二
    在《井上毅传（史料篇第一）》中收录了一份1880年3月23日他写给参议井上馨的书信草稿。内容是他劝说即将赴德进行调查的井上馨，在地方制度方面决不能学习德国，而是应该以法国为典范。他认为，日本的形势，最类似于法国，因而废藩置县到后来实行的府县会等一直都在模仿法国，“若今日在半途还未达目的之际，又转而采用普国之制，实行地方自治主义，或交杂采用，一左一右，破化了划一之标准，此不仅非政府之良计，亦会成为人民之一大不幸。”[2]201 在这篇草稿中，井上明确表达了反对日本在未来的地方制度建设上模仿德国的意见。
    1881年的明治14年政变后，明确了发布宪法、开设国会的日程。此后，明治政府在进行制定宪法和开设国会的准备同时，也着手整顿其它各项相关制度，建设地方自治制度问题也开始提上日程。
    1885年冬，井上毅写下了第一份“地方自治制意见”。在意见中，他认为：自治之方法，是否应在日本实行，要看“我国旧来地方制度上的沿革是否具有适合自治制度之精神。”为此，他分别从町村和郡区两个层次来分析。他主张，日本“旧来之町村之制明显地具有自治的性质，旧来已有自治之性质，则适于实行自治之制。”但是他反对在郡一级实行自治。“英国原来即自治制盛行，地方之大小区划皆实行自治之制，普国在宪法上不及英国自由，但地方政事之自治却不劣于英国，法国虽在宪法上允许民主权利，但地方政事则专以中央集权为主，缺乏地方自治。此皆由来于各国历史上之沿革，非理论所能左右。”日本的郡以上在历史上只不过是行政区划，没有自治的传统，因此，井上主张在日本，自治之制，“应止于町村，不能涉及郡以上”。[2]459-462 在这篇意见书中，井上毅提出了他的基本的地方自治观，即他重视分析日本的自治传统，主张在町村实行地方自治而在郡以上实行行政制度。
    但是，制定地方自治制度的主导权最终掌握在了任内务卿的山县有朋手中。他接受了德国学者的意见，主张在地方制度上引进德国的地方自治制度。1886年，明治政府聘请的德国顾问莫塞来到了日本，开始参与日本近代地方自治制度的法制建设。在山县有朋、莫塞着手进行以德国为模型的地方自治法案的起草的同时，井上则作为反对者，同他们展开了辩论。
    日本近代地方自治的立法，是首先从制定《市制町村制》开始的。正如前述，井上毅对町村自治是持赞同态度的，但是在町村自治的具体细节上二人存在着不同意见。其首先表现在对町村合并的态度上。山县主张实行的是有财政能力的自治町村，因此要对町村进行合并。而井上重视的是旧村的自治传统，反对町村合并。但是为了解决一些町村过于弱小的问题，他还提出了这样一个没想：即保留现在的户长役场，专负责行政之事，同时恢复旧有的町村作为自治团体。在山县决定进行町村合并后，他坚决表示反对，认为“今全国之町村十之八九一时被强制合并，则其骚动混杂实在想象之外，不可料想将有何等之反对结果。”其次，井上也反对在町村会实行的“二级选举制”和赋予町村会以“过度的权力”。他反对“二级选举制”，是认为手续繁杂，实际上也是担心由此导致的町村等级分裂；而反对赋予町村会过度的权力，则反映了井上主张自治和分权的局限。
    1888年市制町村制发布后，府县制郡制草案也开始起草。其草案基本上贯彻了莫塞和山县有朋的主张，府县和郡都变成了地方自治体。对此井上毅给与坚决的反对。他在同年10月的“地方自治意见”中强烈地表示了反对。他明确地指出，根据府县制草案，府县同郡町村一样，成了“纯然的自治体”，这样一来，“府县会拥有了府县的最上权，府县知事成了一赘旄，地方之过半成为中央命令所不及之地，统一的政治产生尾大不掉之病患，其余势浸染，自治之系统引入中央政府，则将使国体国宪渐被破坏。美国和英国之学者以自治为共和之异名，倡导不止地方之自治，而且要全国之自治乃人所共知。小生之杞忧，万一将来生效，或恐百年之后，将有评论说，在我历史上破坏我国体者乃府县自治之制也。”[5]28
    关于具体的反对理由，井上认为府县草案中的以下十点内容存在着重大问题：一府县会代表府县；二府县会制定府县条例；三府县知事为府县会的议长；四府县吏员除警察官吏和司狱官吏外，由府县会设定；五府县参事会执行府县会的议决；六府县参事会对府县吏员实行惩戒处分；七府县知事是府县参事会组织之一人，又是议长；八府县知事执行府县参事会的议决，代表参事会；九府县参事会的组织由府县会选举的名誉职参事会会员占其三分之二；十府县的收入役依府县参事会的推选，由府县会选任。
    对于这十项，井上逐条分析了它的不利之处。例如，对于第一条，井上认为，实行了这一条后，府县会就不再是府县知事的咨询机构，而成了“拥有府县的最上权者，府县知事一降成为府县会的执行者。”关于第二条，井上认为町村的自治等属于一小局部之事，可以实行自治，但是“一府县之事，则属于全国直接的区划，和一般国政相关涉，近似于一般的法律。”府县会拥有制定府县条例的权限后，则使府县会成为有最上权者，如果把这种主义适用于国家，则“其国变成美国或泰西之国。”第七第八第九条等也使“在行政上势力的大半落入府县会的手中”等等。
    井上最后强调府县制草案实行后的后果有三：一府县长官虽名义上是天皇陛下的代言人，但实际上不是乞求府县会的哀怜者，便是不堪其职者，最终由其地方公选获胜。二是中央之政事不出十年必将麻痹不遂。三是地方自治的影响进而波及中央，必生府县会的雏形移植到国会之大势，其速力重力非区区宪法之正文所能防范，不出十年，可见其征候。”[5]28
    但是有学者指出，井上毅并非是完全否定府县自治，他把府县的自治分为“由地方人民公选的集议体具有议决权和施行权”的“完全的自治”和“关系的自治。”井上主张的是“关系的自治”，因此，井上实际上是一个“限制自治论者。”[3]20
    这里还要强调一下井上对于郡自治的意见。从资料看，早在三新法制定时，它就明确地反对把郡作为行政区划，而在1885年“地方自治制意见”中，他也是明确地反对郡以上的自治。但是到了府县制和郡制提上日程后，他却改变了态度。在“对府县制的杞忧”中说：“故纯然之自治可在町村施行，可在郡市施行，但绝不应在府县施行。”[5]28有学者认为，这并不表明他开始承认郡的自治，而是有伊藤博文对郡治的承认这一背景[3]20。而且，相对于府县的自治，作为其下一级郡的自治，还在他可以承认的范畴之内吧。
    尽管后来市制町村制和府县制郡制经过一定的修改成案后，井上毅也表示了赞同，但是从根本上说来，他的地方自治观是：主张在町村（后来也包括郡）一级实行地方自治，他主张的町村是旧幕时代的具有很强的自治传统的町村，而不是进行町村合并后的行政村；而对于府县的地方自治，他是持反对意见的。