无论是司马迁时代基于五行学说上的黄老思想和儒家思想，还是郑樵时代的理学思想，都属唯心主义体系，作为统治思想，它们都分别要对二人的史学发生影响。二人对各自时代的统治思想态度是不一样的。司马迁对无为而治思想和儒家思想采取的是赞美和顺从的态度。对黄老思想尤为如此，并以此为准则评判汉武帝穷尽民力、好大喜功的举动。对后来独尊的儒家思想也不太反感，还把孔子列入世家。但司马迁又不完全忠于儒家学说，他对陈胜和项羽的歌颂，对武帝的揭露都不符合“君君臣臣”思想。司马迁基本上是儒道兼用，这种思想就成为《史记》的思想基础。郑樵对宋代理学的态度与司马迁对待统治思想的态度截然不同，他斥责义理之学“操穷理尽性之学，以虚无为宗”，⑧“以空言著书，至于历代实迹无所纪系”⑨。并且在会同史料时“惟虚言之书，不在所用”⑩。道家思想和儒家思想分别对汉初的恢复和大一统的形成起了作用，而宋代理学却与当时破碎的国家需要强大、务实不合拍，所以司马迁对儒道的吸收和郑樵对理学的抛弃都表明他们有见识。比较起来，郑樵在理论上对唯心主义统治哲学的批判要比司马迁强烈。但另一方面，司马迁虽尊儒尽忠却敢于直书实录，揭露武帝；郑樵虽倡求实去虚却不敢直书当代，甚至近代，原因是“《唐书》、《五代史》皆本朝大臣所修，微臣不敢议，故纪传迄隋。”（11）他缺乏司马迁的胆量，深怕触犯本朝忌讳，直到宋高宗正式下诏许可，他才敢动手修《通志》。可见他对唯心主义理学的背叛也是有限度的。
    在是否用辩证法观点看待历史上面，司马迁提出写历史要“通古今之变”，表明他是用发展的眼光看历史，认为历史是在不断变化的。司马迁还说过：“物盛而衰，时极而转，一质一文，终始之变也。”（12）这里讲的“变”是指社会不断地变化和发展，“终始”指的是因果关系，“通古今之变”的目的就是“稽其成败兴坏之理”（13），探寻社会治乱兴衰的规律。从“变”的观点出发，司马迁在写作上采取了详今略古的方法。其指导思想是“法后王”；“战国之权变亦有颇可采者，何必上古？秦取天下多暴，然世变异，成功大。传曰‘法后王’，何也？以其近己而俗变相类，议卑而易行也。”（14）“法后王”肯定了历史发展的方向是一代胜过一代。为了更好的“通古今之变”，司马迁选择了通史的形式来记载历史。与此相应，郑樵也提出了“极古今之变”的会通理论：“贯二帝三王为一家，然后能极古今之变。”（15）“天下之理不可以不会，古今之道不可以不通，会通之义大矣哉！”（16）郑樵的“极古今之变”也是为了探寻治乱兴衰，把二帝三王之类事迹连贯起来看兴废，为现实政治作鉴戒。出于这个目的，他竭力主张修通史，而对班固创断代史大加抨击：“由其断汉为书，是致周秦不相因，古今成间隔。”（17）郑樵也承认历史的发展趋向，认为“中古之前一代质于一代，中古之后一代文于一代。”（18）在主张“通古今之变”上，二人如出一辙，可见郑樵对司马迁的继承关系。不同的是，司马迁在实际编纂中详今略古，以行动实践其变通古今的理想；而郑樵却略今详古，对当代史不敢著一言，因此其《通志》在“极古今之变”的实践上大大逊色于《史记》。
    三、司马迁与郑樵历史研究方法的比较
    在“通古今之变”的辩证的进步史观指导下，司马迁在编纂《史记》时采取了两个基本方法：第一是“原察始终，见盛观衰”，即用追原其始，察究其终的方法来研究历史，把握历史演变的连续的整体过程。在作贯通研究的同时，进一步划分段落来详察。《史记》五体基本内容是按时间顺序叙说的，这清楚表明了司马迁贯通的历史观点，同时他还注重贯通中的阶段性，这以十表为代表，《三代世表》和《十二诸侯年表》是古代史表；《六国年表》和《秦楚之际月表》是近代史表；《汉兴以来诸侯年表》是现代史的专题年表。这三大段历史的详略层次是极为分明的。司马迁的第二个方法就是创造类传、合传，作古今纵横的对比。《史记》七十列传是按以类相从的原则编纂的，这其中包含有司马迁横向研究历史的方法。例如《仲尼弟子列传》、《孟子荀卿列传》、《老子韩非列传》、《儒林列传》等等一系列的合传、类传，把古今学术的变化发展作了条理性的论述，分合源流，线索分明。这是司马迁发明的历史类比研究的方法。千年之后的郑樵，其“会通”方法正承袭了司马迁的方法。“通”包括纵通和横通：“总天下之大学术而条其纲目。”（19）“以其至要者条而为纲，以其滋漫者釐而为目。”（20）“图成经，书成纬，一经一纬，错综而成文。”（21）“上稽三皇五帝之形势，远探四夷八荒之巢穴。”（22）“班固不通旁行邪上。”（23）“仲尼会其书而为一，举而推之，上通于尧舜，旁通于秦鲁，使命天下无逸书，世代无绝绪。”（24）上述的“纲”、“经”、“纵”、“上稽”、“邪上”、“上通”显然是指纵通，“目”、“纬”、“远探”、“旁行”、“旁通”则显然是指横通。纵通就是把史料按时间先后的顺序编排，以便“极古今之变”，弄清历史的发展始终。他在年谱中把吕后、武则天的统治增入表中，使历史前后相贯。和《史记》一样，《通志》也注意到在通贯古今的同时划分阶段：“古代帝王犹以名行，……三代之前姓氏分而为二，三代之后姓氏合而为一。”“中古之前一代质于一代，中古之后一代文于一代。”（25）这样就把历史分成了三个阶段：上古（三代之前）、中古（三代之后至近古）、近古（中古之后），把纵向研究深化了一步。横通，是指扩充历史资料的推衍，如《通志》纪传部分为春秋时期补立了130多人的传，使人们对春秋时期有了更广泛的了解。这两种考察历史的方法，司马迁和郑樵是相同的，不过在横通方面郑樵比司马迁阐述得明确一些，而《史记》则是以其类传、合传的实践表明这点的。
    四、司马迁和郑樵写史动机的比较
    司马迁写《史记》目的在于反映当时的大一统盛世，并完成其父司马谈的遗愿。此外，他的另一个动机就是要与汉武帝论是非。他被汉武帝施以宫刑之后赌气地说道：“要死之日，然后是非乃定。”（26）因此在《史记》中他暴露了汉武帝的许多荒淫行径。而郑樵对于当时政治并无反感和不满，他的激奋之情和发奋之因完全是基于学术方面，他对于千年以来史学界断代为史极为不满，认为断代为史割裂了历史发展线索，且容易出现欺天之学、欺人之学。司马迁写《史记》并不急于发表，而是要“藏之名山”（27），传之后世，因此他把全部身心投入进去；而郑樵则不然，他“独切切于仕进”（28），急于把著作献给皇帝以便获得个一官半职，因此他在短短的两三年内就把《通志》赶纂了出来，因此其纪传部分难以保质。由于写史之初就有献给皇帝的愿望，因此他没敢写到当代，甚至近代，这使《通志》的“通”大大打了折扣。司马迁虽然官为太史令、中书令，但并不贪官，这与郑樵急功近利的思想大不相同，二人史著有高下之分，这也算原因之一。