批判的意识是对研究对象始终恪守中立者的审慎立场，而决不滥用对它的好感；是始终保持独立的学术精神，而决不典当自己的学术良知；是只承认知识的痛苦逻辑，而决不承认时尚的欢乐结论；是宁可挑战权威头破血流，而决不迷信权威人云亦云。坚持批判的意识必须保持怀疑的态度。怀疑的态度是科学的起跑线，放弃怀疑是接受思想奴役的开始。研究中国近代思想史尤其需要大胆的怀疑。怀疑是否还有其他版本，怀疑是否还有其他动机，怀疑是否还有其他解释，怀疑是否还有其他隐秘，一句话，怀疑某种思想是否是一个编织得天衣无缝的理论神话。求异的方法是批判意识的逻辑补充。只有通过苛刻的求异，独立的学术精神才能丰收在望。求异就是揭露逻辑的矛盾，检查某种理论从范畴到概念，从问题到答案，逻辑上是否通顺。找到了逻辑方面的问题，就发现了现行结论的可疑，这常常是打破学术陈见的突破口。求异就是寻找事实的反证。某种结论如果找不到事实的证明，或者只有个别的响应而遭到多数的否决，那么就要怀疑此种结论的动机是否纯正。求异就是提出新的假设。面对任何思想，面对任何定见，都可以提出新的假设，甚至不止一种假设，通过反复论证，寻找最佳答案。求实的精神是求异的方法的根本依托。理论的任何逻辑矛盾，事实与理论规定的任何间距，挑战固有结论的任何假设，都必须以坚韧不拔的证据作证明。在这里，实际高于一切，证据高于一切，其余微不足道。笔者还要指出，在怀疑、求异、求实三者关系上，它们是互相联系、互相统一、缺一不可的，它们共同构成了思想史研究的特别重要的思想方法。另一方面，在实际生活中，在实际研究中，怀疑的态度和求异的方法尤其珍贵。一般说来，中国人缺少的不是注解、诠释、考据的能力，缺少的是对权威、经典、传统、习惯不相信的能力，是对它们提出不同看法的能力，因此，笔者认为胡适的“大胆假设，小心求证”的口号还可以改善，因为只有发生了怀疑，只有发现了问题，你才会想到要去“假设”一个新的结论。所以，我的口号是“大胆怀疑，小心求异”。
    第五，多读。所谓多读是指通过多读书扩大自己的知识含量以提高研究的能力。
    读书是一个历史的概念。先秦以来，所谓读书并非读“书”，而是读简和帛。书是纸发明并且多量以后才出现的，特别是印刷业诞生后才会普遍。就近代而言，龚自珍、魏源时期真正是读书，因为这时一般人还很少有其他读物。康有为以来广泛出现报纸和期刊，所以就有了读报的概念。二三十年代以来，有了电台、广播、收音机之类，又多了接受信息的渠道。这种通过收听接受知识的学习，姑且称为读广播。五六十年代以来有了电视，七十年代以来逐渐普及。电视具有传播知识的强大功能，这种通过收视的学习，姑且称为读电视。九十年代以来电脑渐渐流行，电子书籍、电子报刊、电子信箱开始涌现，这类学习也许可以称为读电脑、读光盘、读互联网等等。为了叙述的方便，在这里，笔者把所有读书、读报、读期刊、读广播、读电视、读电脑、读光盘、读互联网等等仍然统称为“读书”。另一方面，读书的功用也有变化。人们现在读书，有应试型、应付型、休闲型和研究型四类。为了通过各类升学考试、职称考试、证书考试的读书是应试型读书。为了提高业务能力，解决本部门工作的问题而进行的各类专业培训和学习，是应付型读书。为了休息和精神调剂而进行的各类欣赏娱乐性阅读是休闲型读书。为了从事某项专门的研究而进行的比较系统深入的有所侧重的学习和阅读是为研究型读书。笔者所讲的多读书，是指研究型读书。
    繁荣学术的根本办法是提倡和鼓励多读书。读书艺术至关重要。笔者认为，应当提倡四个三七开的读书方法。第一，七分读书，三分研究。这是指把主要精力用于积累，使收入远远大于支出，只有这样才能做到厚积薄发，才能避免言之无物，避免肤浅、轻佻和装腔作势。第二，七分专业，三分他业。这是指尽可能地扩大知识面。学科的不断发展，有拒绝“通才”的意义，然而知识的狭隘永远是科学的天敌。我们提倡专一，以主要精力用于专业学习，但是要强调专而博，反对专而窄，因此要分出一定精力读一点“杂书”，不断从其他学科和相关边缘学科汲取知识和方法，形成开阔的眼光和宏观把握的能力，只有这样才能高屋建瓴，触类旁通。第三，三分史论，七分史料。这是指花主要精力阅读第一手资料。史论著作是前人研究的心得，它为我们提供入门的线索和理解的成果。这是一种参考，但不能代替阅读史料。只有通过搜集和检阅史料，才能发现前人认识的偏差，才能发现新的意义和新的领域。一般说来，后人发现的史料总要多于前人，这是推动学术进步的机会。所以，不读史料，株守史论，只能永远墨守陈见。第四，三分精读，七分粗读。这是指正确处理读书的质量和数量的关系。读书的质量在于理解，它不可能一次完成，所以，有些名著要仔细读。读书的根本作用是积累，因此，要花主要精力读没有读过的东西，最大限度地扩大信息量。为了提高读书的速度，应以主要的精力用于粗读，即浏览式读书。另外，为了使读书有更大的收获，还应注意其他方法，比如，随时作卡片，记录某些重要论点和资料；随时作札记，记录读书过程中产生的心得；掌握必要的检索方法，以便有目的地选择自己最需要的书籍等等。还要指出的是，读书是一个反复的过程，就象牛吃草，先吃进去，然后反刍。对于研究型读书来说，它的最大意义，是使书所代表的某种知识，成为自己通过研究建立的某种新的知识系统的材料，成为自己的思想的元素。所以一般意义上的读书，不论精读还是粗读，都是一种“吃进”。当你需要研究某个问题的时候，仍然需要把过去读过的有关书籍找来重新消化、引证，使其中最有价值的内容，成为自己研究成果的有机成分。这种“二次阅读”，就是“反刍”。古人说，“读书破万卷，下笔如有神”，这是指通过长期的读书积累，得天地之精，日月之华，山水之秀，人文之灵，于是就有了雄辩，就有了才气，就有了聪颖，就有了神来之笔。这些，正是笔者提倡“多读”的旨趣之所在。
    第六，求是。所谓求是，是指对思想的价值评判坚持理性的标准。一般说来，思想史研究有两个意义：（一）说明思想的原始文本的含义；（二）指出思想的价值。笔者所谓求是，所谓对思想的价值评判坚持理性的标准，主要是针对上述第二个意义而言的。
    对思想的价值评判没有共同的标准，这是因为，（一）历史上的思想，都是作者根据某种特定的历史条件，分析、研究某一具体的社会现象和社会问题而得出的结论。对这些结论，一般很难有统一的衡量标准；（二）就某一位作者而言，在他的全部研究和著作生涯中，可能会碰到许多问题，因而可能会留下关于许多问题的主张；即使对某一问题，不同时期也可能会有不同的理论倾向。这些都会使他的理论，对于实际社会生活，发生多方面的影响；（三）对于研究者来说，每个人都处在特定的历史环境中，都有自己独特的文化修养、社会经历和价值倾向，他们对历史上的思想理论，会有不同的选择和肯定；（四）人们的社会生活是变动的，变动的社会生活可能会使人们厌倦和批判某种传统的价值或思想，也可能会使人们重新认识某种传统价值或思想的有益作用。同样处于某种相同的变动的社会条件下，由于这种社会变动对人们的地位和实际利益的不同影响，他们对某种社会价值或思想，尤其是它们所体现的政策的立场和态度也会大不相同。这就是说，社会对思想和理论，总是会有多样的需求，这会影响到人们对思想的价值评判；（五）思想研究应当鼓励人们通过对理论及其思想方法的研究，提高自己的认识水平，锻炼自己的科学精神，鼓舞自己追求真理的勇气。在学术研究中，真理很可能只是一个微小的进步，这需要执着，需要锲而不舍，有时候甚至需要一点偏激和片面。因此，为了善待真理，永远需要保护少数，需要百花齐放，需要百家争鸣，需要耐心等待时间的证明，而不是由某个统一的标准马上实行粗暴的裁决。
    对思想的价值评判应当是一种多样化的选择，然而并不意味着它们之间没有比较，没有理性的区别。对思想的价值评判的理性的内容，体现在被评判者的合理性、评判的公正性和现实生活的时代性的统一。