商会的这种仲裁商事纠纷职责及其实际功效，从商会产生起就开始逐渐普及。这除了可以从上面已提及的商部要求各商会填写“理结钱债案件报表”一事推而知之之外，当时发生的浙江湖州武康商务分会因要求受理商事纠纷案件而受到地方官府批驳一事，也提供了一个有力的例证。该会在报请地方官府审批的章程中“有理案问案等名目”，地方官府对此批驳为“侵越行政之权”，而只准该会对商事纠纷进行“协议和息，不得受理诉讼”。官府的这一批示，虽然不同意武康商务分会对商务纠纷有像官府那样的“理案问案”之权，但也没有完全否定其仲裁之责，所谓“协议和息”也是一种仲裁，只是在裁判的方式和权限上有别于官府，而与其他商会的仲裁职责基本相同。对于官府这一批示，上海商务总会所办的《华商联合报》曾发表评论说：“现在之商会，专以理处商家讼案为事，是与官衙有何异耶！然则武康商会所拟章程如是，吾何必深其责备哉。”（注：《湖州武康商务分会之怪现状》，《华商联合报》第15期，“海内外商会纪事”，第2-3页。）《华商联合报》的这一评论者，对商会“专以处理商家讼案为事”不无异议，但也告诉我们，商会仲裁商事纠纷案件已成为一种比较普遍的现象，对于武康商务分会的理案要求政府也不必深加责备。
    商会仲裁商事纠纷的方法和职能也在逐步改进和加强。在商会成立之初，仲裁商事纠纷的事项均由商会会董兼理。如部颁章程和天津商务总会章程所说的：“总理定期邀集各董秉公理论，从众公断”。上海商务总会的1904年制定章程，则在“本会领袖议事各员”一条中规定：“分察公断、调查、中证各事，临时添派议董，无定额。”（注：天津档案馆等编：《天津商会档案汇编（1903-1911）》，第6页。）即根据商事仲裁工作的需要，由商会临时派员办理。此后则有所改进，如上海商务总会在1905年改选商会董事时，增设了5名“理案议董”，专门负责钱债纠葛的公断调停。1907年修改章程时，理案议董的职责明确规定为“监理钱债纠葛词讼诸事”，对其任职资格也明确要求是“明于法律者”；对于理案程序规定为：“凡钱债纠葛，商会允予理处者，由总协理交于理事或理案议董先邀两造详询原委”，然后“由总协理、议董公同集议议决”；还制定了“理案试办章程十条”，对处理钱债纠葛的范围、程序作了较为明确的规定（注：《上海商务总会第三次禀定详细章程九十二条》，严廷桢：《上海商务总会历次奏案禀定详细章程》，第38-55页。）。
    上述商会的商事仲裁活动，由于没有专门的机构和规章，只有几个商董分工负责，以约定俗成的方法进行仲裁，无疑会影响仲裁的效果；同时也难免会分散商会的振兴商业的职责功能而遭到某些非议。但是，商会的仲裁商事纠纷已成为法定职责，已显示了它的某些现代司法性质和实际功效，其方法和职能也有所改进和加强，加之大多数商人和商会对商事仲裁的积极主动精神，以及政府主管部门的重视和支持态度，为商会商事仲裁制度在后来的发展打下了良好的制度和实践基础。
    二、从商事裁判所到商事公断处
    在商会产生后不久，仲裁商事纠纷日益成为商会的日常重要事务，为了更好地适应这一事务的需要，开始出现了商会附设的专职商事仲裁机构--“商事裁判所”。
    关于设立商事裁判所的议论，从1906年就开始了。当时的《商务官报》曾刊文介绍了西方的商事裁判所制度。该文章说：“商法、商标条例、印花规定，皆商业法令也，为数至夥，是以商业裁判所应与普通裁判所不同，裁判官亦须特别知识。欧洲各国，于特别任用法令之下，简举实业家及具有一定之资格者，为商业裁判所判事。据比利时之例，凡裁判所辖地之商人，岁纳营业税满二十法郎（每不足四法郎抵上海银一两，二十法郎抵中国银圆七元二角），且有市会议员之选举权者，即有选举判事权，有此资格而又有超特之才识、营商业历五年以上者，得被选为判事。如日本则以商业裁判为普通裁判兼管之职，以其商业尚在幼稚时代故耳。”（注：杨志洵：《商业机关释》，《商务官报》第25期，光绪三十二年十一月初五日，第6页。）这里，在介绍西方商事裁判所的同时，也指出了商事裁判所随着商业发展和商业法制建设而产生的必然性，以及商事裁判所由商界自治的组建原则和方法。不久，中国的商事裁判所便顺着这一理路和组建原则而产生。
    从1907年起，由商会设立的商事裁判所开始出现。是年8月，成都商务总会率先设立了商事裁判所。从该会所制定的规则来看，商事裁判所的设立具有这样几个特点；一是具有比较完整而严密的制度体系。该规则内容详达101条，对设立缘由、建所宗旨、组织方式、理案程序、结案方法等都作了比较详细的规定。二是以部颁商会章程的有关规定为依据，设立商事裁判所作为仲裁商事纠纷的专职机构。第一条规定：“本商会查照奏定商会章程第七、第十五、第十六等款，应有保商、振商之责，及代商伸理各事与裁判之权，因遵于本会中附设特种机关，为商事诉讼之处理。”三是采取直接处理和间接裁判两种仲裁方式。第二条规定：“本商会所设之机关，专以和平理处商事上之纠葛，以保商规、息商累为宗旨。然直接则为曲直是非之剖断，间接亦有强制执行之性质，应名曰裁判所。间接强制执行者，即由商会禀申商务总局，移行地方官照律分别惩罚押追是也。”（注：《四川成都商会商事裁判所规则》，《华商联合报》第17期，“海内外公牍”，第1页。）由此可见，成都商务总会所设立的商事裁判所，具有比较完整的组织体系和制度体系，可以说是商会商事仲裁制度建设的开端。此后，有些商会仿效成都商会设立了类似的商事仲裁专职机构。根据现有见及的史料，到1909年时，至少有重庆、保定的商务总会设立了这类专职机构，称之为“商事公断处”。
    这些商事仲裁机构设立之后，曾在仲裁商事纠纷中发挥了积极的作用。如成都商务总会所设的商事裁判所，从1907年10月21日开始理案到1908年1月23日的60余天中，即裁决商事诉讼案23起，而且“解决各节尚属明白平允，极得两造诚服，商众翕然称便”。重庆商会设立的商事公断处，每当处理各帮的商事纠纷时，“重庆知府或亲往参加，或派员出席，并担任监督，商会会长和本帮的帮董则为主要的仲裁者，处理办法决定后，则由知府交给巴县县堂执行，商民莫敢违抗”（注：参见王笛：《跨出封闭的世界--长江上游区域社会研究，1644-1911》，中华书局1993年版，第573页。）；因此，在成立后的短短两个月中就理结了一批商事诉讼案件，取得了良好的效果（注：《重庆商事公断处宣统元年八九月份断结各案事由一览表》，《重庆商会公报》第163期。）。又如保定商务总会设立的商务裁判所，“凡商号一切诉讼案件概归商务裁判所办理”（注：《保定商会设所裁判讼案》，《华商联合报》第8期，“海内外商会纪事”，第1页。）。