拿破仑30周岁生日时，自感自己的光荣事业在欧洲而不在埃及，于是在1799年8月22日，带着部分军官及学者，秘密返回法国。 拿破仑在埃及作出的最后一个决定是：艺术、知识委员会应扩大活动范围，迁往上埃及；那里是埃及文明精华之所在。
    拿破仑曾为入侵埃及准备了一切，而此时此刻，他又把一切放在编写《埃及方志》上去了。
    青年学者们迅速制订工作计划，商定编写和出版《埃及方志》一书。该书是法远征军最重要的成就，其中有地图多幅，详尽记述了埃及各地的有关艺术、工业、服装、地理、风土人情、动植物等情况。他们绘制了九百余幅图，都是照相机出现之前的生动记录，是独具特色的历史性成就。最富才华的画家、考古学家当数迪特里特，穆拉德贝克的肖像就出自他手。此外，他还绘制了有关菲拉神庙、卡纳克神庙、阿斯尤特、米尼亚及爱资拜基广场的多幅图画。这位艺术大师要求开罗学院开设艺术学校，让埃及人学习古迹修复、古画临摹等技艺。他是提出修复库姆神庙和丹德等神庙的第一位学者。
    赴上埃及的法国工程师们制订了排灌计划，全部技术图由工程师孔德绘制。孔德被誉为艺术、知识委员会的“智多星”。他曾建议日后进攻英国时用汽球运送大军过英吉利海峡。他为法国远征科学家们设计了望远镜和各种镜头。他还设计、制造了各种纸；在编写《埃及方志》之前，不曾有人用过这种纸。他要求拿破仑准许他与一埃及女子结婚，拿破仑说：“我们在埃及取得合法居住权前，你不能娶埃及女子为妻。假若你现在与埃及女子成亲，那便是一种霸占行为。”
    1801年9月，法国人被英国人打败。部分法国学者留在埃及， 仍孜孜不倦地进行研究工作，有的被英国人抓去当了俘虏，他们的研究成果也被霸占。英国人抢去了法国学者发现的“拉希德石碑”，至今仍藏在大英博物馆里。
    法国化学家拜尔图里是《埃及方志》一书出版委员会的主持人，他与拿破仑一道秘密返回了法国。
    法国学者对法军在埃及的失败并不感到痛苦，而对他们在埃及打开了一种堤坝感到骄傲和欣慰，因为他们已预见到古代史知识将像洪水一样涌来，拿破仑没有创造一个新埃及，然而却打开了古埃及的大门。自那时起，世人方才开始注意研究法老时代的光辉业绩；而过去，他们只能看表面，不解其内涵。足以证明19世纪骄子拿破仑才智的例子，要算是他选定了年仅20岁的许多年青人担当研究重任，甚至还有17岁的小伙子。这些年富力强的青年人，满怀激情，充分发挥才智和想象力，克服了种种困难，把埃及的古老历史和光荣发掘出来，还给了埃及。他们中有位名叫朱马尔的学者，年仅19岁，从尼罗河第一瀑布到开罗的全部雕刻临摹画，皆出于他一人之手，技艺确属非凡。
    参加《埃及方志》绘画、誊写、雕刻、编撰的艺术家、工程师、工人达两千余。第一版问世时，该书印刷所用纸张、油墨、印刷术均系空前。该书一出版，诸国帝王、达官贵人及知识分子便竞相购买。1809年，该书印成九卷；其中两卷是关于自然历史的，包括动植物、鱼类、昆虫、鸟类等；关于古埃及文明的有四卷；其余三卷记述伊斯兰征战运动、法军进攻埃及，以至新埃及国家史。第一卷的封皮上印有“奉拿破仑大帝之命印刷”字样，第八卷开印时，因拿破仑已经退隐，封面字样改为“奉政府之命印刷”。
    尽管第一版印刷精美，然而，学者们发现其中错误多处。1822年至1829年间，路易十八决定重印此书。第一卷出版时，商博良破译了“拉希德石碑”，由此导致了一系列重大发现。这是法国远征军发现活动的高峰。100年之后， 英国人发现了阿蒙墓。第二版印成26卷，其中12卷是图片，内有埃及每个村庄的地图，还有开罗每座房舍、每条胡同的方位图。这一版的开本小，因此卷数增多。
    拉希德石碑的破译，使第一版中的错误更加明显。1827年，商博良到达埃及。这是埃及古代史研究的重大转折点。这位东方学家聪明、坚毅，才华出众，富有想象力，堪称是一位天才人物。
    《埃及方志》最重要的特点便是绘图精美、记录翔实。此外，人们会发现法国人对埃及人和善宽厚，书中找不到任何讥笑、嘲弄埃及人或他们传统习惯的字句。他们的最高理想，便是在此之前出版的法国百科全书上的那句话：“精确、忠实记录……至于分析，则是另一些人的职权范围。”
    因为要在预定的限期内出书，故《埃及方志》中错误很多，但“那些错误均非出自故意或恶意，恰恰相反，法国人在编撰、出版过程中，工作十分谨慎、精心。”拿破仑曾多次要求他们力求忠实、精细。因而忠实是他们工作的出发点；战场上的胜败与他们无关。
    《埃及方志》中有一篇文章，题目是《耍蛇者》。文中说，他们见耍蛇人钻进一座房子，手拿棍子和篮子，站在房子的一个角落，口中念念有词，继而将棍子伸出……片刻过后，抽回棍子，即发现棍头上缠有活蛇。法国学者肯定那蛇不是耍蛇人预先放到房子里去的。他们分析这种奇异现象说：“这位耍蛇人长期实践，积累了丰富经验，终于能够发出一种特殊声音，那蛇听见这种声音，也就出来了。”连想到呼唤猫狗的实践与事实，这种分析不无道理。学者们还发现蛇有一种气味、因此断言那位耍蛇人很可能有分辨蛇气味的能力，故朝着有蛇的房子里走去。学者们看见耍蛇人让蛇缠在自己的脖子上，断定蛇的牙齿已被拔掉，后来果然看到了被拔掉了的蛇牙齿。法国学者还说：“耍蛇人能够让别人具有一种抗蛇的‘免疫性’，办法是让人们喝他备好的一种液体，加入几滴油和一些糖、再往里吹几口气，念上几句咒语，最后让人喝下去。接着，耍蛇人把蛇贴在耳朵上，停留一分钟，埃及农村人称此动作为“协议”，意思是说耍蛇人与蛇达成了协议，让蛇不要再去咬人。学者分析说，那种液体给人一种精神力量，或一种勇气……蛇感到人不会伤害它，它也就不伤害人了。
    法国学者不避讳讲自己所看到的一切。他们想亲眼看看，肯定自己没受欺骗：同时也试着作些分析。但他们承认自己无法解释埃及的特有传统习惯，因为那需要很长的时间。不过，学者们留心作详细记录，确实为后来的分析、研究者们提供了宝贵材料。
    《埃及方志》成书之功应归于拿破仑。看来有关拿破仑炮击狮身人面像的鼻子的说法欠可靠，很可能是误传。