会后，全欧近千万名犹太人的命运更加险恶，一种比“特别行动队”更隐敝、更高效的屠杀手段--“死亡营”（或称“灭绝营）和集中营、劳动营在欧洲各地星罗棋布地建立起来。
    死亡营大多是由原来的集中营增设成套毒气室设施改造而成。集中营关押的囚犯主要是反法西斯人士和其他进步人士，有时也关押一般刑事犯。惩罚犯人的手段主要是苦役、饥饿、寒冷、刑罚，虽有不少人因不堪重负而亡，但集中营建立的主旨还不是完全从肉体上消灭他们。死亡营则不然，它关押的主体是被纳粹视为“劣等种族”的犹太人、茨冈人以及苏军战俘和波兰政治犯。大规模的灭绝营全部设在被占领的波兰境内，包括奥斯维辛、马伊达奈克、特列勃林卡、贝乌热茨、希比堡、海乌姆诺，其中每个灭绝营的杀人规模至少在20万左右，创下屠杀最高纪录的奥斯维辛（包括其附属的集中营）灭绝营，曾在二战结束后被认定杀害了550万人，即使在冷战结束后的90年代初期，该营被确认的死亡人数也高达150万人左右。规模小一些的灭绝营还包括设在波兰境内的格罗斯罗森、斯图特霍夫、亚诺夫，设在德国境内的布痕瓦尔特、拉芬斯布吕克、达豪、萨克森豪森、贝尔根--贝尔森、诺恩加梅，设在奥地利境内的第特豪森、爱本塞，设在前南斯拉夫境内的亚塞诺瓦茨和普里什蒂那集中营--灭绝营，每个营的杀人规模均以万计。灭绝营大规模杀害犹太人的活动以奥斯维辛--比克璃最为典型。它最主要的杀人手段是瓦斯室。由于1939年9月以来，欧洲各国的犹太人无不受到排犹浪潮的疯狂迫害，或被大批集中到最低生活水平的犹太隔离区，或流离颠波，四处躲葳。所以一听到纳粹当局要把他们送到东方重新安置的命令，绝大多数人都误认为纳粹改变了排犹政策，纷纷带上全部财产，登上了开往各个灭绝营的列车。纳粹当局为了尽快落实“最后解决”计划，下令对运载犹太人去灭绝营的列车优先放行，甚至军列也要为他们让路。一到奥斯维辛火车站，灭绝营的医生就开始对犹太人进行挑选，年富力强的青年男女被送到营区强制劳动；其余的人，包括老人、小孩、病人、残疾人、孕妇和带小孩的妇女，这些人大致占被遣送到灭绝营的犹太人总数的70-90%，则被骗去“淋浴和消毒”。当男女老少们赤身裸体走进浴室后，从顶棚下落下的不是水，而是毒性极强的氢化物--齐克隆B，多则25分钟，少则10分钟，一间“浴室”内的2000多人便全部变成尸体。接着有由囚犯组成的特别工作队，对尸体进行剪头发、拨金牙，随后送到毗邻的焚尸场火化。这种工业化的杀人方法，使得千千万万的犹太人在到达奥斯维辛4、5个小时后就化作缕缕灰烟。而那些被送去劳动的犹太男女青年，也并非逃脱了死亡的厄运。他们仅仅是过了第一道鬼门关。灭绝营当局规定，犹太人没有权利在营里活过3个月。因此，他们在超负荷的苦役、营养不良、严寒、毒打、虐待，侮辱下大批倒毙，每天全营至少有数十人含冤离开人世。
    纳粹医生们经常到囚犯中再挑选，凡被认为基本丧失劳动能力者，即被送到医院的特殊病室，注射苯酚杀死。一旦流行瘟疫，看守灭绝营的党卫军便把整个工棚甚至整个区段的犹太男女囚犯统统赶到瓦斯室处死。如果犹太囚犯有稍稍越轨的行动，即会被抓进灭绝部的“政治部”严刑拷打，甚至枪决；企图逃跑又被抓回的人，无一例外地要遭受鞭打后绞死；致于泄露灭绝营杀人内幕者，则要受到活活烧死的处罚。此外，一些格外凶恶的党卫军官兵还经常随意杀害犹太囚犯取乐，党卫军上尉帕利奇一个人就杀死了2万名囚犯。
    此外，犹太囚犯在灭绝营中还会遇到一种劫难--党卫军或国防军的医护人员经常利用营中的犹太男女进行人体试验，因为他们的生命被认为象试验用动物那般低贱。在奥斯维辛、拉芬斯布吕克、贝尔根-贝尔森、布痕瓦尔德特进行新型药物或X光照射绝育实验；在达豪进行高压舱或盐水生存试验（只给受试验者服用盐水，不给任何食物）；在诺恩加梅进行肺结核传染试验；在布痕瓦尔德特进行毒气弹试验；在拉芬斯布吕克进行肢体移植试验……许多刚刚大学毕业的党卫军实习医生则利用犹太囚徒试做截肢、胃切除、子宫摘除等高难度手术。由于纳粹医生事先不做动物试验即直接实施于人体，又不做认真的消毒，甚至不用麻醉剂，犹太囚犯在试验和手术中饱尝极度痛苦，死亡率低则10%，高则50%以上。二战后，百余名灭绝营中的医生、护士以违反人道罪被许多国家的法庭起诉。
    由于灭绝营以无所不用其极的残酷手段对付犹太人，营中的生存率极低。从奥斯维辛余生者不到10%，在拉芬斯布吕克等营也只是1/3不到。
    粗略地估算，大概有400余万犹太人和50万名茨冈人在灭绝营、集中营、劳动营中死于非命。