尽管以压倒性多数批准了这项决议案，国会对该决议案仍存猜疑，忧心忡忡。赞成决议案的主发言人都承认，该议案给予总统对中共集结部队进行先发制人的攻击的授权，正在加剧台湾、澎湖列岛以及“有关阵地和领土”的紧张局势。
    辩论中主要有两个问题。一个仅出现在参议院中，即是否应从给总统的授权中排除近海岛屿。参议院中的一小部分畅言无忌的民主党人和几个共和党人士警告说，不值得为这几个近海岛屿触发与中国的战争。反对者则说，金门和马祖对台湾的士气至关重要，从决议中排除它们将导致中共对它们的接管。双方都没有提及政府保卫金门、马祖的明确意图。杜勒斯在联合委员会的秘密听证会上曾间接地提到过这个意图。
    第二个问题是艾森豪威尔所要求的授权是否必要、是否正当。这个问题在参众两院都引起了争论。国会中一些保守派议员欢迎这项决议案，认为该项议案证明了他们的观点：即作为武装力量最高统帅的总统的权力并不是绝对的。自由派人士则谴责这项议案，认为一张无保证的、危险的空白支票无异于一份可随意填写日期的宣战书。在两院中更多的反应是，总统已经拥有为保护台湾而做他想要做的事情的权力了。一些人确实担心艾森豪威尔要求从国会得到的不必要的附加授权，正在开创一个危险的先例，使他的后任者在未来的紧急情况下同样享有这些权力。
    辩论中尽管存在着各种猜疑和分歧，但结果却毋庸置疑。国会两党的高层人物紧密地团结在一起，共同支持决议案。
    政府通过与国会领袖的合作，以及努力减少人们的疑虑和担忧，为决议案扫清了道路。杜勒斯让联合委员会放心，总统不会把决议案当作宣战书，他不打算在台湾海峡使用美国地面部队，也没有支援蒋介石反攻大陆的计划。杜勒斯透露，已与英国就总统行动方案内容进行了协商，虽然英方“热情有限”，但已表示不反对。
    参谋长联席会议主席雷德福在联合委员会听证会的证词中，把苏联介入和美国被迫使用地面部队或原子武器的可能性降到了最小的程度。
    参议院辩论期间，政府继续努力消除各种怀疑和反对。政府宣布新西兰很快将向安理会提交一项停火提案。这个消息的宣布，有助于安抚那些希望通过国际组织寻求一项解决方案的自由派人士。即使在《台湾问题决议案》的支持者中，也有人认为该议案可能授予了总统发动先发制人的战争权力，或者可能使美国军队的控制权落入一个鲁莽的当地指挥官或蒋介石手中。为了打消他们的担忧，艾森豪威尔发表了一份声明，宣称在台湾海峡使用美国海空军，仅仅是出于防御目的。不论是在紧急自卫还是在对台澎的直接防御中，只有他才能决定是否使用这些军队。
    五、批准美台《共同防御条约》
    1955年2月9日，参议院以65票对6票批准了美台《共同防御条约》。《台湾问题决议案》通过后，总统防御台湾和澎湖列岛的权力就不再引起争论了，但杜勒斯却奋力推动国会迅速批准《共同防御条约》，他把条约看作是进一步扼制中共进攻威慑物，看作是向国民党人做出建立信任的另一个姿态。国民党人迟至2月7日才发表声明，宣布撤离大陈，只是到这时才允许早已集结在那里支援撤退的庞大的美国海军力量采取行动。
    参议院对美台《共同防御条约》并不象对《台湾问题决议案》那么担忧。2月3日，国会对北京的态度强硬起来，那一天，周恩来拒绝了安理会关于参加讨论新西兰提出的停火提案的邀请。这项拒绝对于消除（外委会中）自由派民主党人及右翼共和党人间冲突的基础起了作用；自由派民主党人赞成一项体现了参议院观点的议案，鼓励美国为联合国的停火决议而努力，右翼共和党则反对这项议案。这项议案的起草者赫伯特·汉弗莱（Hubert Humphrey）在周的拒绝后，也就放弃了议案。
    批准美台《共同防御条约》构成了政府1 月中旬以来贯彻的行动方案的重要组成部分。《台湾问题决议案》、联合国停火决议、撤离大陈，都已得到了国会认可，其中前二个是以立法形式批准的。无论是在国会领袖的新闻发布会上，还是在联合委员会会议上，对于政府防御金门和马祖的明显意图，都没有提出什么问题。在国会的民主党和共和党领袖的协作下，政府成功地建立了一条两党一致的阵线，使右翼共和党人站到了自己一边，使国会为自己的政策摇旗呐喊。
    六、两党关系的破裂从政治方面而言，《台湾问题决议案》及《共同防御条约》仅带来了短暂的成功。在随后几周里，危机并未平息，而政府仍坚持对近海岛屿采取它的“令共产党捉摸不定”的策略。