傅斯年的代表性专著是《性命古训辩证》，代表性论文是《夷夏东西说》；它们在当时的学术界曾产生很大的影响。关于这两部专著的学术性质和方法是有必要重新认识的。《性命古训辩证》是针对清代学者阮元的《性命古训》一书而进行考辨的。阮元之著是用考据学的方法以否定宋明理学家对“性命”的阐释。“性命”是中国哲学的一个范畴，《周易·乾》：“乾道变化，各正性命。”其中“性”指人的天生个性，“命”指人的命运或生命。儒家经典《中庸》：“天命之谓性，率性之谓道，修道之谓教。”宋代理学家朱熹解释说：“命犹令也。性即理也。天以阴阳五行化生万物，气以成形，而理亦赋焉，犹命令也。于是人物之生，因各得其所赋之理，以为健顺五常之德，所谓性也。”在宋明理学中，“性命”是非常重要的问题。傅斯年很注意阮元使用的方法，他说：“阮氏聚积《诗》、《书》、《论语》、《孟子》中之论性、命，以训诂方法定其字义，而后就其字义疏为理论，以张汉学家哲学之立场，以摇程、朱之权威。夫阮氏之结论，固多不能成立，然其方法则足为后人治思想史者所仪型。其方法惟何：以语言学的观点解决思想史中之问题是也。”（41）傅斯年在上卷释字，以先秦遗文中之“生”、“性”、“令”、“命”诸字之统计，分析各字的含义；中卷释义，考释古代“帝”、“天”为何如之物，及“天命”、“天人”之义；下卷释绪，辨析汉代的“性”二元论、理学家论心性以及关于性善论之说。他通过细致的考辨，证实宋人朱熹之说在学理上的成立。“性命”的讨论本属于中国思想史的问题，但傅斯年的辩证却不是用哲学或思想史的方法，而是用考据学的和历史考察的方法，这正是他提倡的历史语言学方法。关于“性命”的辩证，是一个细小的问题，它竟成了一部专著，这是典型的“小题大做”，而且是以考证方式论证的，在考证中使用了新发现的甲骨文和金文的资料，在语音的辨析中使用西方语言学的音素分析方法；这正是傅斯年主张的扩充材料和扩充工具的实践。因此，这不属于哲学研究性质，而属于国学研究性质的课题，可为哲学提出新的事实和依据。傅斯年的其他专著如《中国古代史讲义》、《诗经讲义稿》、《先秦子家叙论》、《史记研究》和《东北史纲》均着重考证专题之下若干细小的学术问题，而且以资料的排比与辨析取胜，具有历史语言学的特色。在《夷夏东西说》的论文里，傅斯年采用历史地理学的方法对古地名亳、殷、商、帝丘、穷石、东夏、华夏、钓台、涂山、伊洛、崇山、戎夏、昆吾等的考证，考证中引用了大量的先秦史料，还使用了域外及金石文献资料，提出了中华民族起源的新见解。他认为：“在三代时及三代以前，政治的演进由部落到帝国，是以河、济、淮流域为地盘的。在这片大地中，地理的形势只有东西之分，并无南北之限。历史凭借地理而生，这两千年的对峙，是东西而不是南北。现在以考察古地理为研究古史的一个道路，是以证明三代及近于三代之前期，大体上只有东西不同的两个系统。这两个系统，因对峙而生争斗，因争斗而起混合，因混合而文化进展。夷与商属于东系，夏与周属于西系。”（42）这探讨的是中国古代的一个问题，却是采用的自然科学与考据学结合的方法，去解决一个狭小的学术问题，为古史研究提供事实的依据；所以它不是历史学的研究，而是国学研究的一个课题。傅斯年的其他论文如《战国文籍中之篇式书体》、《论所谓五等爵》、《大东小东说--兼论鲁燕齐初封在成周东南后乃东迁》、《明成祖生母记疑》、《跋〈明成祖生母问题汇证〉并答朱希祖先生》、《谁是〈齐物论〉之作者》、《谁是〈后出师表〉之作者》等文，皆是以科学考证方法研究中国历史与文献存在的若干狭小的学术问题，亦属于国学研究性质的，但在傅斯年则属于历史语言学研究。
    历史语言研究所每年都有周密的工作计划。傅斯年在《国立中央研究院历史语言研究所二十年度报告》里，（43）总结了各组的工作情况。历史组整理了许多资料，研究成果有陈寅恪的《西夏文佛母孔雀明王经考释序》《支敏度学说考》《李唐氏族之推测》，徐中舒的《石本历代钟鼎彝器款识法帖再跋》、《铜器中古代狩猎图象考》，朱希祖的《吴三桂周王纪年释疑》、《后金国汗姓氏考》，赵万里的《两宋诸史监本存佚考》，赵邦彦《汉代石刻中游戏图象考》等。语言组进行了方言调查及整理语言学资料外，研究成果有罗常培的《闭口九韵之古读及其演变》、《知彻澄娘音值考》、《敦煌写本守温韵学残卷跋》，王静如的《佛母大孔雀明王经夏梵藏汉合璧校释》、《释定海方氏所藏至元通宝四体钱文》，刘文锦的《〈洪武正韵〉声类考》等。考古组进行发掘与调查外，研究成果有董作宾的《帚矛说》，郭宝钧的《古器物释名》，李济的《殷墟铜器五神及相关之问题》，刘峙霞的《殷代治铜术》，丁山的《伯懋父郭跋》等。这些研究成果都属于考证性的论文。
    《历史语言研究所集刊》是有国际学术影响的大型连续出版的学术集刊，发表所内研究成果。其大半以上的论文是考证性的。集刊是傅斯年计划主办的，是最能体现历史语言研究所的宗旨和学术特色的刊物。其中的论文以新资料、新工具、新问题见长，以自然科学与中国考据学相结合的科学考证方法，对中国历史与文献的狭小的学术问题做窄而深的研究。集刊在学术界独树一帜并取得巨大成功，这是傅斯年的“致中国历史语言之学于自然科学之境界中”的宏图的实现。
    从1923年胡适发表《〈国学季刊〉发刊宣言》标志国学运动新倾向的兴起，1926年顾颉刚发表《〈古史辨〉第一册自序》标志古史辨学派的兴起，1928年傅斯年发表《历史语言研究所工作之旨趣》标志历史语言学派的兴起，它们迄于1949年新中国的成立。我们回顾这一段学术史，不难发现三者虽旗帜不同，名称相异，但研究对象和方法却是基本相同的，在学术性质上都应属于国学研究。（44）然而傅斯年对待国学的态度与其治学宗旨和学术活动是相矛盾的。
    1916年秋，傅斯年21岁于北京大学预科毕业后升入北京大学本科国文门，1919年夏毕业。“国文门”即“国学门”。他在这3年中获得了国学的基本知识，整理国故运动的倡导者胡适是其终身崇敬的师尊。1920年傅斯年在英国留学，于致胡适的书信里，谈到同学俞平伯自英国辍学归国之事，间接地表述了对国学的看法。他说：“（俞平伯）‘输入新知’的机会虽断，‘整理国故’的机会未绝。旧文学的根柢如他，在现在学生中颇不多。况且整理国故也是现在很重要的事。受国文先生毒的人对于国故整理上定然有些隔膜的见解，不深入的考察，在教育尽变新式以后，整理国故的凭借更少。趁这倒运的时期，同这一般倒运的人，或者还可以化成一种不磨灭的大事业。”（45）傅斯年对俞平伯的归国是不赞同的，故语带嘲讽。他肯定俞平伯旧学的功底深厚，以为俞平伯此决定虽然失去吸收新知的机会，但归国却可整理国故。在大多数年轻人对整理国故无兴趣时，像俞平伯这样“倒运”的人，或者可能成就一番事业的。俞平伯不久关于《红楼梦》的考证即取得了很大的成就。傅斯年在这封书信里明显地表现出对国学的憎恶的态度，更倾向于接受西方近代新的科学知识。在归国后，他所开创的中国历史语言学，虽与国学名异实同，但他仍然表示反对国学，并且是作为历史语言研究所的宗旨而提出的。傅斯年说：“我们反对‘国故’一个观念。如果我们所去研究的材料多半是中国的，这并不是由于我们专要研究‘国’的东西，乃是因为在中国的材料到我们手中方便些，因为我们前前后后对于这些材料或已经有了些研究，以后堆积上研究去方便些……世界中无论哪一种历史学或语言学要想做科学的研究，只得用同一的方法，所以这学问断不以国别成逻辑的分别，不过是因地域的方便成分工。”（46）这里他明确地表示反对“国故”这个观念。关于“国故”，胡适曾解释说：“‘国学’在我们的心眼里，是‘国故学’的缩写。中国的一切过去的文化史，都是我们的‘国故’；研究这一切过去的历史文化的学问，就是‘国故学’省称‘国学’。‘国故’这个名词，最为妥当；因为它是一个中性的名词，不含褒贬的意义。”（47）傅斯年认为历史语言研究所虽然研究的材料大多数是中国的，却并不限于此，研究这种学问不应当以地域或国界来区分，如研究中国的地质是属于地质学一样，研究历史语言只得用同一方法，特别是由于材料的扩充和工具的扩充，势必超越“国”的界限，弄得“不国”、“不故”。此外还因“国故”很容易与“国粹”混淆。晚清以来各地办的存古学堂和民国以来各地办的国学院，都是以弘扬国粹为宗旨的，所以傅斯年认为“国故”的观念是不能成立的。傅斯年承认国学研究的内容主要是言语、历史、民俗等题目，它们也是历史语言学研究的范围，但历史语言学却是合力工作，专业研究，动手动脚找材料，改变“读书就是学问”的风气，注重新材料的发掘，采用自然科学各学科的方法，而且研究的范围扩大到东方各国；因此它在某些方面与国学有所区别。