1907年10月16日菲律宾会议正式成立，标志着争取独立运动开始了一个新的阶段，即和平的、议会斗争的阶段。菲律宾的民族主义者指望菲律宾会议的活动进一步从美国那里获得自治和独立，但是美国不愿放松在菲律宾的殖民统治，反而想进一步加强对当地事务的监督。从1909年开始，菲律宾会议和殖民总督、菲律宾委员会之间的争执愈来愈激烈。争执的实质是菲律宾民族主义者不满美国的“政治教育”，要求扩大参政权，减少或撤销美国人的监督，实现国家独立。美国政府和美国殖民当局以“政治教育”为名，阻止、压制菲律宾人的独立要求，极力维护它在菲律宾的殖民统治。双方的矛盾日趋尖锐。直到1913年，由于国际局势的紧张和1914年爆发了第一次世界大战，美国为了更广泛地利用菲律宾的资源和巩固它在菲律宾的地位，不得不在扩大菲律宾有产阶级参政权方面作出较大的让步，以获得他们的支持和合作，制定了1916年的《琼斯法案》。
    《琼斯法案》给予菲律宾较大的自治权力。它规定政府各部部长（教育部长除外）均由菲律宾人担任，扩大了菲律宾大地主、大资产阶级参加殖民机构的名额。但是美国总统任命的菲律宾总督，仍然掌握菲律宾的最高权力，他有权否决议会通过的法律和自行颁布的行政命令。所以这个法案实际上采取了更加隐蔽的形式，维护了美国的殖民统治。
    《琼斯法案》在序言中规定：一旦菲律宾可以建立一个稳定政府时，即给予菲律宾独立。这点对菲律宾的民族主义者产生了莫大的影响，他们感到独立已不是那么遥远了，相信可以不经流血即可达到独立的目的。于是他们倾全力创造条件力求早日在菲律宾“建立一个稳定”的政府。因此，《琼斯法案》起到了窒息菲律宾民族主义者激进思想的作用，使他们彻底走上了和平的、议会斗争的道路。
    2.发展经济
    美国在占领菲律宾后，在贸易、农村等方面采取了具有强烈的殖民倾向的经济政策。美国在侵占菲律宾之初，不可能采取特别优惠美国在菲律宾贸易的措施，只是通过关税调整来谋利。1909年8月5日美国国会制定调整美菲贸易关税的法案，称为“佩恩-奥尔德奇法”。这一法案规定：美国商品输入菲律宾完全免税，数量亦不限制。菲律宾商品输入美国则区别处理。大米入口同其他国家大米一样征税，没有任何优惠。糖烟在一定限额以内可以免税入口。菲律宾的制成品，所用外国原料的价值不超过该产品价值的20%，亦可免税输入美国。到了1913年10月，美国又颁布了“安德伍德·西蒙斯法”，取消了对菲律宾商品的上述限额。这就是所谓的美菲免税贸易。美国实行免税贸易的办法，当即引起菲律宾舆论的抗议。菲律宾会议指出，免税贸易会严重损害菲律宾经济发展，也不利于菲律宾争取独立的斗争。对菲律宾的反对，美国当局不予理睬，免税贸易关系一直持续到1934年。
    美菲免税贸易的结果，使美国在菲律宾进出口贸易中所占比重迅速增长。短短的几年，美国在菲律宾的对外贸易中的地位大变，到1917年已占居了垄断地位。这种免税贸易，使菲律宾的经济走向片面和畸形发展的道路，并对经济和社会政治的发展影响很大。一方面，它使美国商品畅通无阻地进入菲律宾市场，不仅削弱或排斥了美国在菲律宾的竞争者，而且打击和阻碍了菲律宾民族工业的发展，使菲律宾的传统工业，如制烟和纺织业日益凋敝；另一方面，它使菲律宾经济完全依赖于美国市场。就以糖烟的出口而言，1901年，菲律宾输往美国的蔗糖占出口总额的14.4%，到1910年，上升到86%，而1911年，已高达91.2%。1901年，输往美国的烟，仅占这个项目出口总值的0.2%，到1910年，跃升到35.8%，而1912年达到37.2%。美国的这种免税贸易，无疑是驾驭菲律宾的羁勒，使菲律宾的资产阶级同美国的免税市场有着密不可分的联系，使它在经济上依附美国垄断组织。
    美国在菲律宾农村的政策，目的是维护大地主土地占有制，保持农村的前资本主义剥削方式，从而得到地主的支持。美国在1902年颁布组织法，对购买和租赁国家的公地作了限制。这种限制目的是在一定程度上阻止建立在使用雇佣劳动力基础上的外国种植场的发展。1902年美国殖民当局制定土地“登记法”，这种“登记法”的实施，则强化了大地主对土地的占有。当时菲律宾土地所有权的情况是很混乱的，农民由于贫困和没有文化，他们向来不懂或不关心土地法令，颁发土地登记证的法庭掌握在“卡西克”（即地主）手中。他们通过法庭，不仅登记他们自己的土地，而且还把本不属他们所有、仅拥有收税权的那份土地也登记在自己名下，甚至通过土地测量和行贿，把那些同他们的土地毗连、原属农民的土地也划归己有。土地登记法，使地主掠取农民的土地合法化。大部分土地都落到地主手里。1903年通过了公有地法令，实行所谓“分配自耕农场”制度，允许每人免费获得24公顷公地。在实行中，只有那些富裕的申请者才能得到这份土地。寻求一块空地，并办好这块空地所有权的手续，费用高昂，手续繁杂。许多希望获得土地的人，在各种借口下遭到拒绝。从1904-1914年，在27,500名申请者中，仅有295人得到了“自耕地”。总之，美国殖民者在菲律宾农村的政策，只是巩固了菲律宾的“卡西克”制度。
    3.兴办教育
    兴办教育在美国的殖民政策中占有十分重要的地位。美菲战争时期，美军当局就把教育看成辅助军事镇压的手段。在美国看来，兴办教育有助于达到平息菲律宾人民的反抗及恢复平静的目的。因此，一些美国士兵把枪放在一边，成了美国在菲律宾最早的英文教师。美军在其占领地区开办学校，每校配备一名英语教师。美军在菲律宾开办了约1,000所学校，到1900年9月1日，学生总数约10万名。
    1901年1月21日，菲律宾委员会通过了建立公立教育制的第74号法令，设立公共教育局，由总学督和另外4名由菲律宾委员会任命的人组成。这一法令规定从美国聘请1,000名教师来菲律宾，所有公立学校均以英语为教学语言。1902年颁布第525号法令，最后确定了学校组织法。把菲律宾群岛划分为10个学区，1902年改划为36个区，后来又增加萨马一个区，共37个学区，各学区监督有权聘任在本区学校任教的菲藉教师。