但是，此时在英国的唆使和支持下，西藏问题有继续恶化的趋势，西藏地方分裂活动猖獗。外蒙古在沙俄的策动下，形势日益险恶。蒙、藏两地在政治上相互影响，谣言纷传，使得西藏局势进一步趋向严峻。因此，如何解决西藏问题及与此相关的蒙古问题已是民国政府的当务之急。
    值此边疆危难之时，孙中山为了维护国家政治稳定，于1912年4月1日正式辞去临时大总统，由袁世凯就任临时大总统，成立北京政府。袁世凯在就任临时大总统后，发表宣言，提倡五族共和，各民族平等团结，并采取一些措施，包括派四川都督尹昌衡兵进西藏，成立蒙藏事务局等等。但是，西藏及外蒙形势未见缓解。1912年8月，袁世凯电邀孙中山进京共商国事，其中也包括讨论蒙藏问题。孙中山北上，于8月24日抵京后与袁世凯就蒙藏形势交换了意见。8月27日，孙中山在与袁世凯第三次谈话，讨论关于蒙、藏宣告“独立”、国势危急问题时，孙中山认为“以此次蒙、藏离叛，达赖活佛实为祸首。若能广收人心，施以恩泽，一面以外交立国，倘徒以兵力从事蒙、藏，人民愚昧无知，势必反激其外向，牵连外交，前途益危，而事愈棘手矣”。（注：王耿雄编：《孙中山史事详录》[C]，天津：天津人民出版社，1986年版，第359页。也可参阅陈旭麓、郝盛潮编，王耿雄等编：《孙中山集外集》[C]，上海：上海人民出版社1990年版，第181页。）在与袁世凯第五次谈话中，孙中山认为“蒙古不欲取消独立者，西藏为之臂助也。如欲使蒙古取消独立，必先平西藏，以为取消库伦独立之预备。西藏平，则蒙古之气焰息矣。西藏之向背，关乎蒙古之独立与否，蒙古不独立，则边警息矣”。（注：王耿雄编：《孙中山史事详录》[C]，天津：天津人民出版社，1986年版，第375页。也可参阅陈旭麓、郝盛潮主编，王耿雄等编：《孙中山集外集》[C]，上海人民出版社1990年版，第186页。此书认为这是孙中山与袁世凯的第八次谈话。）在与袁世凯第七次谈话中，袁氏问：“西藏独立，近有主张以兵力从事者，先生以为然否？”孙中山说：“余极力反对以兵力从事，一旦激起外响，牵动内地，关系至大。故余主张两事：一、速颁待遇西藏条例。二、加尹昌衡宣慰使衔，只身入藏，宣布政府德意，令其自行取消独立”。（注：王耿雄编：《孙中山史事详录》[C]，天津：天津人民出版社，1986年版，第382页。《孙中山全集》[C]，第2卷，北京：中华书局，1982年版，第427-428页。）9月5日，在与袁世凯第十二次谈话中，孙中山又谈及：“自尹司令进藏迄今数旬，虽无失利，然伤人耗财，究属得不偿失。且达赖背叛之原因，大半受外人之运动所致。故收拾西藏，亦须由运动着手，施以种种政策，如诱以爵位，饵以重币等类。若徒恃征伐，不惟无济，且恐坚其外向之心。”（注：《孙中山全集）[C]，第2卷，北京：中华书局，1982年版，第452页。王耿雄编：《孙中山史事详录》[C]，天津：天津人民出版社，1986年版，第395页。在外蒙危机日甚之时，1913年1月30日，孙中山在外地致电北京政府，谈及筹藏办法时，电文所称与此内容相同，可参阅王耿雄编：《孙中山史事详录》，第514页。）
    孙中山对解决西藏问题提出的政策，基本上为袁世凯所认同，对民国元年北京政府的西藏政策的制定、实施产生了重大影响，这主要表现在：
    1、孙中山主张在维护国家统一的情况下，优礼、团结西藏上层人物，主动派人去西藏宣传政府共和主旨，沟通中央与西藏地方关系。事实上，1912年9月以后，北京政府也加强了宣传五族共和的力度，制定实施一些政策，多方设法表达对达赖的慰问，争取政治解决西藏问题。达赖本人也不希望看到西藏从祖国彻底分裂出去，在闻知北京政府颁布《待遇蒙古条例》，又于1912年9月正式颁令任命贡桑诺尔布为蒙藏事务局总裁后，达赖有所触动，立即致信贡桑诺尔布，表达内向的意愿，为政治解决西藏问题提供了契机。不久，北京政府又发布恢复十三世达赖喇嘛名号的命令，并派专员商办西藏事宜。这些措施使得西藏地方开始转变立场，并与中央直接接触，寻求问题的解决，西藏局势开始趋向缓和。
    2、孙中山强调西藏问题主要为外国所策动，注重外交交涉解决问题。袁世凯就任临时大总统后，在举国呼吁下，于1912年5月派四川都督尹昌衡为西征军总司令，令其率兵赴藏，滇军蔡锷部出兵配合；同时，也认识到西藏问题主要为英国一手挑起的，西藏问题的解决离不开英国的“配合”，袁世凯又令外交部接见英国驻华公使，交涉西藏事务，希望其不干涉中国内政。在同年9月，川滇军作好入藏部属后，袁世凯仍希望与英国“外交”交涉。但是，在英国压迫下，袁世凯出于个人目的，放弃西征，专志于“和平”解决西藏问题，失去了解决西藏问题的最佳时机，为以后英人设定的阴谋所左右。
    3、孙中山认识到藏、蒙问题相互关联，一方的变乱会影响另一方问题的解决。在民国元年，西藏、外蒙的局势险恶异常，沙俄与外蒙签订《俄蒙协约》，妄图把外蒙彻底分割出去。孙中山意识到，必须对沙俄的侵略行为抗争到底，否则西藏必仿而效之，直接影响西藏问题的解决。所以，立即分别致电袁世凯、参议院，云：俄蒙之约万不承认，“当出以最强硬之抗议”。“若我坚持，定生死力争，必可转圜。倘稍有退让，新疆、藏、满必继去，本部亦难保全，望诸公协助政府否认《俄蒙协约》，坚持到底”。（注：王耿雄编：《孙中山史事详录》[C]，天津：天津人民出版社，1986年版，第480-481页。）1912年12月3日，孙中山又发表全国通电呼吁政府及国民反抗俄国侵略。举国上下一时征俄征蒙言论沸腾，北京政府也宣布不承认《俄蒙协约》。
    孙中山的这些主张，基本上符合西藏的客观形势，反映了他当时的政治态度。袁世凯主政的北京政府，也大体上赞同孙中山对西藏问题的主张，并采取了相应措施，争取政治解决西藏争端。至于没有取得积极良好的收效，除了英国的阴谋阻挠外，则很大部分是因为袁世凯个人的政治目的，以致于对内对外都不能采取强有力的措施，将上述的政策贯彻到底。
    此外，为了利于西藏问题的处理，孙中山又主张北京政府宜对有关蒙、藏新闻进行管制，因为蒙藏情形传闻甚多，“若以误传刊登报章，引为事实，使人心恐慌，外人将必乘此时机直来谋我”，“故文主张此后蒙、藏消息，责成各该处办事长官日报告政府一次，由政府再分送各报登载，既免误传，且得真相”。（注：王耿雄编：《孙中山史事详录》[C]，天津：天津人民出版社，1986年版，第360页。）其目的是为政治解决西藏问题创造良好的社会舆论，避免民众情绪过激而影响问题的解决。
    除了陈策解决西藏问题的办法之外，孙中山还身体力行，抓住每一个机会，四处宣传民国政府的民族政策。针对民国肇始，“惟蒙、藏尚不尽知共和真理”，（注：王耿雄编：《孙中山史事详录》[C]，天津：天津人民出版社，1986年版，第447页。）对民国政府颇有疑惧的心理，孙中山认为解决之策在于宣扬民族平等团结，以昭示共和之真意。所以，孙中山利用北上的机会，于1912年9月，广泛与各界群众见面会谈，发表演讲，反复强调五族共和，呼吁各族人民团结起来共建国家。1912年9月1日，孙中山出席北京蒙藏统一政治改良会欢迎会，发表演说：“凡我蒙、藏同胞，首即当知共和国家异于专制国家之要点。……凡属蒙、藏、青海、回疆同胞，在昔之受压制于一部者，今皆得为国家主体，皆得为共和国之主人翁，即皆能取得国家参政权。……非如前清之于蒙、藏部落视之。……惟以蒙、藏同胞目前未知此理，日受外人挑弄，乃发生种种之背谬之行为。吾辈丁此时艰，所当力为劝导，俾了解共和之真理。”（注：王耿雄编：《孙中山史事详录》[C]，天津：天津人民出版社，1986年版，第430页。）9月7日在张家口各界欢迎会上，孙中山又着重强调了五族共和，“族无分乎汉、满、蒙、回、藏，皆得享共和之权利，亦当尽共和之义务”。（注：王耿雄编：《孙中山史事详录》[C]，天津：天津人民出版社，1986年版，第451页。）孙中山抓住出席各种欢迎会的机会，积极宣传以民族平等团结为核心的五族共和说，其中也包含了对藏族同胞的殷切希望，希望藏族群众了解共和之真理，欢迎藏族领袖参与国家政治生活，消除疑惧心理，增进西藏人士对民国政府的了解与认同。