在立国理念上，双方也存在重大分歧。苏加诺为首的世俗民族主义者要将印尼建为一个世俗的、强大的、独立的国家，他反对建立政教合一的国家，土耳其共和国为他提供了榜样，土耳其国父凯末尔明确指出：“在国家的管理中，一切法律与条例的制定与实施，均依据科学为现代文明所提供的基础、形式与世俗的需要。由于宗教概念关系到个人的信念，共和国认为，将宗教思想与国家事务、世界事务以及政治分开，是我们民族在现代进步方面获得成功的主要因素。”[15] 苏加诺对凯末尔革命和思想十分赞赏，他发表了多篇文章，指出在奥斯曼帝国时期土耳其经济、科学得不到发展，实行政教分离，建立世俗共和国是土耳其历史发展的必然，他还引用土耳其司法部长马哈穆德·爱沙德·贝伊（Mahmad Essad Bey）的话作论据：“任何时候宗教被用来统治社会，它通常是国王及独裁者手中的工具；相反，如果实行政教分离，就可以使世界免遭灾难，并保护宗教。”[16] 因此他得出结论：“现实告诉我们，在一个并不是百分百完全是穆斯林的国度里，政教合一的宗旨与民主是相互违背的，在这样的国度里，只有两种选择：缺乏民主的国家--宗教联合体，或者政教分离的民主国家。”[17] 在另一篇文章中，他干脆指出：“伊斯兰教在印尼不应成为国家的事务”[18]。
    但伊斯兰集团认为独立后的印尼应是以伊斯兰教法为基础的伊斯兰教国。纳席尔认为伊斯兰不仅仅是一个理论体系，它还是一个完整的文明，伊斯兰同时构成了宗教礼仪以及指导个人和社会关系的基本原则，“安拉为我们立下了各种法规，包括人与安拉的关系以及人与人之间的关系的法规。在人与人的关系中，有许多涉及人们在社会中的权利与义务，社会对个人的权利与义务等，这种关系属于国家或政治事务，也受到安拉的法律的管理。但是所有这些《古兰经》及圣训中的法规和原则，没有自己履行的工具，因此，以国家为形式的权力，对于实施这些法规是必要的。”[19] 伊斯兰教的一些原则和义务必须通过国家来执行，如“伊斯兰教要求穆斯林有责任交纳天课，但如果缺少国家的监督实施，这一条义务又如何能恰当地实施呢？”因此，纳席尔认为伊斯兰教需要一种可行的工具使它的教义能够得以实行，国家就是这一可行的工具，所以他指出伊斯兰教与国家应该结合为一个宗教政治联合体，他说：“对于我们而言，国家并不是一个目标，而是一个工具。从本质上说，国家事务是伊斯兰教不可分割的一部分。”[20] 这是穆斯林与非穆斯林之间政治观点的根本差别之所在。
    1945年8月日本投降，独立的印尼共和国呼之欲出，建立什么样的国家成为独立运动领导人最迫切要解决的问题。在日本投降前夕，伊斯兰教集团和民族主义集团就独立后的国家是世俗国家还是伊斯兰教国家展开争论，涉及的内容包括：国家的意识形态和宪法基础；总统是否应该为一个穆斯林；是否设立伊斯兰教为国教；是否应该实施伊斯兰教法；是否设立伊斯兰教法庭；周五礼拜日是否设立为国家公共假日。
    以苏加诺为首的民族主义集团坚持建立世俗国家，实行自由民主制，政教分离，不以伊斯兰教为国教，而是以潘查希拉（Pancasila，亦称建国五基）为国家指导思想。他在1945年的“印尼独立筹备调查委员会”上发表了著名的“潘查希拉”演说，在演说中他提出未来印尼共和国的指导思想，即民族主义（印尼的统一）、人道主义、协商和代表制下的民主、实现社会的正义与繁荣、信仰神道。他特别提出国家的基础之一是信仰神，宗教信仰应当建立在互相尊重和宽容的基础上，“不只是印度尼西亚人民要信仰一个神，而且，每个印尼人应该信仰各自的神。基督教徒应依照耶稣的指示信奉其上帝，伊斯兰教徒应依照穆罕默德的指示信奉其真主，佛教徒应依照他们自己的经典举行他们的宗教仪式，但是，让我们大家都信仰神。”[21] 伊斯兰教、基督教、天主教、佛教和印度教地位平等，宗教信仰自由。苏加诺还反对在民事法庭之外再设立伊斯兰教法庭，他认为：“一个普通法庭审讯所有案件已经足够了，当然，该法庭可以采纳某些宗教专家的建议”[22]。另一个民族主义领导人哈达（Hatta）尽管是来自西苏门答腊的一个虔诚穆斯林（Santri），他也认为《古兰经》不能成为国家法律的单一基础，他指出：“《古兰经》主要是宗教基本原则，并不是法律条文，今天所需要的各种法律在《古兰经》中找不到，……当然，《古兰经》确立了穆斯林必须遵守的公正和福利原则，但其原则仅仅是一个指导性的原则。国家公民必须通过他们相应的深思熟虑建立有序的法律，当然每个人将根据其宗教信仰来表达思想。但是最终的法律是国家法律，不是宗教法。……我们不会建立一个政教分离的国家，但宗教事务要与国家事务分离。假若宗教事务同时由国家掌握，那么宗教会成为国家的工具，其主要特色也会消失，国家事务属于我们全体人民，伊斯兰事务仅仅属于伊斯兰乌玛（ummah）和伊斯兰社会。”[23]
    而伊斯兰教集团追求将未来的印尼建成伊斯兰教国家，以沙里阿法为立国基础，只有穆斯林有资格出任总统，设立伊斯兰教法庭。为了协调双方的立场，设立了一个包括民族主义集团领袖和伊斯兰集团领袖的委员会，结果潘查希拉原则被大部分委员会成员接受，但仍有一些穆斯林领袖谋求在宪法草案中伊斯兰教的优先地位。最后，双方达成妥协，于1945年6月22日签署“雅加达宪章”，该宪章以序言形式载入宪法草案，主要内容是确定印尼人民的独立权利，确立印尼国家指导思想是“潘查希拉”，但潘查希拉的顺序作了调整，“信仰神道”被提到第一位，同时还规定未来的印尼共和国将以“信仰神道和以遵守伊斯兰教法律为该教信徒的义务为基础”，共和国总统必须是穆斯林。然而，到1945年8月印尼宣布独立时，公布的宪法草案序言里并没有包含穆斯林领袖们要求加入的那些条款，宪法中亦没有关于“印尼总统必须是穆斯林”的规定[24]。