兆鳌祖籍山东。其始祖仇悆，字泰然，于宋徽宗大观年间，自山东益都来知明州（即浙江鄞县），封益都伯，遂家于鄞⑥。仇谱康熙四十年辛巳（1701）下，有“秋尽还家，新居在县学之东厅，壁拈一联云：‘祖武宜绳，北自益都开南宋；圣人可学，西瞻泮水即东山。’”等一段文字可证。曾祖字晓湖，祖字庆元，父遵道，字公路，诸生，潜究理学，在乡以启迪后进自任，贤俊时出其门，卒年八十一。
    仇兆鳌在杭州上方寺开馆教学数年里，曾往来于杭州、绍兴间，在古小学书院，结识了明末清初大思想家、学者黄宗羲（梨洲），宿儒姜希辙（字二滨，号定庵，明崇祯举人，入清后官至奉天府丞，著有《左传统笺》、《两水亭集》等），相与研讨学问。梨洲先生曾作诗记与仇沧柱等于重九日登高事，并有专赠仇氏诗二首，其一云：“积叶窗前日日深，读书好自傍岩阴。百科已竭时文力，千载惟留当下心。坊社连环何足解，儒林废疾望谁鍼。凭君一往穷经愿，明月当前日未沉。”其二云：“禅院幽扉客至开，上方石壁翳苍苔。题名隐显钱江柳，弹指兴亡现去来。铿尔磬声留木末，悠然帆影过窗隈。城南胜地人文萃，好傍云山筑讲台。”按仇兆鳌入翰林院后，竭尽忠款为清朝廷做了许多文字校订工作。清蒋良骐《东华录》卷十三，记有康熙二十五年丙寅年（1686）十二月，编修励杜讷与学士张英，同侍《御批通鉴纲目》竣，曾奏请“颁发圣论，宣示史馆，以发涑水所未详，补紫阳之弗逮”。康熙虽准奏，并未立即付梓颁行天下，而是交翰林院有关人员校阅，以匡不逮。仇谱康熙二十七年戊辰（1688）条下，曾记兆鳌等奉旨校阅《资治通鉴朱子纲目》一事，并蒙圣上赐与蟒缎绫纱。其后仇兆鳌还曾参与修订《孝经衍义》、《大清一统志》等。康熙三十年辛未（1691），又参与修订《明史》。四十四年乙酉（1705），与彭会淇、顾图河等总裁纂修《方舆程考》。由于仇氏对清廷的忠诚，一向受到康熙皇帝的殊遇，多得青睐和赏赐，此不详述。
    仇兆鳌自幼接受儒家正统思想之薰陶，逐渐形成了一整套儒家的处世哲学和治学观点，这从他的整个年谱中可以看到。据说，在他二十四岁时，曾在泾水馆中得到程朱语类及蒙求等书，“朝夕参玩，理境渐明。”后因其与黄梨洲过往甚密，也多少接受了刘宗周（念台）“诚敬慎独，理在气中”的学说。入仕后，由于受当时以程朱理学为正统的学术思想的影响，以及当代名儒、大学士李光地等的薰染，不久便复服膺“理在先，气在后”、“理是本”的理学三昧，归宗程朱学派门下。但他从不囿于门户之见，在其撰写《四书讲义》时，仍能兼采诸说，故曾受到程朱学派陆陇其的批评。晚年颇好养生之学。
    仇谱除保存了有关兆鳌生平的非常有价值的第一手资料外，也较详尽地记述了仇氏编写著名的《杜诗详注》的过程。诠释我国唐代伟大诗人杜甫的诗歌，有宋以来，号称千家，而仇兆鳌之《杜诗详注》，“援据繁富，而无千家诸注伪撰故实之陋习，核其大局，可资考证者为多”（见《四库全书总目》），虽有若干不足之处，仍不失为一部富有特色的注本，一向受到杜诗爱好者的重视。
    过去我们对仇兆鳌怎样编写《杜诗详注》，知道不多，现据仇谱摘补于下。
    康熙二十八年己巳（1689），仇兆鳌已五十二岁，在京师翰林院庶常馆当庶吉士，除参与修订《孝经衍义》外，还开始辑注杜诗。当时虽只是一种业余爱好，但已有一些打算，要从五个方面着手编写：一是考订诗题岁月，二是注解诗中意义，三是指出典故出处，四是纠正前人谬说，五是采录诸家名论。这与详注原序“先挈领提纲，以疏其脉络；复广搜博征，以讨其典故。汰旧注之楦釀丛脞，辨新说之穿凿支离”，基本设想是一致的。仇兆鳌朝朝暮暮诠注杜诗，用心良苦，自云：“予注杜诗，朝夕持诵，行吟庭除。”每每做到心领神会，方才下笔。正如其序上所云：“注杜者必反复沉潜，求其归宿所在，又从而句栉字比之，庶几得作者苦心于千百年之上，恍然如身历其世，面接其人，而慨乎有余悲，悄乎有余思也。”这一段话，也正是他自己注释杜诗的真实写照。这样日积月累地辛勤耕耘了五年，至康熙三十二年癸酉（1693），《杜诗详注》始告辑成，“冬缮写进呈。有进表序文，备载杜诗卷首”。这篇进书表，现仍附于中华书局版《杜诗详注》之后，概括地说明他辑注杜诗经过，恭进始末，以及对杜甫其人其诗的品评。尝云：“少陵诗集，实堪论世知人。可以见杜甫一生爱国忠君之志，可以见唐朝一代育才造士之功，可以见天宝、开元之盛而忽衰之故，可以见乾元、大历乱而复治之机。”充分肯定了杜诗的文学和史学价值，也表达了他本人维护儒家正统诗教的文艺观。
    自此之后，他仍孜孜不倦地深入研讨，穷其堂奥，并为这部书稿的正式梓行，做了许多准备工作。如康熙三十四年乙亥（1695）二月，仇兆鳌为办亡父迁葬事乞假南旋，夏初抵杭州，于王汉槎斋头遇见朱乾若先生，仍“相与参论杜说”。三十七年戊寅（1698），年逾花甲的仇兆鳌，南下广东会友，在韶州晤研友学使左公岘，与同馆潘公次耕，商榷杜注。左岘，亦鄞人，字我庵，康熙九年进士，曾任广东提学，对经学等有所专研，著有《蜀道吟》。据仇谱记载，康熙三十九年庚辰（1700）冬日，“缮写《杜注》发刻，凡二十六卷，皆旌德叶承武所书”。康熙四十一年壬午（1702）四月，六十五岁的仇兆鳌，亲自携带誊写好的《杜诗详注》书稿，从鄞县家乡来到杭州刊刻。康熙四十二年癸未（1703）春，初刻成。三月，康熙皇帝南巡，仇兆鳌在杭州行宫恭进《杜诗详注》刊本二部，得御书“餐霞引年”四字绫匾。
    康熙五十年辛卯（1711），仇兆鳌以病乞休。三月买棹南归，于舟中辑成《杜诗补注》，并命次男廷模编次，作附记云：
    “注杜始于已巳岁，迨乙亥还乡，数经考订。癸未春日，刊本告竣。甲申冬，仍上金台，复得数家新注，如前辈吴志伊、阎百史，年友张石虹，同乡张迩可，各有发明。辛卯，致政南归，舟次辑成，聊补前书之疏略。时年七十有四矣。”