三、内战爆发与中央情报局的介入
    随着局势的紧张，1958年1月，支持外岛叛乱分子的马斯友麦党的领导人开始撤离雅加达进入苏门答腊。1月9日，各地叛军领导人召开会议讨论了当前局势，叛军认为苏加诺目前支持在爪哇地区掌权的印尼共产党没收荷兰财产的激进政策，已使自己在国际社会处于孤立无援的地位，而美国会支持外岛的独立并将提供军事装备以对抗中央。
    1月31日，艾伦·杜勒斯在致艾森豪威尔的函中指出，综合印尼各方情况看，叛军大约会在下个月5日左右向苏加诺发出最后通牒；如果印尼内战爆发，叛军优势较大，苏门答腊全岛、苏拉威西和加里曼丹会联合起来对抗中央政府；岛内的反共分子也会联合起来，中央政府将陷入孤立；外岛极有可能建立一个独立的政府。[10]19-24
    不出中央情报局所料，1958年2月10日，巴东叛军集团趁苏加诺访日之机向中央政府发出最后通牒，要求现任朱达安政府必须在5天内辞职并组建一个没有共产党或同情共产党者参与的“民族事务内阁”，直到1959年下一次大选。同时苏加诺必须回到其原来的宪法位置上，取消其一些不符合宪法的权力。叛军还指出，如果要求得不到满足，他们将依据“自己的政策”采取进一步的行动。[10]35第二天，中央政府拒绝了叛军的无理要求，并通过电台宣布将叛军领导人辛波伦和卢比斯等开除出军队。2月15日，通牒底限已过，叛军在巴东宣布成立“印尼共和国革命政府”。2月17日，苏拉威西叛军在萨穆艾尔的领导下宣布加入革命政府--印尼内战爆发。
    2月21日，中央政府对苏门答腊进行了首次空中打击，叛军的一些设施遭到破坏，他们要求美国提供重型防空武器。中央情报局答应了叛军的要求，委派工作人员罗格·麦卡锡负责此事。麦卡锡领导一个由5名飞行员组成的工作小组，从1958年2月22日起不间断地从美国的菲律宾克拉克空军基地起飞，向苏门答腊空投大量重武器。此次行动代号为“汉斯行动”。为了行动的秘密性，其军用运输飞机C-46伪装成美国民用航空飞机，同时放弃借用英国在马来西亚的空军基地，绕道南越西贡进行燃料补充，趁夜进入苏门答腊。
    2月27日，美国国家安全委员会召开356次会议专门讨论印尼局势。中央情报局持乐观态度，认为当前印尼的局势有利于外岛。苏加诺并没有完全获得军队的支持，特别是在同苏门答腊的交战上。艾伦·杜勒斯甚至欣喜地认为苏门答腊的叛军是印尼最好的军队。国务卿杜勒斯认为目前这个关键时刻是利用外岛的最好时机。[10]49
    3月1日，中央军在纳苏蒂安的领导下，发动了旨在攻取叛军总部巴东和炸毁中苏门答腊油田的“特盖斯”计划（印尼语为勇敢的行动）。就在中央军发动特盖斯计划的第二天，美国驻守太平洋的第七舰队两艘驱逐舰悄然进入新加坡海域，密切关注印尼形势。由于中苏门答腊的部分油田属于美国控制，3月4日，印尼外交部通知美国大使馆要求美国机构及其人员撤出该地。当天美国国家安全委员会就此事讨论，杜勒斯兄弟认为这是印尼的挑衅，美国必须用军事干预来保证美国的财产和人员不受伤害。[10]52
    面对印尼形势的恶化，3月5日，中央情报局又实施了“苹果一号”的秘密军事援助计划。该行动仍然由麦卡锡负责，此次运输机采用了比C-46更为先进、运载能力更强的C-54。5日深夜，麦卡锡及助手驾驶经过伪装的C-54飞抵中苏门答腊北巴鲁干上空，在叛军地面信号的合作下空投了大量武器。由于中央军直取巴东态势明显，3月11日，叛军又获得了中央情报局提供的重型防空武器。
    在美国强大外交压力下，印尼做出保证不会轰炸巴东的石油设施。3月12日凌晨，印尼空军以及海军陆战队从民丹岛出发，发动了对巴东的大规模进攻。叛军如同一盘散沙，没有做出有效的抵抗，战斗很快结束，叛军丢掉北巴鲁干地区。由于战斗前中央情报局的C-54运输机被印尼空军偶然发现，中央军在战斗中也截获了部分美国空投物资，美国害怕事情暴露影响美印关系，五角大楼次日就命令游弋在新加坡的舰队返回菲律宾苏比克湾。
    3月中旬，苏门答腊的形势开始不利于叛军，美国对巴东集团表示担心。3月27日，艾伦·杜勒斯在国家安全委员会第360次会议讨论印尼局势时，首次承认苏门答腊的情况不妙，但他仍表示不会轻易放弃。[10]86中央情报局开始把重心转向支持苏拉威西。刚刚参加了秘密支持泰国九月政变的中央情报局特工卡怀特被调到印尼。在苏拉威西陆军少校潘多的接应下，卡怀特经海路秘密运送了大量武器抵达苏拉威西。苏拉威西叛军获得武器后高调宣称：“准备应对一切来自雅加达的挑战”。[9]63
    中央情报局吸取了3月12日苏门答腊叛军惨败的教训，注重了在苏拉威西对制空权的争夺。4月初，中央情报局又实施向苏拉威西提供飞机的“哈帕计划”。中央情报局雇佣部分台湾飞行员，通过美国在菲律宾的克拉克基地向苏拉威西运送B-26轰炸机和P-51战斗机。从4月12日开始，苏拉威西的空军在中央情报局的指导下对印尼政府军的空军基地和一些重要设施进行了轰炸。4月15日，艾森豪威尔还同意美国飞行员以个人身份伪装成自愿者参加印尼的战斗。[10]1094月16日下午，政府军开始进攻叛军总部巴东，叛军见势不妙开始撤退到山区进行游击战。驻扎在巴东的中央情报局联络人员也跟随撤退。4月17日，政府军收复了巴东。
    5月初，政府军对巴东叛军进行最后的围剿。叛军在山区的据点武吉丁宜很快也被政府军控制。中央情报局的5人工作小组最终由美国海军潜艇秘密接应，撤出苏门答腊，回到了菲律宾苏比克基地。
    印尼政府军在消灭巴东叛军后就放手进攻苏拉威西。由于苏拉威西建立了自己的防空体系，政府军进展缓慢。5月13日，苏拉威西的野牛空战队在中央情报局雇员的配合下发动代号为“我的祖国”的反击计划。一时间印尼东部空战激烈，政府军与叛军互有损失。5月15日，叛军在进攻马鲁加首府安汶时误炸了一个集贸市场，造成大量平民伤亡。原来支持叛军的平民开始谴责叛军行为，并对一直在暗中支持的美国政府表示强烈抗议。驻扎在万鸭老中央情报局人员也因此受到了美国政府的严厉斥责。5月18日，美国飞行员波普驾驶的飞机被政府军击伤，波普也成为了俘虏。波普的随身证件暴露了身份，印尼上下反美情绪高涨。波普事件使得中央情报局非常狼狈，为避免出现外交冲突，美国政府决定放弃对苏拉威西的支持。6月26日，万鸭老最终被政府军占领，至此印尼政府军与叛军之间的内战结束。美国中央情报局支持印尼外岛叛乱的隐蔽行动以失败告终。