很显然，在伊藤的心目中，立法与行政、议会与内阁之间，行政、内阁的权力高于立法、议会。内阁对君主负责。
    1883年，伊藤博文回国后，由于他的奏请，在宫中设立了以他为中心的“制度取调局”，具体负责设计诸制度的改革。其中政府组织的改革就是其设计的重点之一。伊藤博文的目的就是要以近代的、立宪的内阁制代替传统的、集权的太政官制。经过多次的沟通，政府组织改革案得到了太政大臣三条实美的认同。三条实美向天皇呈递了有关实施内阁制的奏议。奏议力陈太政官的弊端，以及实施内阁制的紧迫性。指出实行内阁制后，在总理大臣主持下，可以“保持全局之平衡，得各部之统一”，“纲纪振张，各部宰臣均任其责，节用务实，以达立国之目的”（注：大久保利谦等编：《近代史史料》，吉川弘文馆1980年版。）。与此同时，三条实美要求天皇在实行内阁制之时，解除他的太政大臣之职，奏议得到了天皇的同意。1885年12月，三条实美发布了最后一道太政官令，正式宣布废除太政官制和实行内阁制。同时，还公布了《内阁职权》。
    宣布实行内阁制的当日，在宫内举行了总理大臣及内阁成员的亲任式，伊藤博文被任命为首任内阁总理大臣。
    根据《内阁职权》规定，内阁总理大臣“为各大臣之首”，其职责是“奏宣机务，承旨指示大政之方向，督统行政各部”；有权“考察行政各部之成绩，要求其说明以及检查之”，必要时可“令行政各部停止处分或命令，以俟亲裁”；“凡法律命令均由内阁总理大臣副署”。由此可见，内阁制赋予内阁总理大臣上对天皇负责、下统政府各省事务的大权，从而使最高的政策决定机关不致发生割据与分裂。
    内阁成立的次日，在总理大臣之下设置了法制局，作为官制设置与发布的中心。数日后总理大臣又向各省大臣通告了《政纲五章》，以此作为各省整顿的方针。《政纲五章》的主要精神，一是“明官守”，规定了各省的局、课组织、权限、定员、官吏等级；二是“选叙之事”，即通过考试确立官吏资格的制度；三是“省繁文”，强调事务的简捷、能力化；四是“节冗费”，强调人事、行政费用的合理与节约，建立会计制度；五是“严格纪律”，强调官吏的作风与纲纪。如此明确提出政府的政纲和对官吏的要求，自明治维新开始以来，尚属首见。
    内阁制确立的重要意义，在于它实质上标志着明治维新时期行政改革的深化和日本近代官僚制的起步；同时它为加速制宪和开设议会的进程，以及殖产兴业，经济发展，从行政组织上提供了保证。
    三、内阁制与太政官制的比较
    新内阁制与太政官制相比较，大致有如下的不同，即：
    第一，太政官制时，所有国务的决定审议是太政大臣、左右大臣和参议，各省（部）只是执行机关。虽然有时参议兼任省的长官（卿），但是长期以来由于分歧，两者的兼任和分离反反复复，总体上还是以参议不兼任省卿为主。与此相反，新内阁制中的内阁成员皆是各省（部）的长官，国务的议定与执行相一致。
    第二，太政官制中，虽然太政大臣居于官制的最高位，但是事实上掌握政治决定权的是诸参议，太政大臣难以实现一元化的领导，常常呈现政见的多元性。新内阁制则不同，为了内阁的统一，赋予总理大臣很大的权力。
    第三，太政官制中，各省（部）是太政官的下级机关，因此各省（部）长官虽有执行太政官决议的职责，但对天皇不负辅弼之责。而新内阁制中，内阁不是各省（部）的上级机关，而是全体大臣在总理大臣主持下的合议机关。因此各省（部）长官对天皇都负有辅弼之职。
    第四，太政官与军部没有任何联系。参谋本部是独立于太政官制之外的，统帅权归天皇。而根据《内阁职权》规定，内阁总理大臣与军部的关系，与太政官相比，有了微妙的变化。《内阁职权》第6条规定：“各省大臣须随时向内阁总理大臣报告其主管事务状况，但事关军机，应由参谋本部长直接上奏者，陆军大臣亦须将其事件报告内阁总理大臣。”（注：大久保利谦等编：《近代史史料》，吉川弘文馆1980年版。）也就是说，虽然参谋本部统帅权依然独立于行政官制之外，但为防止内阁完全处于局外，对军部情况毫无所知的情况发生，特规定了陆军大臣应将有关情况通报总理大臣。这样，为总理大臣在一定程度上影响军事留下了余地。
    新内阁制的成立，无疑具有划时代的意义。在帝国议会出现之前，率先确立拥有决定性处理一切国政的最高行政机关--内阁，显然是伊藤博文等人为首的君主立宪派为了防止议会建立后，出现背离君主立宪政体的情况的重要举措之一。这一点从君主立宪派主要成员之间的信函中可以看出。新内阁成立后，君主立宪派的西园寺公望曾从维也纳写信给伊藤博文，欣喜地写道：“吾邦政府终于迈出了具有实权和责任的第一步，实是吾邦千古未曾有过的大美事、大事业”，“于此，他日开设议院也当无忧了。”（注：《伊藤博文传》中卷，引自清明《新版日本官僚制的研究》，东京大学出版会1980年版。）伊藤博文也在担任总理大臣后，致函井上馨说，内阁的成立，“不仅充分巩固了庙堂的基础，而且能够决定直至（明治）二十三年的确定不移的政略”（注：《伊藤博文传》中卷，引自清明《新版日本官僚制的研究》，东京大学出版会1980年版。）。所谓“直至（明治）二十三年的确定不移的政略”，系指1890年正式公布宪法、开设国会以前的各项政略将不可动摇地按君主立宪派的意见行事。
    由于新内阁是在上述政治背景下诞生的，因此它不可能是一次改革封建性官僚制、推行资产阶级官僚制的政变。日本学者曾尖锐地指出：新内阁制“尽管形式上是具备了立宪制形态的近代变革，但本质上它们依然如故地保持着潜在藩阀统治结构的封建性特性。”（注：清明：《新版日本官僚制の研究》，东京大学出版会1980年版。）从日本内阁发展史可以看出，在相当长的时期内，萨摩、长州两势力一直控制着明治政府的实权，从第一届至第七届内阁的总理大臣的出身，均由这两派轮流担任就是明证。这种保持两大势力政治上均衡的内阁制，虽然由于总理大臣极大的权力，表面上能够保持内阁的“统一”，但是，给予某一派强大的权力，必然会引起其他派阀的抵制。因此，在表面一统的背后，却充满着派阀之间的权益之争。这就是日本多数内阁内产生不和，以及不断发生削弱总理权限事件的原因。