“在应用系统方法的过程中，搞系统的人认识到某一层次上的需要和问题，总是在较高层次上有起作用的因素，因此人们应该尝试在更广泛的联系上来考察那些直接的需要或正在恶化的问题。”⑥这种从高层次着眼研究问题的方法，也就是：综合→分析→综合的过程。《晚清史》循此而进，上卷一章为全书起点之综合，下卷十章为全书终点之综合，二者都从历史的高度，鸟瞰式地剖析了晚清史开始和结束的整个社会大系统的情况。中间的各章则是各个子系统的分析，而它们之中，开篇的那些“适应”、“背景”，终篇的“适应”、“遗产”都是高层次上的综合，中间的篇目则是对各层次的具体分析。此方法的优越性就在于：“能够产生整体性效应--它首先着眼于整体的分割，而在分割中处处注意各部分的相关联系，按照系统的层次原理和各分系统、子系统的平衡原理，正确分析各个子系统以及内部因素在整体中的作用。”⑦从而使人能从宏观的角度把握历史运行的规律。
    这种注重整体效应，着眼于整体分割，并在分割中处处注意各部分的相关联系的系统方法，《晚清史》不仅用它来构章谋篇，同时更用其来剖史析理。这在下卷十章中最为突出。该章首先将晚清社会分割为特权阶级和平民百姓这样二个子系统，再按“系统中各个环节和主体的关系”⑧的原则对其中的巨绅、新军、洋务集团、新知识界和工商界、工人、农村暴发户和农民、移民、半无产者这样一些环节、层次逐一剖析，再反馈到“社会变化的动力”这一更高层次上加以辨析论证，最终揭示出：“尽管民国已掌握在新的社会精英人士手中，但使它诞生的清朝的灭亡却是全国农村中深刻的运动逐渐取得成功的结果”⑨这一历史的真谛，并以其全而性和严密性使人折服。
    三、长时限多区划的交织长时限即是不拘于历史事件的直接起迄，而着力探求其内在的深远起因。《晚清史》大量运用了这一方法。该书第一章就匠心独具地把晚清史的起点拉到乾嘉之际，使人们看到在这盛世之中，早已埋下清王朝“突然的中落”的根因。那腐朽的“庇护网络制”、捐官制度、以及漕运崩溃、人口剧增，起义暴动等都使清王朝陷于无序热运动的严重内耗之中，而成为一个躯壳中空的泥足巨人。“突然的中落”并不突然。又如在鸦片战争一章中，作者就用七节的篇幅来追溯1760年以来的中外贸易情况，从而揭示出“英国人想要扭转一千年来欧洲和东亚之间的供求关系，”“摧毁官僚主义制度对商业的限制，即使这意味着诉诸武力也在所不惜”⑩这一战争的根本原因，此类例子举不胜举，而这一长时限的方法，实际上是以中国与主体这新模式的合理延伸。今日中国是昨日中国的继承和发展，晚清史因袭前清史的遗传基因而来。那么，破译这基因，研究其历史土壤的形成，就不能不极目放眼地用长时限方法探本求源了。
    长时限是纵向考察，而多区划则是横向考察，即“把中国划分为较小的更易于把握的空间单位，来对付中国的复杂性”（11）。其成效突出表现在《晚清史》筚路蓝缕地倾浓墨于中国近代的边疆研究。正如作者所言“直到本书撰写时为止，还没有一本书根据十九世纪清代政策和英俄角逐的背景来论述清代亚洲腹地的历史”（12）。而该书通过二个专章的研究，就揭示出了清王朝在东南沿海、中原地区急剧衰落，但在亚洲腹地的边疆地区则处于全盛的发展的历史不平衡状况。正是这种不平衡，才使清王朝能通过向边疆移民减轻人口压力，缓解社会矛盾，并以西北、东北为凭恃，全力应付东南，以致苟延残喘达百年之久。
    这种多区划的方法也散见于全书各章之中。如在维新变法章中专节论析湖南的情况，通过维新派在湖南的失败说明“受到日本启发的由省到中央变法维新的路子几乎没有希望”（13）；在“条约制度形成”章中专节论述上海的情况，最终揭示出中外反动派之间“共同利害关系就是上海能取得独立地位的秘密所在”（14）。总之，这种多区划的方法不但能更好地把握疆域辽阔，变化复杂的晚清史实际，而且，局部之和大于整体，建筑在此之上的结论，其丰富的内涵是那种笼统的整体研究所无法比拟的。
    四、计量方法之运用马克思说：“一种科学只有在成功地运用数学之后，才算达到完善的地步”（15）。计量方法在史学上的大量运用，就是历史学达到完善的最新突进。它在西方甚为流行。“美国现有几十所大学设有专门机构研究计量史学方法，哈佛大学规定历史专业学生必须选修电子计算机课程”（16）。它实际上是系统方法的一个衍生。“系统方法在高度复杂的技术水平上运用逻辑、智慧和想象。它往往是定量的，而且总是客观的”（17）。量变→序变→质变是一切事物发展的必然，历史同样如此。但我们过去对质变研究得多，对量变尤其是对序变研究得少，计量方法的运用更微乎其微。《晚清史》于此为我们提供了成功的范例。