从17世纪过渡18世纪，西方进入了一个崇拜理性、怀疑和反对一切传统、权威、教条和信仰的时代。德国著名哲学家莱布尼兹在一封致友人的信中表明了理性主义者的怀疑历史的态度。他说：“既然不真实的历史就像没有生命的身体，那么，如果没有事实根据，人们就不应当肯定任何事情”（注：《历史著作史》下卷，第三分册，第134页。）。 在这种怀疑精神的驱使下，首先受到攻击的是《圣经》和天主教对《圣经》的解释。法国学者佩尔·培尔就是批判《圣经》的先驱者，从本质上说，他继承了瓦拉和丕皮布洛奇、马比昂等神甫学者的文献考辨方法，但是他的目的却是摧毁圣经的神圣性。他是怀疑主义者的突出代表，“在他的笔下没有任何东西是神圣的。”（注：《历史著作史》下卷，第三分册，第82页。）
    古希腊罗马的典籍是仅次于《圣经》而受到广泛尊崇的经典。古典著作曾被视为具有高超天赋的人们的作品，与《圣经》一样具有神圣的启示作用。对希腊罗马历史作品的准确性和真实性提出疑问是大不敬的，即使不能算是渎神行为。尽管瓦拉早已对罗马古籍进行了前瞻性考据工作，但当时并未引起人们的注意，直到17世纪后半叶，以怀疑传统为特点的理性主义思潮兴起，罗马早期历史的真实性才受到质疑。
    第一个提出怀疑的人是荷兰学者柏利佐尼阿（1615-1715真名为沃尔布勒克）。但是对早期罗马史可信性的第一次毁灭性的打击则来自维斯克·得·浦伊利于1722年向铭文学院递交的一份研究报告。后来法国人波福在1738年出版的《论罗马最初五个世纪的历史并不可靠》一书中再次进行这类攻击。把罗马历史的整个王政时代统统贬为修辞学家虚构出来的神话和传说，成为当时的轰动事件。（注：《历史著作史》下卷，第三分册，第82-83页。）这些过激的观点使得人们在心理上对罗马早期历史产生了极大的疑惑。从此，罗马上古史被普遍认为是一个因文献不足而难以确考的“黑暗时代”。（注：例如恩格斯在《家庭、私有制和国家的起源》中写道：“全部传说的罗马上古史都被浓厚的黑暗所笼罩”。《马克思恩格斯选集》第4卷，第125页。人民出版社，1972年。）这是第一次较大的观念改变。
    二
    理性主义时期泛滥的疑古浪潮对历史研究产生了深远影响。就积极意义来说，它促进了科学的历史批判方法的产生，引导罗马上古史研究向科学化方向发展，因为科学的历史研究必然是建立在严格的史料考证基础上。从这一时期开始，历史研究的观念发生了根本改变，专业史家不再单纯考虑历史的美学价值或实用价值，而是以科学、求真的精神，从考证史料入手，以发掘历史真相为首要目的。但是，疑古思潮也有负面影响，因为否定古典文献的价值就等于否定流传千年的罗马传统所具有的历史真实性，如果不能利用文献材料，整个历史研究就根本无从着手，这对于罗马上古史研究来说是一次灾难性的打击。
    与这种极端否定历史的倾向相对立的另一种思潮是相信历史的内涵蕴藏在大量神话 、传说以及各种错讹之中 ，确信通过正确的研究方法， 人们可以发现和恢复历史的真实 。莱布尼兹就坚持认为：甚至在不可信的记载，如传说和神迹这类东西里面也会有星星点点史实。学者的职责就在于寻找这些点滴事实，“把麦子和秕糠分开”（注：《历史著作史》下卷，第三册，第134页。）。 但是这一敏锐而深刻的意见被当时狂热的怀疑主义浪潮所掩盖。
    意大利历史哲学家维柯对古代史料的合理看法在当时也未受重视。他第一个提出应当把古代语言、诗歌、神话传说、法律习俗等事物当作有用的史料，放在历史背景下加以考察。他的基本指导思想是，古代语言承载了大量的历史信息，每个时代的人们都通过自己时代的语言和思想来表达和传递时代生活的方方面面。神话传说就是一种古老的表达方式，它反映了古代社会的事实，只不过以一种扭曲的回忆形式反映的，但它是了解古代历史的唯一途径。他与否定罗马史的人的根本不同之处在于，他认为表面虚妄的罗马早期史的背后一定包含着某种真实的基础。他说：“从李维以来的一些学者们都把罗马起源当作神话故事，他们没有考虑到神话故事也一定有某种公众信仰的真实基础”。（注：[意]维柯著，朱光潜译：《新科学》，第9页，商务印书馆，1997年。）， 他宣称“英雄时代的寓言曾是英雄们和他们的英雄习俗的真实历史”（注：维柯：《新科学》，第429页。）， 从而赋予神话传说以史料学的意义。遗憾的是维柯未能在历史研究中深入实践他的思想，除了贡献出一篇堪称历史考证典范的关于荷马史诗的考证文章外，他对罗马古史的研究还嫌粗糙，因此收效不大。
    真正致力于古史考证，并收到巨大成效的当属19世纪德国著名历史学家尼布尔，其代表作为1811年出版的以他在柏林大学讲授罗马史课的讲稿为蓝本的《罗马史》。这是一部标志着近代古典学研究开端的巨著。尼布尔尤其关注罗马早期历史。他对于追寻历史真相抱有极大的热忱，以一位严谨的科学家那样的精神去钻研史料。他自己说：“我就像解剖家解剖身体那样解剖文字；我设法把杂乱无章的由骨化石构成的骨架从异物中分离出来。”（注：《历史著作史》下卷，第三册，第211 页。）他的“解剖刀”剥落、摒弃了无数旧传说和传统，但他的目的并不仅仅是为了摧毁罗马史的基础，而是把藏在许多古代罗马史诗、歌谣中的史实真相的核心取出来，并以此为基础重建罗马史。在这一点上，尼布尔的思想与维柯的十分相似。他提出，没有一条史料不在一定程度上载有历史的真实信息，史家的任务就是要把传说与真实剥离开来。这是一项非常艰巨的任务，尼布尔为此进行了大量的史料考据工作，并取得了卓越的成果。他从搜集到的各种材料中寻找可能反映了历史真实的线索，如歌颂英雄的残诗、宴饮诗歌或挽歌的残篇，私人宅第残存的档案、文稿等个别文献材料，从一个词句、隐语和一处缺漏中推敲隐含的意义，然后运用判断、推理、归纳等逻辑手段把零散残缺的史实复原成一幅完整的画面。针对罗马王政时期的实物和文献材料都出现空白的地方，尼布尔运用历史比较方法，大胆地利用荷马史诗的材料进行逻辑推理和假设。他认为希腊和罗马两个民族之间曾有过共同的发展阶段，罗马的王政时期相当于希腊的荷马时代，因而二者具有可比性。尼布尔所恢复的罗马古代史虽然还很粗糙，但毕竟给漆黑的罗马古代投射了第一缕曙光，较准确地勾画出了罗马早期历史发展的轮廓，并指明了进一步探索历史的正确道路。