哈佛大学的东亚研究中心无疑是美国中国学的“旗舰”，但仅有旗舰还不成其为舰队。东西海岸其他一些著名学府的中国研究也在发展。费正清深知，必须把美国各大学的中国研究组织起来，互相协作，展开交流，才能取长补短，避免人力和物力资源的浪费，推动全美国的中国学研究。1951年春，费正清邀集一些对中国思想文化感兴趣的学者在费城会商，成立了以芮沃寿（Arthur Wright）为首的中国思想研究会，作为远东委员会的下设机构。该研究会于1952年9月在科罗拉多州的阿色本举行学术讨论会，会后出版论文集《中国思想研究》。4年后，费正清又把该研究会学者关于儒家思想、儒教国家制度和行为的论文汇编成册，出版了《中国的思想和制度》（注：参见《费正清集》，第60页。）。1957年他当选为远东委员会会长。1958年，远东委员会更名为亚洲学会，费正清当选为第一任会长（注：《费正清看中国》，第242页；邓鹏：《费正清评传》，天地出版社1997年版，第129页。）。
    在从事美国中国学的组织工作方面，费正清从一开始就表现出大度和宽容，没有门户之见和宗派观念。当时美国的中国学家分裂成亲台湾的和亲大陆的两派，自然真正亲台湾的是少数，他们主要集中在西雅图的华盛顿大学，以研究太平天国的中国学家戴德华（George Taylor）为核心。两个研究中心，一个在东北，一个在西北，形成分庭抗礼之势。费正清深知，要发展美国的中国学，必须克服麦卡锡主义给美国中国学造成的破坏。1959年他请福特基金会资助一次较大的中国问题讨论会，他在写给基金会的信中说：“在过去一年多的时间里的大量非正式的磋商使我已确信，在当代中国问题研究领域里，学者之间的合作面临着一个严重的障碍……中国问题研究领域已不可能不受到中国革命的影响，而对中国的事变感兴趣的学者，对此既有理性的也有感情上的体验……我们必须尽最大努力，在一个各方面都能接受的尽可能中立、可行的基础上，恢复我们的团结。”（注：《费正清评传》，第129-130页。）1959年6月，费正清邀集一批中国学家在纽约州立大学举行会议，筹备成立一个全国性的中国研究组织。作为亚洲学会会长，费正清负责筹备工作，哥伦比亚大学的韦慕庭（Martin C.Wilbur）和加州大学（洛杉矶）的斯坦纳（Arthur Steiner）参与其事。为了团结持不同意见的学者，他主动向戴德华及其朋友伸出橄榄枝，终于在1960年8月召开了现代中国研究联合委员会的首次会议，并由戴德华出任会长，由哈佛东亚研究中心副主任林德贝克任秘书。这个联合委员会的建立揭开了美国中国学研究的新篇章，在学会之下设立了许多学科小组，从经济、社会和政治等各方面对中国进行研究，促进了中国研究与社会科学学科的结合，从而以前所未有的方式使中国研究这个分支学科合理化、系统化（注：《费正清集》，第441-444页；《费正清看中国》，第251-252页；《纪念费正清》，第174页。）。
    费正清对中国古代史研究同样予以热情的关注和支持。当有人提出应当仿照恒慕义的《清代名人传略》编一本明代名人传记时，他立即表示赞成，并说服基金会的官员认识到“这一看来很专门的神秘的研究项目”对理解中国可能发挥的作用，使基金会同意给予支持。他还从福特基金会的资助中拨款予以支持（注：《纪念费正清》，第178页；《费正清看中国》，第243页。）。费正清意识到协调中国近现代史和古代史研究、协调中国史和中国其他问题研究的必要性，与戴德华等积极筹划，说服中国古代史研究的牵头人芮沃寿等在60年代初组织了中华文明研究委员会，芮沃寿任会长达10年之久。这个委员会的成立大大促进了美国研究中国的各路人马的联系与配合，促进了美国中国学全方位的发展。
    作为学术企业家，费正清除从事组织工作外，还不断提出中国研究的新方向、新课题。他意识到要了解中国必须了解中国的儒学，在50年代初就提出了对中国思想进行研究的问题。至于中国的对外关系，费正清本人自然更有兴趣。1963年亚洲学会年会有一个专题就是东亚传统的国际关系。是年9月，马萨诸塞州理工学院又举办了同一专题的学术讨论会。费正清把有关的13篇论文汇编成册，出版了《中国的世界秩序：中国传统的对外关系》（注：The Chinese World Order:TraditionalChina's Foreign Relations,Harvard University Press,1968.）。费正清认为无论在美国还是在中国，在华美国传教士的研究都是被忽视的课题，而这是中美关系中的一个十分重要的问题。他在1969年美国历史学会的会长演说中大声疾呼要加强传教活动的研究，并预言“美国与东亚关系的这个新领域”“一定会从东亚方面加以发展”（注：参见《费正清集》，第417页。费正清在1990年10月18日给笔者的信中还说：“我的演说还强调指出美国历史学家在研究传教运动方面的明显失败，我至今不知道原因何在。历史学家干脆把这种研究留给宗教学教授，这显然是放弃学术责任。”）。在他的推动下，美国历史学会下属的美国与东亚关系委员会于1972年1月发起了一次美国在华新教传教士的专题讨论会。会后，费正清把论文结集出版，名为《在华传教事业与美国》，并为该书写了前言（注：The Missionary Enterprise in China and America,Harvard University Press,1974.参见《费正清集》，第218、417页。）。今天，中国学者关于在华外国传教事业、教会学校、教会医院等的研究都已经产生了一批成果，可以说费正清当年的预言正在实现。
    上文提到的美国与东亚关系委员会是在费正清推动下成立的又一组织。对中美关系的思考使他确信，在美国与亚洲关系中，一些表面的认识掩盖了历史的真相。他觉得需要对美国的东亚政策进行专门研究。1957年，哈佛大学历史系新设了美国远东政策研究这一博士项目，以训练学生比较研究美国与东亚国家的历史，在两种文化之间架起桥梁。1968年，费正清与哥伦比亚大学的博格（Dorothy Borg）教授等发起组织了美国与东亚关系全国委员会。该委员会起初隶属于美国历史学会，1979年起隶属于美国外交史学会。费正清成功地游说福特基金会向该委员会提供资助，委员会立即着手训练学生学习东亚语言，组织研究项目，举办学术会议，培养训练年轻历史学家，并与东亚国家尤其是中国历史学家开展学术交流。著名历史学家孔华润（Warren Cohen）把美国与东亚关系史称做美国历史科学的“刀刃”，费正清的弟子、著名历史学家入江昭（Akira Iriye）认为费正清在美国与东亚关系这一领域中的领导作用与中国学领域中的作用是同样重要的，他也是美国与东亚关系这一学科的“创建之父”（注：《纪念费正清》，第182、186页。）。
    费正清不仅关注美国的中国学，他的目光注视着世界各地。这有两个原因。第一，他认为中国研究是一项世界性的事业，美国要了解中国，别的国家也应了解中国；第二，可以把别国的中国学家的看法与美国学者的观点进行比较，看看美国人是否缺乏远见（注：《纪念费正清》，第273页。）。而他的影响也远远地超出了国界。哈佛的东亚研究中心具有极强的辐射能力。它似乎是全世界的中国研究中心。费正清编制了一份16个国家包括125名中国学家的名单，向他们寄送各种材料和论文的复印件。他从美国的基金会筹措经费，支持台湾以及日本、韩国和欧洲一些学者的研究项目（注：《费正清看中国》，第287页；台湾学者张朋园对费正清与台湾学者的学术交流作了专门研究，见张朋园《郭廷以、费正清、韦慕庭--台湾与美国学术交流个案初探》，台北1997年版。）。费正清对各国中国学的影响是世所公认的。法国著名中国学家白吉尔（Marie-Claire Bergere）称，“我们都十分依赖费正清所作出的先例，跟着他所开辟的路亦步亦趋。”“他不但为我们提供理念上的帮助，而且提供实际的帮助。”法国另一知名中国学家毕仰高（Lucien Bianco）说，费正清既是美国中国学的带头人，“他过去是，以后也将是我们在欧洲的带头人”（注：《纪念费正清》，第196-197页。）。