期对民主和科学的提倡遍及当时中国的思想、文化、学术领域，对史学的影响当然也是巨大的，带来了史学从观念到方法上的更新。五四时期形成了输入西方史学理论与史学方法的热潮以及史学科学化的要求，随之而来的就是中西史学结合的问题。将“科学方法”与中国传统的考证学相联系，是当时学术界结合中西的主要呼声和趋势。
    胡适、梁启超等是最主要的倡导者。胡适反复地强调这样的意思：“中国旧有的学术，只有清代的‘朴学’确有‘科学’的精神。”（注：胡适：《清代学者的治学方法》，《胡适文存》卷2，上海亚东图书馆，1926年，第216页。）他将实验主义中的实验的方法、历史的方法、存疑的方法与清代考证学的方法相结合，提出了“大胆假设，小心求证”的著名学术口号。这其实可以看作是他的“研究问题，输入学理，整理国故，再造文明”号召的具体实践方针。胡适的“科学方法”不仅是借“输入学理”来“整理国故”和“再造文明”，“更重要的是，使得胡适悟出现代科学法则与古老中国的考证学在内在精神上是相通的。”（注：陈平原：《中国现代学术之建立》，北京大学出版社，1998年，第190页。）胡适曾经回忆道：“杜威对有系统思想的分析帮助了我对一般科学研究的基本步骤的了解。他也帮助了我对我国近千年来-尤其是近三百年来-古典学术和史学家治学的方法，诸如‘考据学’、‘考证学’等等。[这些传统的治学方法]我把他们英译为evidential investigation（有证据的探讨），也就是根据证据的探讨，[无徵不信]。在那个时候，很少人（甚至根本没有人）曾想到现代的科学法则和我国古代的考据学、考证学，在方法上有其相通之处。我是第一个说这句话的人；我之所以能说出这话来，实得之于杜威有关思想的理论。”（注：胡适：《胡适口述自传》，华东师范大学出版社，1993年，第97页。）胡适“感觉到清代的朴学与近世西洋所谓科学方法相合，遂以现代学术的眼光表扬清代学者的治学方法，于清儒之中，尤特别表扬戴震、崔述，这都于当时的治学的风气发生了很大的影响。”（注：齐思和：《近百年来中国史学的发展》，《燕京社会科学》2卷12期（1949年10月），第23页。）梁启超同样多次提及清代考证方法的科学意义，如他在《清代学术概论》中说：“清代学者，刻意将三千年遗产，用科学的方法大加整理，且亦确已能整理其一部分。……故清儒所遵之途径，实为科学发达之先驱，其未能一蹴即几者，时代使然耳。”（注：梁启超：《清代学术概论》，《饮冰室合集·专集之三十四》，中华书局1989年版，第76-77页。）
    胡适、梁启超等强调的“科学方法”，都是从方法论的角度力图找到沟通中西学术的途径，史学从中受到的启发和影响最大。顾颉刚总结说：“过去的乾嘉汉学，诚然已具有科学精神，但是终不免为经学观念所范围，同时其方法还嫌传统，不能算是严格的科学方法。要到五四运动以后，西洋的科学的治史方法才真正输入，于是中国才有科学的史学所言。”（注：顾颉刚：《当代中国史学·引论》，胜利出版公司，1947年，第2-3页。）走出经学羁绊的中国史学既已认识到应将“经学考证之法移以治史”，而考证的方法又“暗合科学的方法”，这在崇尚“科学”的五四时期，是新历史考证学得以最终形成的更重要的原因。
    史学“求真”，除去主观上的认识和努力之外，对史料有着很高的要求。人们已经认识到，“审定史料乃是史学家第一步根本工夫。西洋近百年来史学大进步，大半都由于审定史料的方法更严密了。”（注：胡适：《中国哲学史大纲》，上海古籍出版社，1997年，第14页。）“近百年来欧美史学之进步，则彼辈能用科学的方法以审查史料，实其发轫也。”（注：梁启超：《中国历史研究法》，《饮冰室合集·专集之七十三》，中华书局，1989年，第99页。）受到西方史学理论与方法的影响，五四时期的学者对史料的搜集、鉴别和利用给予充分重视。胡适的《中国哲学史大纲·导言》、梁启超的《中国历史研究法》等论著，都重点对史料做了理论上的阐释，区分出不同类别的史料，概括出各类史料的特点，论述了史料的搜集与鉴别的方法。这番工作不仅从理论上论证了以往被认为是不可触动的儒家经典、以往不被许多人承认的材料（如金石、甲骨）都是史学研究的有价值的资料，扩大了史料的范围，而且为以实事求是、求得历史真相为鹄地的历史考证学开辟了新发展的广阔前景。
    极富机缘的是，19世纪末20世纪初以来，新史料的大发现又为新历史考证学的形成和发展带来了意外的生机。传统的历史考证学以文献考证为主，实物考证间或有之，但成就毕竟有限，因为对实物史料的认识和使用是与所发现的实物史料的价值和规模成正比的。乾嘉时期的金石学不可谓不盛，但是仍无法与20世纪初以来的史料大发现所产生的影响相比，很大原因就在于这次的史料发现“自来未有能比者也。”（注：王国维：《最近二三十年中中国新发见之学问》，《学衡》45期（1925年9月），第1页。）新史料的发现，使得历史考证学研究豁然开拓了许多新的领域，也刺激了新历史考证学的形成和发展。因此，王国维的“二重证据法”首次明确地将文献史料与实物史料放在了同等重要的地位来看待。新发现的史料中，甲骨文因罗振玉、王国维等学者的整理和考证而很快显示出了其对于“茫昧无稽”的上古史的重大价值。罗、王以后，新一辈的学者如唐兰、容庚、柯昌济、商承祚等人对甲骨文的研究均对古史考证做出了贡献。“甲骨文和金文经过科学的洗礼，再加上考古学上的其他发现，便使古代文化的真相暴露了出来。”（注：顾颉刚：《当代中国史学·引论》，胜利出版公司，1947年，第3页。）西北简牍、敦煌文书的发现，均为新历史考证学在中古史、民族史、历史地理等多方面的深入研究提供了前所未有的有利条件。由于史学界利用新发现的史料考证中国古史收益甚多，1922年，有人以“专门旧学之进步”将这种状况总结为“昔人所谓考证之学，则于最近二十年中，为从古未有之进步。”（注：抗父：《最近二十年间中国旧学之进步》，《东方杂志》19卷3号（1922年2月10日），第33页。）十七年之后，金毓黻的《中国史学史》中“最近史学之趋势”一章，针对上述观点有所辨正：“与其谓为旧学之进步，无宁谓为国学之别辟新机，与其谓从古未有之进步者为考证学，无宁谓为史学。”（注：金毓黻：《中国史学史》，河北教育出版社，2000年，第397页。）金氏所论的依据，“悉为近三四十年间之收获”，他明显意识到了考证学与史学的密切关系。其时，历史考证学已经发展成为中国史学的主流。