作为商会直接领导者的工商部，对确立商事仲裁制度是抱积极态度的，并赞同和支持商会的主张，倾向于设立商事裁判所。这除了在上述与司法部的交涉中已有所表现之外，工商部还翻译发表了“法国商事裁判所制度”一文（注：《湖南实业杂志》第6期，1912年11月版。），为设立商事裁判所制造舆论。全国工商会议结束后，工商部立即采纳工商会议的议决意见，与司法部协商设立商会商事仲裁机构问题。1913年1月8日，工商部函商于司法部，希望能同意设立商事裁判所。司法部随即以法院编制法内无此项之规定而拒绝之，只同意“暂就商埠及商务繁盛之区地方审判厅内酌加民事法庭，专理商事诉讼”（注：《司法部致工商部咨拟就各商埠地方审判厅内酌加民事法庭专商事诉讼等情希核复函》，《政府公报分类汇编》，第33册，“商业”，第88页。）。1月22日，工商部再次函商司法部，指出：“现在法院编制法尚未经参议院通过，如能乘此时机稍予修改，则此后凡关于商事诉讼各案，均有所根据……本部详加核议，可否于各大商埠及商务繁盛之区，添设商事裁判所，其余普通商务地方如有设立之必要者，于地方审判厅内酌加民事法庭，专理商事诉讼。”但是再次被司法部以“修改法院编制法，增设商事裁判所，本部意见以为至速亦须五、七年后，始能议及”，而加以拒绝（注：《工商部致司法部商事裁判所可否准其于商埠及商务繁盛之区设立等情核复文》、《司法部复工商部增设商事裁判所一节一时碍难以及函》，《政府公报分类汇编》，第33册，“商业”，第88-90页。）。
    至此，设立商事公断处便成了唯一的选择。1913年1月28日，工商部与司法部联合颁布《商事公断处章程》39条，由此第一次确定了商会设立商事仲裁机构的法律依据及其职责、权限和操作程序。该章程规定：“商事公断处应附设于各商会”；公断处的人员和经费由商会自筹；“公断处办事细则由各商会拟定，报明各该地方长官核准后转报司法部、工商部会核”。这些规定使商会设立商事公断处有相当的自主权。但是对于商事公断处的仲裁权限，该章程则规定：公断处“对于商人间商事之争议，立于仲裁地位，以息讼和解为主旨”；“受理商事争议之案件，以左列各款为限：一于未起诉先由两造商人同意自行声请者，二于起诉后由法院委托调处者”；“已经起诉之案，无论出自商人声请或法院委托，在两造情愿息讼，（公断处）对于法院均有撤回呈诉之权”；所作出之公断，“必须两造同意，方发生效力”；“两造对于评议员之公断如不愿遵守，仍得起诉”；“评议员于公断后，两造均无异议，应为强制执行者，须呈请管辖法院之宣告”（注：《商事公断处章程》，《政府公报》1913年1月30日，第264号，“命令”。）。这就是说商事公断处只是一种民间调解机构和地方法院的辅助机构，没有判决权和强制执行权。
    《商事公断处章程》颁布后，有些商会提出过一些修改意见，旨在扩大公断处的裁决权和执行权。在1914年3月举行的全国商会第一次全国代表大会上，有江西省商会联合会事务所、南昌商务总会、吉林省商会联合会事务所、四川省商会联合会事务所、广东省商会联合会事务所、河南省汲县商会等提出6件议案，其中除了3件系要求设立商事裁判所，或要求增设民事庭专理商事诉讼，或要求商事诉讼由商会送讯及商事纠葛先由商会公断之外，直接要求修改《商事公断处章程》者3件。经会议讨论，决定对前3件“暂缓呈请”，或“不必呈请”，对后3件则“应并案呈请”，其总体意见是认为《商事公断处章程》，“于组织、（职员）选任、（公断）权限、（职员）制裁四者，殊多缺点，若不亟加修正，将来办理必多障碍”。具体言之，就是要求删除第37条，即“（因渎职）退职或除名之（公断处）职员，当事人如因其渎职而受损害，并得要求赔偿。要求赔偿，须先向（公断处）处长或商会总理行之”；要求对以下4条进行修改，即第15条：“公断处受理商事争议之案件，以下列各款为限：一、于未起诉，先由两造同意，自行声请者；二、于起诉后，由法院委托调处者。”第20条：“评议员于公断后，两造均无异议，应为强制执行者，须呈请管辖法院为之宣告。”第22条：“（所收公断）费用之用途，评议员须向两造宣告，并须得其同意。”第27条：“公断之开始，必须两造到场，不得有缺席之判决。”（注：《商会联合会始末记》，《时事汇报》1914年第6号，第25-26页。）这些修改意见，在1913年末已由江西省商会联合会事务所、黑龙江省商会联合会事务所和通崇海泰商务总会联名向工商部提出过，工商部也已“先后函送司法部核办”，但司法部不予接受，回复工商部说：“查该草案之用意，系在以商事公断处之名，行商事裁判所之实。唯商事裁判所之性质，究与商事公断处迥不相同。草拟各条虽非无见到之语，但按之现行法规，实属无所依据，所请修改之处，碍难准行。”（注：《工商部咨各省民政长、都统准司法部函称赣省联合会事务所所修订商事公断处章程各条碍难照行文》，《政府公报》1913年11月16日，第552号。）工商部只得将司法部的意见转达给各商会。
    由上观之，商事公断处权限之争是一个比较复杂的问题，它牵涉到三方两面。所谓三方，即商会、工（农）商部、司法部。其中商会和司法部构成矛盾主要两方，工（农）商部处于中间协调地位，只能向司法部转达和阐释商会的要求，没有决定权。就此而言，工（农）商部应该说基本尽到了自己的职责。除了上述与司法部的交涉之外，工商部还采取了配合和支持商会的行动，正如该部在1913年11月14日给各省区民政长和都统的咨文中所言：“案查本部前据黑龙江商会联合会事务所及通崇海泰商务总会，抄送赣省商会联合会事务所修订商事公断处章程草案，请提交国会议决等情到部，业经本部先后函送司法部核办在案。”（注：《工商部咨各省民政长、都统准司法部函称赣省联合会事务所所修订商事公断处章程各条碍难照行文》，《政府公报》1913年11月16日，第552号。）所谓两面，即商会的商事仲裁自主权和司法部门的司法独立权。平心而论，上述商会所提出的修改要求和司法部的答复，各有所持，亦各有道理。就商会的要求而言，要求删除第37条和修改第22条，无疑是为了避免责任和便于操作，实质上是一种只要权利而不负责任的态度。其余要求修改之处，主要是针对条文中所规定的“先由两造同意”、强制执行者“须呈请管辖法院为之宣告”、“不得有缺席之判决”，旨在扩大公断处的判决及其执行权。因此，司法部所指出的其用意“系在以商事公断处之名，行商事裁判所之实”，亦不无道理。就是商会方面，意见也不统一，并有这样的评论：“其主张，过分侵越法权者固属甚多，而条例清晰堪供采用者亦属不少。”（注：《请修改公断处章程案》，《中华全国商会联合会第二次大会报告书》，“议案”，第83页。）如果单从商会的角度来说，其所提出的要求有利于提高商事仲裁的效力，也反映了商会自治意识的强化。如果从司法制度的角度来说，商会所提出的要求确实如司法部和有些商会所指出的那样，有“侵越法权”之处，且缺乏足够的责任感，表现出法制意识的缺乏。商会作为一种民间社团，如果它所属的商事公断处具有如有些商会所要求的判决和强制执行权，且各商会各行其是，无疑会影响司法的独立性和公正性，甚至引起司法制度的混乱。从总体上来说，司法部和工商部所制定的《商事公断处章程》，把商事公断的职责界定为商事纠纷调解和协助司法机关审理商事案件，应该说是合理的。关键的问题是如何使商事公断处及其商事仲裁规范化，并提高其仲裁效力。
    《商事公断处章程》公布以后，商事公断处很快推广开来。1913-1915年间有不少商会新设了商事公断处。如上海总商会在1914年设立商事公断处，并制定《上海总商会商事公断处办事细则草案》，规定：“本公断处以处理商事之争议，息讼和解为宗旨，然直接则为曲折是非之剖断，间接亦有呈请管辖法院按律强制执行之效力。”（注：《上海总商会商事公断处办事细则草案》，《上海总商会汇编商会法规》，该会1916年编印。）到1915年时至少已有14个省区的65个商会设立了商事公断处，其中10处为总商会所设，其余55处为县级分会或分所所设，它们是：京兆：京师、平谷；直隶：保定、乐亭；奉天：奉天、通化、岫岩、开原、桓成；吉林：哈尔滨、扶余；山东：莱阳；河南：郑州（河南商务总会）、沁阳；江苏：上海、高淳、肃县、六合、吴江、太仓、吴县、保应、泰县、松江、青浦、东台、徐州、平望、青浦珠街阁；福建：厦门、福安、长乐、浦城；浙江：杭县、嘉兴、常山、安吉；湖北：光化老河口、嘉鱼；湖南：湘乡、永定、保靖、芷江、零陵；四川：成都、重庆、绵阳、古蔺、崇庆、井研、梓潼、灌县、青岳、荣昌、渠县、威远、南充、乐山、邻水、泸县、三汇；广东：番禺；广西：桂林、兴安、籐县（注：中华全国商会联合会会报社辑：《全国商会职员表》，1914年8月版。《既设商事公断处地方一览表》，《中国年鉴》，商务印书馆1923年版，“商会统计及商会法”，第1575页。）。