根据《蒙古联合自治政府组织大纲》规定：“（一）新政权以蒙疆地域为中心，以东亚民族构成之；（二）新政权称蒙疆联合自治政府；（三）新政权之首长称主席；（四）新政权本东亚之道义，施政以民意为本；（五）首都奠定于张家口。”（注：卢明辉：《德王“蒙古自治”始末》（下），内蒙语文历史研究所1977年版，第274页。）其《施政纲领》主要有三方面：一是“宣扬东亚道义”、“大同协和诸民族”。二是“团结友邦，同志相契，以奠定东亚新秩序之建设”；三是“从共产主义毒害中解放诸族，以资强化世界‘防共’战线。”另外还有“新兴民生，确保安宁”，等。（注：卢明辉：《德王“蒙古自治”始末》（下），内蒙语文历史研究所1977年版，第274页。）关于蒙古联合自治政府的“国旗”，原来的三个自治政府有各自的旗帜，此次统一政权建立后，专门制定了统一的“四色七条旗”，该旗帜赤色条在中间，表示以日本为中心，其次上下两条为白色，象征回族，接着的上下两条是兰色，象征蒙古族，最外两条是黄色，象征汉族。在蒙古联合自治政府的《成立宣言》中说明了该政权的性质与目的：“我蒙古、察南、晋北三自治，夙具同戚同休之心，誓共防共安民之志，必须标本兼治，通力合作，因而肇建蒙古联合自治政府，以期防止共产，协和民族。爱承友邦日本之提携，密切联系日、蒙、满、华，达成巩固之一环，向建设东亚新秩序迈进，发扬东亚道义之精神光彼世界，冲进人类之福祉，功垂金帛。”（注：卢明辉：《德王“蒙古自治”始末》（下），内蒙语文历史研究所1977年版，第276-277页。）
    1939年6月11日，在金井章二的导演下，德王与于品卿、夏恭一起面见莲沼司令官，表示三个“自治政府”愿意合并，成立统一的新政权。8月29日，德王召开了第四次蒙古大会，决定与察南、晋北合并。9月1日，蒙古联合自治政府在张家口成立，德王担任自治政府主席，金井章二任最高顾问，于品卿、夏恭为副主席，村谷彦治郎任主席办事机构--秘书处的处长。卓特巴扎普任行政院院长、李守信任蒙古军总司令兼咨询性质的参议府议长（聘杨桑为名誉议长、特任吴鹤龄为参议）。政务院下设总务部、民政部、治安部、司法部、财政部、产业部、交通部及牧业总局、电报局、榷运清查总署、税务监督署、兴蒙委员会、经济监察署以及蒙疆银行、蒙疆学院、蒙古文化馆、中央警察学校、蒙疆新闻社等。驻蒙军对蒙疆政权的控制手法与关东军对满洲国的控制手法一样，由日系官吏掌握总务厅，架空“总理”，各部次长也由日人担任，掌握实权。
    日本军方对于蒙古联合自治政府的控制依然是由驻蒙军司令官“统监政务”，具体由兴亚院蒙疆联络部（长官岩崎民男少将）实行“内部指导”，这种“内部指导”是以该政权内的最高顾问及以下的日系职员组成了掌握政权的核心。最高顾问金井章二于1941年11月27日“勇退”。12月20日，大桥忠一接任，但由于大桥同驻蒙军不和，不久便回国。此后，军部就未再派来最高顾问，由驻蒙军直接操纵蒙疆政权。在蒙疆政权初建时各政厅内，日系官员占百分之十，在警务行业达到百分之二十二。（注：［日］《华北治安战》（1），第68页。）其后经过两次机构改革，到1941年4月1日，在蒙疆政府中，共有日系官吏1993名，其中在中央官厅及直辖官厅856名、在各政厅752名、在各市县旗公署及直辖官厅385名。另外，在警务系统还有500名左右日系警官。（注：［日］《华北治安战》（1），第499-500页。）日系官吏在蒙疆政权内飞扬跋扈，控制一切。德王回忆说：“在各级政权及各会社公司中，日本人自成一个统治的系统，掌握一切权利。凡是重要事情和机密文件，都由日本军部或兴亚院蒙疆联络部通知蒙疆联合自治政府最高顾问或总务厅长，由总务厅长通知各部局次长、各省、盟公署次长或参事官，各公司或会社的日系负责人，再由省、盟公署下达各旗、市、县日系参事官或顾问做秘密处理，不使当地人首脑知道。其中有的事情，需要当地首脑讲话时，给他作出文稿，让他当众宣读。所以各级政权、机关首脑，大都成了签名划行的傀儡，有时仅起传声筒的作用。就是特别接近日本方面的金永昌、陶克陶、杜运宇之流，也不能参加日本系统的会议。”（注：《德穆楚克栋鲁普自述》，第122-123页。）长期担任政务院长兼察盟盟长的卓特巴扎普很少过问政事，要去盟公署时先要给公署的日本顾问送去名片，以示要去上班，对此，日本顾问非常欣赏。驻蒙军司令官冈部直三郎也承认：“在政府内部，日系官吏和现地人官吏完全脱离，即使在日系官吏内部也有派阀之争。军的幕僚及司令部军官特别是下级军官有简单、任意驱使政府，强制推行的倾向。联络部在驻蒙军司令官指导之下，如果没有驻蒙军的势力为依靠做事，或者达不到目的，或者在推行政令时撇开现地方面，不是没有这种忧郁的。”（注：《冈部直三郎中将日记》，转引自《华北治安战》（1），第224页。）
    德王一直追求蒙古独立建国，由于驻蒙军还要利用德王在蒙古族中的号召力，所以在一定程度上对德王也有妥协。另外，在军方内部也有人主张建立“蒙古国”。金井章二就说：德王“每回来日本的真正目的就是蒙古国及其国王。对此，内地的参谋及陆军省周围的军人也不是不接受的。作为最高顾问的我自始自终都受来自这两方面的夹板气。”但是，金井章二坚持认为：“陆军的奇怪的地方是即使在上述的气氛中，无论如何也要给予蒙古独立地位的狂热意图，由于这些人在下面许多属于盲动，却不容易作成。”（注：金井章二：《内蒙自治政府成立以前》（39））1941年，吴鹤龄从日本回来就任政务院院长，德王有了得力干将，两人具体策划蒙古建国事情。吴鹤龄主张“建国”分两步走，第一步是建立蒙古自治邦，第二步才是建立蒙古国。他们曾对蒙古国的国体进行过研究，吴鹤龄对德王说：“蒙古建国的国体问题，如仿照日本和‘满洲国’，应当采取君主国体或君主立宪政体，比较容易行得通。但如从远大目标说，我们不是还希望吸收外蒙建立大蒙古国吗？为了实现这个远大目标，应当采取民主共和国体。”又说：“无论采取共和国体或君主国体，主席（指德王）当国家元首是没有问题的。建立蒙古共和国你是终身总统，如建立蒙古帝国，你是民选皇帝。”（注：《德穆楚克栋鲁普自述》，第112页。）对于未来蒙古国的年号，德王说：“我认为最好是用‘成德’二字。因为‘成’是成吉思汗的成字，‘德’是我名字的头一个字，合起来就是我继承成吉思汗之德。”（注：《德穆楚克栋鲁普自述》，第112页。）为了蒙古建国，吴鹤龄向驻蒙军提出，将蒙古联合自治政府改为“蒙古自治邦”，开始驻蒙军不同意，到苏德战争爆发，驻蒙军意识到要进一步利用德王等，才同意改为“自治邦”，但对外仍称“蒙古联合自治政府”。1941年8月4日，“蒙古自治邦”正式命名，但没有举行任何仪式，只是换了一块牌子。德王坚持主张建立“蒙古自治国”，吴鹤龄劝说：“‘国’与‘邦’在汉文解释上虽有不同，但用蒙文翻译过来，都叫‘敖洛斯’，对蒙人也能说得过去。”自此，蒙疆政权在内部改称“蒙古自治邦”。