第二，对南北和解的意义认识不足。
    尼迈里曾信誓旦旦：“要誓死捍卫（南北和解）这一功绩”，（15）但他作为资产阶级政治家，毕竟眼光短浅，看不清南方的和平与发展对于国家富强、政权巩固的长远意义。他只感到亚的斯亚贝巴协议签订后，阿尼亚尼亚队伍的收编与遣散减轻了对他的政权的压力。他唯恐南方人再养成势力，对他形成新的威胁。因之，对其处处防范，严加控制，亚的斯亚贝巴协议部分条款一开始就没有认真执行。如：协议有一专门附件“财源及对南方地区帮助法”，旨在确保发展南方经济，但1972-1974两个财政年度，给南方地区过渡政府所作“少得可怜”的预算总额870万镑，中央政府只拨给120万镑；（16）；协议规定招收新兵和军校学员按南北人口比例，实际上，1972-1982年间，除1974年偶从朱巴招收270名新兵外，其他年份都未从南方招过兵；此间军校学员中南方人比例不足5%，远远低于人口比例之30%；（17）对收编的阿尼亚尼亚部队官兵，尼迈里不看作是自己人，他们处处受到不公正待遇，导致1975年、1976年发生哗变和逃跑现象；未被收编的部分人因得不到妥善安置而隐匿丛林。这些都未引起尼迈里的警觉和重视。
    第三，接受北方大民族主义。
    尼迈里执政初期，被其赶下台的国民党、民主联合党与伊斯兰阵线结成民族阵线，从事反政府活动，于1975年和1976年连续制造流血事件。尼迈里不禁杯弓蛇影、草木皆兵。他为缓和与这一反对派的矛盾，不惜出卖原则，答应对亚的斯亚贝巴协议和1973年宪法进行修改。1977年与之达成所谓“民族和解”，实际上是向民族阵线投降，接受了北方老牌地主资产阶级政治家的大民族主义思想。从此，在北方大民族主义思想指导下，尼迈里政府对南方政策发生明显偏差。这主要表现在：
    1.南油北运
    尼迈里接受北方政党的传统观念--“南方穷，政治上依赖北方，才得以维系统一”。（18）1978年，南方石油涌出，他担心南方由穷变富会脱离北方，因而千方百计要把石油抓到手。这一年，尼迈里在访美声明中有意将在苏丹南方上尼罗河省发现的石油说成是在苏丹西部地区发现的。随后，政府将包括油田在内的南方大片土地划归北方，并铺设自石油产地本提乌至北方苏丹港长达1400公里的输油管道，同时计划在北方的库斯提建炼油厂，以避免给南方人提供就业机会和免向南方自治区交纳利税。当南方人对中央政府擅自将南方石油运往北方提出抗议时，尼迈里对北方军队挑拨说：“南方人不愿意让我们与他们的石油发生任何联系。”（19）
    由于历史的原因，南方很穷，亚的斯亚贝巴协议确实有些照顾发展南方经济的条款。但是，正如多年主持南方自治区政府工作的伊尔所说：“鉴于1972年以来南方经济形势发生了根本变化，中央政府可以向地区政府提出共享石油收益的要求。但它没有采取这一明智作法，而是选择了无视事实，自作聪明”。（20）后来成为南方反政府力量领导人的约翰·加朗也说：“石油是自然资源，属于全体苏丹人民，但是我们反对喀土穆政权采取的沙文主义态度”。（21）而身为总统的尼迈里，却把北方人与南方人对立起来，完全不考虑发展南方落后经济之需要，要把南方的自然资源全部剥夺，这种野蛮的民族经济剥削必然引起南方人坚决反对。曾几何时，尼迈里在南方各地接受群众欢呼、献礼的场面不见了，1980年尼迈里视察油田时，戒备森严，如临大敌。
    2.打击南方力量，取消南方自治
    1978年初，民族阵线成员甫进执政党社会主义联盟领导机构，便提出打击南方力量以除后患的谋略。尼迈里本来担心南方人再养成势力，所以极易接受之。他根据民阵的献策，决定拿原阿尼亚尼亚部队司令、苏丹南方解放运动领导人、南北和解后任苏丹人民武装力量少将兼社盟政治局委员的约瑟夫·拉古开刀。是年2月，尼迈里授意拉古接替伊尔主持南方自治区政府工作。拉古在其走马上任的当天，便被解除军职。1979年初，民阵因不同意尼迈里的外交政策与他分道扬镳后，尼迈里的大民族主义思想已经扎根，继续奉行打击南方人政策：不但拉古于1980年又失去了南方自治区最高执委会主席职务，许多被收编的原阿尼亚尼亚军官都相继被迫离职，有的还遭逮捕。尼迈里下台后据统计，军队中原属阿尼亚尼亚的各级军官计203名，经尼迈里清洗后，仅剩下57名。（22）
    1980年，尼迈里莫名其妙地指责南方人有“分裂倾向”，并扬言：南方如有谁再拿起武器，他当奉陪，不是17年，而是更长时间。这是他决计要取消南方自治的信号。这一年，尼迈里指示他的法律顾问对自治法作新的解释，没有得逞，又转而去拉当年南方选举落选的政坛人物，蛊惑他们说：若将南方一分为三，即可任命3位地区立法会议主席和3位地区最高执委会主席，而不是各1位；可以任命45名部长，而不是15名；每个新的地区还可得到1500万镑的发展经费，以此鼓励他们“代表南方人”提出分割南方的要求。然而，尽管尼迈里几次三番出面干预，其中包括一度对南方实行军事管制，直到1983年初，将南方划分为3个地区的方案屡提屡通不过。气急改坏的尼迈里于同年6月5日发布总统令，最终解散南方自治区立法会议和最高执委会（即自治区政府）；逮捕坚持南方统一观点的地区领导人；在南方成立上尼罗河、赤道、加扎勒河3个地区政府，由中央政府直辖。从而，南方自治区不复存在，亚的斯亚贝巴协议被彻底撕毁。
    此前，为确保对南方的控制，尼迈里于1982年底发布南北驻军换防命令。1983年在执行“换防”中，对于抗拒调动的驻守在布尔和比布尔两城的南方部队，尼迈里于5月16日派兵突然袭击。遭袭击的南方部队撤往埃塞俄比亚边境。被收编的20%军队和100%武警部队很快啸聚一处。遭打击、受迫害的南方军界、政界多数人物成了新的反政府力量的组织者和领导者。尼迈里本欲将南方压服，结果是压而不服，物极必反，熄灭11年的南方战火又死灰复燃。