这一阶段英法两国宗教斗争的不同特点是由新教的传播引起的。当路德教派最初同罗马教皇斗争时，亨利八世的英格兰和法兰西斯一世的法国都谴责并镇压路德教，所以，路德教没能在英法传播开来。但当加尔文教兴起时，英法两国特殊的政治形势却使它得以传播。自亨利八世与罗马教廷决裂后，由于英国国教在罗马天主教同新教教义和礼仪之间摇摆不定并采取某种折衷主义的态度，从而为加尔文教的渗透和传播创造了条件。到伊丽莎白一世时，新教徒在英格兰成了国教的一翼，并使“清教徒”（Puritans）的名称得以流传。加尔文教起初在法国城镇居民中秘密传播，尽管法国的几代国王都曾企图予以镇压，但频繁的对外战争又使他们难以如愿，加上统治阶级一些上层人物的积极支持，终使加尔文教发展成为“胡格诺派”（Huguenots）。
    但是，英法两国新教徒的遭遇是颇有差异的。英国国教建立后，内部仍有分歧：一派主张更多地保留天主教传统，维持教会享有较高的权威，该派被称作“高教派”（High Church）；另一派则倾向于清教， 要求彻底清除天主教色彩，特别是废除主教制，反对教会享有过高的权威，该派被称作“低教派”（Low Church）。尽管存在教派分歧，但在相当程度上不仅受到容忍，而且直到都铎王朝结束前还被视为合法。1604年汉普敦御前会议的破裂，以及詹姆士一世“没有主教便没有国王”的武断行为，使教派斗争开始激化。随着斯图亚特王朝对信奉清教的新兴资产阶级实行越来越严厉的高压政策，终于使教派斗争越来越带有政治性质。这预示着未来的英国资产阶级革命将披上宗教外衣。
    法国胡格诺派于1559年在巴黎秘密召开了全国教士大会。因法王摄政卡特琳希望天主教和新教取得妥协，共同建立一个统一的全国性教会，故于1561年召开了有双方代表参加的“普瓦西会谈”（Colloque de Poissy）。但会谈破裂，复因政治的卷入，导致持续达三十余年的胡格诺战争（1562-1598年）。战争结束的当年，改宗天主教的国王亨利四世颁布南特敕令，允许胡格诺派信仰和礼拜自由，允许他们保留两百个城镇的势力范围。但此令常遭违背，路易十三时（1610-1643）曾屡加镇压。路易十四时（1643-1715），出于划一宗教以利专制统治的考虑，干脆予以彻底剿灭，并于1685年颁布废除南特敕令，规定：所有新教教会须予取缔；不愿改宗的新教牧师须在两周内离开法境；新教徒子女应接受天主教洗礼。于是，数十万胡格诺教徒背井离乡，连同他们的财产和技艺，一起流向英格兰、尼德兰、德意志、瑞士和北美。新教在法国国内基本上被消灭了，最低限度的宗教容忍也不复存在。路易十六虽于1787年宽容胡格诺派，但为时已晚。既然胡格诺派信徒甚少，也就排除了日后法国资产阶级革命打着新教旗帜的现实可能性。
    概言之，英法两国在此阶段的宗教斗争中，如果说王权反对罗马教权斗争的胜利和民族教会的建立，为维护民族国家的独立和主权作出了贡献，并为日后两国资产阶级革命直接进攻本国封建制度创造了前提的话，那么，两国对待新教的不同政策和斗争的不同结局，则给日后的资产阶级革命打下了不同的烙印。
    二、资产阶级革命的冲击与宗教容忍和信教自由的实现
    在天主教一统天下的时代是没有宗教容忍可言的。宗教法庭曾是镇压任何越轨行为的残酷工具。路德教和加尔文教也同样不能容忍异教，其原因首先出于宗教信条。它们都认为，只有自己的教会才是能够指导信徒灵魂得救的唯一真正的教会，对方的教会是魔鬼的教会，必将导致永堕地狱。1555年，奥格斯堡和约所承认的“教随国定”的原则并不意味着宗教容忍，实际上只是承认各邦邦主可以凭借世俗权威在本邦范围内强制推行某一宗教的权力，或者是天主教，或者是路德教，非该教信徒得迁移出境。与此同时，罗马教皇保罗三世召开的特伦特宗教会议（1545-1563年）宣布禁止对新教作任何妥协。另一个原因则出于政治上的考虑，中世纪流行的观念是“一个世界与一个宗教”，只有宗教的统一才能保证社会秩序的安宁。宗教容忍也是不利于“王座与祭坛的结合”的，教义歧异和教派丛生，势必造成占统治地位的国教的削弱。这正是路易十六废除南特敕令，同时镇压胡格诺派、詹森派和寂静派的政治出发点。
    宗教容忍是17、18世纪时双重原因的产物。首先是它吸取了新教出现以后持续一个多世纪频繁宗教战争教训的产物。历史证明，即使是使用战争手段也不能把对方消灭。继德意志宗教战争之后，法国胡格诺战争（1562-1598年）、西班牙试图入侵英国的无敌舰队（1588年）以及镇压尼德兰革命的战争（1569-1609年），都没有压倒对方。将欧洲大陆许多国家卷入漩涡的三十年战争于1648年以缔结威斯特伐利亚和约告终。和约重申奥格斯堡和约关于“教随国定”的原则，但废止了强迫移民的政策，允许其他教徒保留1624年时的信仰；承认加尔文教徒有同天主教徒、路德教徒一样的合法地位；允许邦国君主在其管辖范围内实行宗教容忍。该和约尽管只是局部容忍，但标志着宗教和平时代的开始。自此以后，国际间的宗教战争结束了。其次，是资产阶级革命和启蒙运动冲击的产物。经过前一阶段斗争之后，各国基督教既然已经基本上摆脱了罗马教廷的羁绊，成为各国君主专制的精神工具和不可分割的组成部分，那么资产阶级革命冲击的矛头也必然同时指向占统治地位的教会。革命的资产阶级必须借助不同于国教而又可以用来对国教进行攻击的意识形态，不管它是清教或是自然神论。非正统的宗教派别乃至自然神论，要想争得生存和发展并掌握群众，首先就要争得最起码的宗教容忍和信仰自由，而宗教容忍和信仰自由又意味着对专制君主的精神权威构成威胁。因此，在资产阶级革命冲击的前前后后，总是伴随着关于宗教容忍问题的激烈斗争。
    威斯特伐利亚和约把有限的宗教容忍权力交付各邦国的君主。除了信奉新教的荷兰外，18世纪欧洲大陆上若干开明专制君主，如普鲁士腓特烈大帝（1740-1786）、奥地利的约瑟夫二世（1780-1790）等也曾实行过某种程度的宗教容忍，但较广泛的宗教容忍和信仰自由则是在英、美、法资产阶级革命后实现的。
    关于英法资产阶级革命的爆发原因、革命过程和历史意义，本文毋需赘述，这里只强调有关宗教方面的问题。两国的国教都成为革命冲击的主要对象之一，两国信奉国教的上层人士基本上都站在反革命一边；两国革命都曾没收过国教教会的财产，并一度剥夺了其国教地位；两国国教虽然最后又都大体上恢复了主导宗教的地位，但都实现了相当程度的宗教容忍，从而使它们丧失了封建君权精神卫士的特性。
    在英国，早在内战爆发之前，即1640-1641年间，“长期议会”就已把矛头指向国教会，撤销高等宗教法庭，弹劾和逮捕坎特伯雷大主教劳德，提出废除主教职位的请愿书（“根枝法”），在“大抗议书”中对国教会提出指控等。1642年初国王出逃后，立即把主教们逐出议会。1643年9月同苏格兰缔结的“庄严盟约”，实际上废除了圣公会的国教地位，承认了长老派教会的特殊地位。内战爆发后不久，即开始没收教会地产。1646年颁布出售主教土地的法案，1649年颁布出售其他神职人员土地的法案。在推翻圣公会后，新教各派蓬勃发展，它们不满长老派以新国教自居的专横态度，强烈要求实行宗教容忍。这一主张清楚地反映在平等派的纲领中。在独立派掌权期间，除对圣公会外，宗教容忍大致上已在实行。1660年布雷达宣言声明实行信教自由，但复辟王朝时期不仅镇压第五王国派和贵格派，而且在1661年萨沃伊宗教会议上与清教徒谈判失败后，通过了所谓“克拉林顿法典”（1661-1665年），恢复了圣公会的国教地位，并对非国教徒施加严格限制。1673年，“宣誓法”规定军政官员就职时必须按圣公会礼仪作忠诚宣誓；1678年，又将该法令的适用范围扩大到议会成员，这就把所有非国教徒排除于政权机构之外。1689年颁布的“容忍法”正式允许非国教的新教徒有宗教信仰和礼拜的自由，但在政治权利方面仍受到限制，处于与国教徒不平等的地位。由于法律的限制在实践中比较松弛，因此虽无宗教平等可言，但宗教容忍终于得到基本实现，而且此刻的圣公会也已非革命前国教的再现。恩格斯说：“英国的国家教会恢复了，但不是恢复到它以前的形式，即由国王充任教皇的天主教，而是强烈地加尔文教化了。”[5]
    在法国，革命开始后就对天主教会发动进攻。1789年的八月法令废除了教会什一税和教士的免税特权，同年年底通过了没收全部教产的法令。1790年又通过了“教士公职法”和“教士宣誓法”，大量削减教区数目，规定教士由教徒选举产生，当选教士应宣誓效忠宪法，神职人员薪金由国家支付，废除向罗马教皇交纳税金等。1789年《人权宣言》关于人们生而自由平等的天赋人权概念给宗教信仰自由定下了基调，1791年宪法正式宣布宗教信仰自由，实际上承认了新教徒和犹太教徒享有同等的政治权利，确定了教会财产归国家所有并永远由国家支配的原则。革命期间，由于激进派的非基督教运动，一度曾使天主教下层教士和普通信徒受到过分的压抑。1801年拿破仑与罗马教皇签订教务专约，并附组织条例，确定了国家对天主教的政策和同罗马的关系。此外，还分别调整了对新教徒和犹太教徒的关系。拿破仑的宗教政策肯定了信仰自由；保证被没收教产和被取消的什一税不得恢复；承认天主教为“法国大多数人的宗教”，但把它置于受国家供养、由国家管辖、听国家命令的从属地位；罗马教廷对法国教会的权力几乎被削除殆尽，仅保留了一些名义上的权威。这一政策实现了宗教信仰自由，基本上完成了对封建教会的初步改造工作。波旁王朝复辟时期虽然出现过一些反复，但都未曾产生重大影响。
    英法两国革命都打击了国教并对它加以改造，都曾把国王送上断头台从而破除了王权神授的观念。英国1701年的“王位继承法”表明王权不再是神授，而是由国会授予了。拿破仑于1804年加冕时，从教皇手中夺过皇冠自己戴到头上，更清楚地表明，他的权力是“上承天佑和共和国法律规定的”，而无须由教皇授予。马克思曾把两国革命概括为“反对君主制度，反对封建贵族和反对占统治的教会”，这是十分确切的[6]。