西班牙殖民者不加节制地滥用权利，为了谋取暴利对印第安人灭绝人性的压榨不仅在欧洲大陆引起了震动，同时也影响了西班牙王室的经济利益。国王不是商人，仅仅满足于利润的分成或是对某一地区贸易的垄断；国王也不是种植园主或矿山主，仅仅以剥削压榨奴隶的劳动，增加利润和财富而自得其乐。国王是一个统治者，他需要恭顺的臣民，要在美洲掌有政治上的统治权，经济上的垄断权和精神上的支配权。西班牙王室不再满足于通过扩大贸易区而获得有限的利润，而是要通过建立统治以保证长期稳定的利润收入。1516年，查理一世在继承西班牙王位之后，又承袭了神圣罗马帝国的皇位。查理梦想建立一个天主教的世界帝国（13），新大陆不仅在他的帝国版图之内，而且更重要的，新大陆是他实现这一梦想的财源。1521-1544年间，西班牙平均每年从美洲殖民地运回黄金2900公斤，白银30700公斤；1545-1560年间，数量激增，平均每年黄金5500公斤，白银24万多公斤。到16世纪末，在世界贵重金属的开采量中，西班牙就占了总数的83％（14）。因此在美洲建立了君权体制，集政治、经济大权于王室，实行全面的殖民统治，成为西班牙王室对美洲殖民政策的重点。16世纪初，西班牙王室不仅继续在美洲进行军事征服，先后征服了墨西哥、秘鲁、厄瓜多尔、哥伦比亚、智利等地区（15），16世纪中叶在美洲的中部和南部已经不再有印第安人的国家存在了；而且还派遣大批的传教士前往美洲。西班牙传教士在美洲的传教活动的政治意义远远超过了宗教意义，主要表现在三个方面：维护和加强西班牙王室在殖民地的统治集权；抵御西欧其它国家对美洲殖民地的渗入；对印第安人基督教化，对美洲进行“精神征服”（16）。
    二
    16世纪初，西班牙王室开始在美洲建立一套殖民统治机构，先后在美洲设立了四个总督区。此外，还设立了各级教会机构。西班牙王室利用传教活动限制早期殖民者的独立性，传教士们以所谓的基督教的“仁慈”谴责早期殖民者对印第安人的残害，通过教会束缚他们已有的权利，把各种权力集中在王室手中。
    自从1511年蒙特修斯在布道时公开指责早期殖民者在美洲殖民地对待印第安人令人发指的行为后，1515年，多米尼克修会传教士拉斯·卡拉斯再次在西班牙呼吁改善印第安人的待遇（17）。他们的指责和呼吁在西班牙乃至西欧大陆都引起了极大的震动，并导致了一场激烈的争论。表面上，争论是关于如何对待印第安人的问题，而实质上则是涉及西班牙王室和早期殖民者在美洲的经济利益问题。
    早期到达美洲的西班牙殖民者竭力要维持家长制的委托监护制，占有一定的区域和印第安人，企图在美洲形成一个能使他们个人受益的社会体制，维护他们在政治和经济上的独立性和特权。他们提出，印第安人是完全没有开化的野蛮人，按照亚里斯多德的理论，野蛮人天生就是奴隶，如同牲畜一样。因此，他们有权随意掳掠印第安人为奴，有权役使和处置他们。受到王室支持的传教士们并不否认印第安人是尚未开化的野蛮人，他们不反对亚里斯多德的野蛮理论，他们与早期殖民者分歧的焦点在于，究竟谁有权主宰印第安人。他们提出，人和畜都只有一个上帝，上帝以其三位一体的性质创造了天上地上的所有一切，由上帝在世间的代理人教皇把世界的土地分配给基督教的国王，给他们以开拓的权利。新大陆是上帝创造的一部分，它已经由教皇分给了基督教的西班牙国王，只有他才有权统治、支配属于这块土地的一切，不论是人还是牲畜。印第安人是天生的奴隶，对他们必须使用鞭子，但只能是以基督教的名义；必须强制他们，但也只能是以基督教的君主的名义。罗马教皇不仅把统治权授予基督教的国王，并且还授予其对印第安人实行基督教化的权利（18）。因此，只有西班牙王室才有权分配印第安人，有权统治他们，他们是国王的财产，不允许他人占有他们。根据这一观点，从20年代起西班牙王室派遣大批的传教士前往美洲，仅16世纪就有法朗西斯修会、多米尼克修会、耶稣修会以及圣奥古斯丁修会等约5418名传教士先后登上美洲大陆。1518年，西班牙王室从教皇那里获得了在美洲确立主教区域权，从1504年到1620年在美洲设立了35个主教区，4个教会省（19）。教会掌握了殖民地的司法权和行政权，而教会却牢牢地被控制在西班牙王室的掌握中。任何传教士未经国王允许不能随意进出美洲；只有国王有权向教皇建议任命殖民地的最高受俸神职，有权向主教区的主教建议任命较低级的受俸神职，从大主教到原始森林中的传教士都在西班牙王室的控制下。王室干涉教会在殖民地的一切活动，禁止教会省召开宗教会议。甚至传教士和罗马教廷之间的来往信件也须经王室检查（20）。为了控制教会，西班牙王室极力限制罗马教皇的势力渗入美洲大陆，只允许教皇在殖民地享有某种形式上的权利。例如，为表明美洲的主教与罗马教皇间的从属关系，教皇有权收取主教的佣金，但仅此而已（21）。西班牙王室对美洲殖民地教会的控制程度远远超过对本土教会的控制。实际上西班牙国王是教皇在美洲殖民地的代理人，或者更确切地说是一个没有圣职的教皇。
    西班牙王室就是这样通过教会更加有效地控制了美洲殖民地的局势，把政治决策权、经济垄断权都集中在王室手中。早期殖民者的权利被剥夺，取代他们的是享有特权的王室总督或代理人以及主教或修士。王室与早期殖民者签订的所有关于在殖民地经济收益的协议都成了一纸空文。教职人员实际成为殖民统治机构中的重要成员，他们不仅享有无可争议的教会权利，而且还拥有许多世俗的特权。利用这些特权，教会人员占有大量的土地。到19世纪时，墨西哥全国半数以上的耕地都被教会占有。王室在殖民地制定了各种赋税：土地使用税、印第安人人头税、教会什一税等，垄断了贵重金属的采矿权。在墨西哥，教会就控制了全国2／3的流动资金（22）。从而使王室掌握了殖民地的经济大权。从1576年至1598年西班牙王室仅从墨西哥就获得7164270432马拉维第（Maravedi西班牙古钱币）的利润。16世纪中叶，共从美洲收入了442139947百万马拉维第的利润（23）。
    三
    美洲大陆从被发现之初就引起西欧其它国家对它的注目，首先是葡萄牙、其后是法国、英国等。从那里源源不断流进欧洲的黄金更使它们对其垂涎三尺。欧洲殖民者在美洲争夺霸权的斗争是不可避免的。罗马天主教是西班牙王室抵制它国经济势力和政治势力渗入美洲大陆的政治防御手段。
    16世纪初，欧洲大陆爆发了被恩格斯称之为“第一次资产阶级革命”的宗教改革运动。代表资产阶级的新教随着资本主义生产关系在西欧各国的产生和发展而广泛被传播。顽固维护封建制度的罗马天主教会和哈布斯堡王朝联合起来反对宗教改革，而西班牙是反宗教改革运动的堡垒。西班牙国王设立了异端审判所，残酷地镇压新教徒，异端审判所成为西班牙国家机构的一部分（24）。西班牙王室把这一国家工具也运用到美洲大陆。