至于马克思的科学研究方法则与上述资产阶级经济学家的研究方法截然相反。马克思强调科学抽象。马克思说：“分析经济形式，既不能用显微镜，也不能用化学试剂。二者都必须用抽象力来代替。”（注：参考《马克思恩格斯选集》第2卷，人民出版社1972年版，第206页。）科学的抽象与非科学的抽象泾渭分明，其区别在于：前者抓住了对象的本质内容，是客观事物本质的反映，而后者则抽去了本质的东西，对事物作出片面的扭曲的反映。科学抽象的运用对一切研究工作都是关键。
    马克思指出：“研究必须充分地占有材料，分析它的各种发展形式，探寻这些形式的内在联系。只有这项工作完成以后，现实的运动才能适当地叙述出来。”这就是说：研究必须从具体开始，掌握大量材料，运用抽象力，从复杂的现象中抽出最简单、最本质的东西，然后以它为起点分析它的一切特点，内在联系和矛盾运动规律，不断进行分析和综合，由简单上升到越来越复杂的具体。这就是科学研究的具体-抽象-具体的完整过程。马克思所指出“最一般的抽象总只是产生在最丰富的具体的发展的地方。”由抽象上升为具体的整体，“已不是一个浑沌的关于整体的表象，而是一个具有许多规定和关系的丰富的总体了。……具体之所以具体，因为它是许多规定的综合，因而是多样性的统一，……抽象的规定在思维行程中导致具体的再现”。（注：以上引文分见《马克思恩格斯选集》第2卷，第217、107、103页。）这是两种方法的根本区别，两种不同的方法导致不同的结果。
    马克思和恩格斯多次强调，社会发展的终极原因和根本动力，不应当到人们的意识形态和政治领域中去寻找，而应当到经济领域，到生产方式中去寻找。马克思和恩格斯早于1845-1846年他们合写的《德意志意识形态》中就阐述了社会存在决定社会意识、生产力决定生产关系和经济基础决定上层建筑的原理，第一次提出了社会经济形态依顺序地由低级过渡到较高级的社会形态嬗变学说。到了1858年8月至1859年1月马克思在《政治经济学批判》序言中对社会发展规律又作出了经典式的著名论述，恩格斯给予高度评价，认为这是马克思一生中两大发现中的第一个发现，指出：“正象达尔文发现有机界的发展规律一样，马克思发现了人类历史的发展规律。”（注：以上引文分见《马克思恩格斯选集》第3卷，第574页。）1881年，马克思在研究人类学和俄国农村公社的理论基础上提出新的论点：俄国的农村公社和资本主义生产是同时代的东西，俄国公社所处的历史环境和西方毫无共同之处，因此不必把多样化发展的世界历史简单地嵌入欧洲模式中去。《资本论》中有关资本主义原始积累的理论概括不能机械地应用到俄国。在一定条件下，俄国“它能够不通过资本主义生产的一切可怕波折而吸收它的一切肯定的成就”；“有可能不通过资本主义制度的卡夫丁峡谷”。（注：《马克思恩格斯全集》第19卷，人民出版社1963年版，第431、438页。）马克思从更广阔的视野出发，揭示出世界历史发展的统一性和多样性的辨证的统一关系，其统一性即人类社会发展的共同规律性，人类社会历史统一于生产力的发展和社会基本矛盾运动。其多样性主要表现为不同国家和地区由于历史环境不同而发展的各自特殊性。这就是统一性寓于多样性之中，多样性中存在着统一性。这样，马克思对人类社会形态由低级到高级过渡的历史规律作了更精辟、更全面的阐述，历史唯物论拓展到一个新的高度。
    《资本论》从资本主义社会中最基本、最常见的经济细胞--商品着手，详尽地分析了资本主义商品经济的诸多范畴，生产和生产关系，政治上层建筑，思想意识，甚至也涉及家庭关系，揭示了资本主义社会形态的活动规律和发展规律，《资本论》堪称运用“多样性统一”科学思维研究方法的典范。
    第二，《崛起》提出“马克思、恩格斯认为一般历史规律只是一种近似值，一种倾向，一种平均数”。
    19世纪90年代，德国广泛地流行庸俗政治经济学，大学发出一阵鼓噪声，抹杀资本主义商品经济和前资本主义的商品经济之间质的差别。这正反映德国资本主义先天不足，德国学者既为资本主义制度辩护，又为封建制度辩护，硬把价值规律、利润率贬为一种虚构。康·施米特也陷入这种偏向之中，恩格斯于1895年3月12 日在伦敦写给施米特一封信，这封信就是针对施米特在这些问题走上岔路作出的解释。恩格斯指出施米特“对价值规律的责难涉及从现实观点来看的一切概念。……一个事物的概念和它的现实，就象两条渐近线一样，一齐向前延伸，彼此不断接近，但是永远不会相交。两者的这种差别正好是这样一种差别，这种差别使得概念并不无条件地直接就是现实，而现实也不直接就是它自己的概念”。概念和现实“也只是渐近线似地接近”。恩格斯又指出一般利润率也是同样，“它在每一个瞬间都只是近似地存在着。如果利润率有一次在两个企业中分毫不差地实现了，如果两个企业在某一年内得出的利润率完全相同，那么这是纯粹的偶然性，在现实中，利润率是根据各行各业、各个年度的各种不同情况而变化的，一般利润率只是作为许多行业和许多年度的平均数而存在。但是，如果我们竟想要求利润率（比如说14.876934 ……）在每一行业和每一个年度直到一百位小数都完全是一样，不然就把它贬低为虚构，那我们对利润率和经济规律的本质就误解得太不象话了--它们没有任何其他的现实性，而只是一种近似值，一种倾向，一种平均数，但不是直接的现实。”（注：以上引文分见《马克思恩格斯选集》第4卷，第515、516页。）上述引证， 显然说明恩格斯丝毫没有如作者所指出的在谈论一般历史规律。只要有一点辩证法的思维方法，有一点马克思主义政治经济学常识的人，都不难理解上引恩格斯这段话的涵义。利润的性质，是雇佣劳动者创造的剩余价值的转化形式。利润是同投入生产的资本相比的表现为全部资本的产物的剩余价值。利润率是以百分数表示的生产的剩余价值量和全部资本的比例；由于资本主义生产存在着激烈的竞争，使企业内部和不同企业之间的利润率趋于平均化。平均利润率是马克思政治经济学的概念之一，也是《资本论》认识和剖析资本主义经济关系的运动规律的要点之一，向我们提供深入揭示资本主义经济关系的历史和现状的范例。