日本政府认为9月6日提案已在一些重要问题上作了相当大的让步，而赫尔却认为这个提案仍难以接受。因为日本仍避免回答罗斯福要求日军撤出法属印度支那的建议；三国同盟由日本独自解释，若美国卷入欧战，是否属于自卫，只能由日本裁判；美国在中国的经济活动，是否在公正的基础上进行，仍由日本决定；若恢复正常的贸易关系，就会剥夺美国的经济武器，而这又是美国遏制日本的重要手段。
    不难看出，美国并没有发现日本在三国同盟问题上作了某些妥协，而此时美国舆论又倾向于对日本采取强硬态度。
    首脑会晤的提议被拒绝，加深了日本政府对美国日益增长的怀疑。美国果真愿意和平，还是在玩弄手段争取时间？每天要消耗12000 吨石油而又无处补充，用不了多久，军队就会象一条被抛上沙滩的鲸鱼，动弹不得。为此，日本于9月6日召开御前会议，通过了《帝国国策实施纲要》，决定“为了确保生存和进行自卫，在不辞对美（英、荷）开战的决心下，大体上以10月下旬为期，完成战争准备”，“外交谈判到10月上旬若仍无希望实现我方要求，立即决定对美（英、荷）开战。 ”（注：日本外务省编：《日本外交年表及主要文书》下卷，原书房1978年版，第536-538、540、545-546、544、550-552、548-549、556页。）
    这是日本滑向太平洋战争的一个里程碑。在规定了谈判期限的情况下，企图利用开战的态势，辅以以屈求伸的策略，促使美国在中国问题和印度支那问题上对日本作出让步。
    因此，在美国拒绝9月6日提案后，野村又向赫尔提交了9月25 日方案。这是针对美国6月21日方案的一个修正案。 主要内容有：如美国介入欧战，对三国同盟的解释与义务，由日本独自决定；美国应作中日和谈的桥梁，不得妨碍日本解决中国事变的努力；应恢复正常的日美通商关系，废止冻结措施；为防止共产主义扰乱秩序，威胁日中安全，日本军队要驻扎在中国的一定区域；中国事变解决后，日本撤退前项以外的军队；重庆政府与“南京政府”联合；承认满洲国。（注：日本外务省编：《日本外交年表及主要文书》下卷，原书房1978年版，第536-538、540、545-546、544、550-552、548-549、556页。）
    这个提案把美日谈判的难点全部暴露出来了。在日本看来，三国同盟由日本独自解释就已经是将其空文化了，日本已为达成日美妥协付出了相当大的代价，因而必须坚持在驻军问题上的立场。而在美国眼里，三国同盟由日本独自解释，只不过是日本企图在以后的行动中更自由、更灵活，这仍是很危险的。关于驻军问题，日本认为：“美国所考虑的与其是驻兵的实质问题，勿宁说是想使日本暂时先撤兵，然后缔结新的协定来规定驻兵的形式问题。”（注：日本历史学研究会：《太平洋战争史》第3卷， 商务印书馆1963年版，第149页。）但事过境迁，美国此时的处境与想法已非如此了。美国开始注意中国对美日谈判的反应。美国于9月3日拒绝首脑会晤后，赫尔就训令其驻华大使高斯“通知中国外长美日谈判过去未曾实现，将来亦不考虑允许日本侵略中国的安排。”（注：赫尔：《赫尔回忆录》下卷，纽约1948年版，第1024-1025、1027-1028、1027、1032-1033、1055-1056、1056、1058、1072-1073页。）10月1日，赫尔亲自约见中国驻美大使胡适， 并说：“美日举行正式谈判的机会只有百分之一，美国若与日本正式谈判，一定先与中国商讨有关问题，美国决心继续援助中国直到获得满意的解决为止。”（注：赫尔：《赫尔回忆录》下卷，纽约1948年版，第1024-1025、1027-1028、1027、1032-1033、1055-1056、1056、1058、1072-1073页。）不管赫尔是否说出了美国的真意，但他对9月25 日日本方案十分不满是不容质疑的。
    10月2日，赫尔向野村提出了一份照会。照会对9月25日日本提案避而不谈，只以对9月6日提案答复的形式要求日本确认“赫尔四原则。”并进而提出三个问题：一。美国政府对“日中和平条约中规定的在不确定的时间在中国特定的区域驻扎军队……持有异议；”二。“关于日军从中国及法属印度支那撤军，如果日本明确地声明其态度，对于日本国的和平意图及确立太平洋区域将来的安定与进步的基础都是极其有效的；”三。“对于欧洲战争，日本政府若重新加以研究是十分有益的。 ”
    同时赫尔又进一步阐明其立场：“美国政府认为，为了维持整个太平洋地区的和平，不能仅仅依靠一时的谅解，希望缔结一项明确的协定。”（注：野村：《出使美国》，附录，东京岩波书房昭和21年版，第110、163、129-130页。）
    野村鉴于美国如此强硬的态度，连续于10月3、4日两天向日本政府报告他对形势的分析：“美日谈判终于令人感到触上了暗礁。值得注意的是，美国正朝着既定的方向前进。如果美国不诉诸武力而继续实行目前的经济政策，美国就会达到对日战争的目的。”“日本驻兵中国为最重要的问题，日本既不能全面撤军，应当寻求其他的妥协处。”（注：野村：《出使美国》，附录， 东京岩波书房昭和21年版，第110、163、129-130页。）
    为了争取继续谈判，近卫劝说陆相“乘现在的形势，暂时作些让步，采取形式上的撤兵，来避免日美战争的危机，结束（中国）事变，从国力上来讲也是必要的。”而东条却认为：“在这个时候让步的话，他们会对我们越来越施加高压而无止境。撤兵从维护军队的士气来讲，怎么也不能同意。”（注：《朝日新闻》东京审判记者团：《东京审判》，河北人民出版社1988年版，第231页。）
    由于近卫与东条的意见大相径庭，不可调和，终于导致近卫内阁于10月16日倒台。18日成立了以东条为首的清一色的战争内阁。美日谈判的第二阶段由此而寿终正寝，进入摊牌的最后阶段。