验证可以通过多种渠道进行，比如，版本的互校，报刊文集的互对，人名笔名的考订，档案日记的核实等等。近代出版事业的发展是文化进步的重要条件，但同一作品的版本不一，编辑校对水平参差不齐，常常会留下许多内容的遗漏脱落，文字的差错，语义的含混不清、人名地名的模糊难解等等问题。这类问题，可以通过搜集不同的版本，通过搜集作者的手稿，通过查阅原发期刊等等办法进行核对。许多作者的思想资料，除了曾经发表于报刊，收录于各类文集外，往往还能在有关档案中得到印证，因此应当注意档案的利用。对作者笔名和著作时间的考订，也是一个必须重视的问题。使用笔名化名，甚至一人有几十个笔名化名，是近代出现的特有现象。不知道这些笔名化名的笔主，常常会造成许多至关重要的疏忽。近代新闻报刊的发展带来的另一个问题是，某些作品的完稿时间与正式发表时间并不一致，多数情况下有发表时间无完稿时间，这就为研究某些作者的某种想法所形成的准确时间留下了困难。我们往往还会碰到某些共同署名发表的文稿，或者某些集体决议，如果要弄清该稿的提议者、执笔者或主要论点主张的提出者，往往也要耗尽心思查阅有关日记、回忆录甚至档案。验证的根本作用是确认，只有被肯定为确实的理论、论点，才能进入研究的下一个程序，才能保证不被误读，才能使思想史研究具有科学的价值而不成为虚妄的宣传。
    第二，对比。所谓对比，是指把某些理论、论点、主张的具体内容，与历史上曾经出现过的类似内容进行对照。它包括与作者本人以往历史上的相应内容的对照，与同时代其它任何人的相应内容的对照，与历史上其他任何人的相应内容的对照。思想的活力在于和实际生活的联系，其中包括传统思想以及当前人们的共同思想倾向或互相启发。对比的第一个作用是弄清楚我们的研究对象，即某种思想是否具有原创的价值。某种具有原创价值的思想常常代表新生事物或者新的社会条件，标志着思想的发展，对比是衡量这种发展的最好方法。对比的第二个作用是在时间与空间方面弄清楚某种思想与“其他”的联系。这里的对比，不是通常所说的“比较研究”，而只是一种实实在在的文字内容的对照。因为只有肯定了它的真实起源，才能认识是历史启发了它，是其他人启发了它，还是它启发了其他人。对比的第三个作用是，通过这种貌似机械的互验，弄清楚思想运动的完整过程，并且认识其中必然会发生的继承、取舍和扬弃。对比的根本目的是揭示思想的性质，检测某种思想究竟处于何种状态，是发展的、停滞的、还是倒退的，从而取得评定其历史地位和客观价值的基本依据。当然，思想之影响于社会，其实际后果往往具有多样的性质，甚至包含动机与效果完全逆向运动的可能，应当注意到这种状况，但不论怎么说，任何纯粹的社会实际之恶，肯定伴生于影响支配它的思想之恶。如果暂时撇开社会客观条件的正负效应，那么思想的善恶首先与它的性质有密切的联系。只有明白了这一点，我们才会真正拥有思想的主权，而不至于被任何伪善所欺蒙。
    第三，解读。所谓解读，是指说明所研究的思想的意义。
    解读是思想史研究中最重要的一环，只有通过说明历史上的思想的意义，思想史的研究才有意义，换句话说，思想史研究正是通过思想的历史内容和历史线索的叙述，通过思想遗产与现实生活的密切关系的叙述，来实现文化的积累和思想的增值。
    人类对思想遗产的解读永无止境，这是因为，（一）随着物质生产的发展和社会生活方式的变化，人们的表达方式和内容会有变化，实际生活绵绵泉涌的新的语言和文字符号，总是附载着当代生活的诸多信息，它们与思想遗产的语言信息会有一定差异。因此，每经过一定历史阶段，人们就需要运用当代语言，重新解释过去的某些思想成果，也就是使它们的内容当代化，成为当代人能够理解和接受的东西。（二）思想的遗产，尤其是某些思想中的特定理论成果，是作者根据特定社会历史环境，特定事物的运动过程与规律，并且遵循特定的思维方式和心路历程，进行思想的抽象和提升的结果。当所有这一切“特定”均已不可再现的时候，这些理论的成果本来就包容着十分丰富的未知的内涵，因而有反复探讨的必要。（三）人类生活之树长青，人类思想之树也常青。为了从历史获得智慧，后人有必要研究前人走过的道路。当代人接受的第一笔遗产，肯定来源于他们的父辈，因此，整理、批判和继承父辈的思想和学术，是当代学者义不容辞的责任，这就决定了对思想遗产的解读，代代相承，源源不断。（四）现实生活总是能够为人们提供新鲜经验和当代价值，它们当然会鼓舞人们奋勇颠覆传统价值，从而萌生历史进步的强大动力，当然，它们也可能提醒人们，某些当代生活所孕育的灵感，是否湮没在司空见惯的某些传统典籍之中。从思想遗产中发现智慧，接受规劝和警告，是思想史研究的重要使命之一。
    解读思想必须遵守原始文本。它是使用当代语言转述因时代阻隔而仍然保留在艰深文字中的历史认识，但是不可因为使用了当代流行语言而发生对这种认识的意义上的损害或添加；它是通过对知识逻辑的心灵体验去探寻前人走过的幽径曲途，但是不能随意为前人重修知识的坦途；它是依据对动机与效果的辩证关系的深刻理解而实现对前人的精神追求的善恶的分析与评价，但是不许因为这种析评对自我生存的善恶性意义而丝毫削弱其应当体现的社会正义；它是受惠于当代生活的教谕积极寻找人类智慧的源头活水，但是不必在当代社会理想中造成望梅止渴或者刻舟求剑。
    以上笔者把验证、对比、解读作为思想史研究的基本方法，并不是说人们常常使用的其他一些方法不重要，比如，搜集史料。搜集史料是思想研究的硬功夫。对任何思想的研究，都需要仔细了解作者的出身、家庭背景、生平事业，仔细了解他的思想的全部内容和细节，仔细了解当时的风俗人情、社会矛盾和政治趋向。所有这一切，都必须以史料来说明。而任何新的重要的史实或史料的发现，都可能导致某种结论的改变，甚至可能开辟一个新的研究领域。这些足以证明搜集史料的关键作用。但是笔者认为，这一方法是历史学的最基本的方法，是一切史学研究的共同前提。另一方面，笔者也绝不是说，只要掌握了以上三种方法，谁都能率尔从事，并且得心应手，操作自如。思想史研究更多地具有精神创造的性质，它须要作者拥有美善的精神情操，丰富的人生阅历，广阔的知识背景和深遽的思辩能力，因此，它对于作者的学养和思想方法，还有更多的要求。这些要求，与以上所说几种方法，构成思想史研究的全面的灵动的方法论系统。
    第四，多思。所谓多思，是指按照知识的逻辑和思想的规律，对所研究的问题反复进行精密细致的推敲、比较、分析、判断和证明，以求得最佳的结论。
    多思的本质是运用不同的思想方法从不同的侧面考察研究对象，充分揭示它的所有特征和内部矛盾，完全凸现它与周边因素和条件的联系和区别，达到正确认识其内容和性质的目的。这里的问题是，怎样“多思”才能实现上述目的？笔者认为，它是批判的意识、求异的方法与求实的精神的统一。