1940年8月6日，瓦维洛夫在外出考察的途中，被作为“反苏破坏活动的积极参加者和外国情报机构的间谍”逮捕。批准逮捕瓦维洛夫的文件是人民委员会主席莫洛托夫和内务部长贝利亚签发的。他们两人都清楚，所有的指控全是置瓦维洛夫于死地的多余的装饰性东西，关键是瓦维洛夫执拗地不承认李森科的“发现”；瓦维洛夫作为一名严肃的、真正的科学家，不肯俯首听命，不能容忍苏联的农业科学界让一名拉斯普廷式的人物来发号施令。瓦维洛夫的正直和倔强，触怒了斯大林，给斯大林的巴不得一夜之间获得成千上万吨粮食的幻想泼了冷水，这才是全部问题的实质。
    1941年7月9日，苏联最高法院军事法庭装模作样地审判瓦维洛夫，宣读早已准备好的判决书，宣布：瓦维洛夫早在1925年就是反苏组织“劳动农民党”的领导人之一，1930年起是农业人民委员部系统和苏联科研机构系统中右倾反苏组织的积极成员。瓦维洛夫为了破坏和消灭集体农庄制度，使苏联的社会主义农业陷于混乱和崩溃，为了追求反苏的目的，竟和逃亡国外的白俄小组保持联系，把苏联的国家机密情报转交给国外的间谍组织。瓦维洛夫被判处死刑，没收个人财产。
    接着，全苏的所有遗传学研究机构、作物栽培研究机构，统统被解散，全国的遗传学研究瘫痪了。相关的各研究机构的研究人员成批成批地被放逐，相关的著作被查封、禁止出版。
    此时，卫国战争已经爆发，幸存的科学家们不顾个人的一切，为挽救瓦维洛夫的生命而奔走；包括直接给斯大林写信，建议在监狱里让瓦维洛夫继续他的研究工作，这对苏联有用处。苏联科学院院士、卓有声望的农业化学家、社会主义劳动英雄称号和斯大林奖金获得者普里亚尼什尼科夫曾为此直接找过贝利亚。这一要求被贝利亚断然拒绝。事后，普里亚尼什尼科夫谈起为瓦维洛夫奔走而失败时说：“贝利亚和那些想靠剥夺农业、让农民贫穷来积累资金的人是一伙的。瓦维洛夫妨碍了他们，所以他不能存在。而要反对这伙人，我们又无能为力。”
    1942年6月13日，瓦维洛夫被改判20年监禁。1943年1月26日，瓦维洛夫因被折磨死于萨拉托夫一号监狱。斯大林时期的马克思主义不仅不能指导和促进苏联遗传学、植物学的研究和发展，反而极大地摧残了这些学科的发展。
    到勃列日涅夫时代，马克思主义只是被用作某种包装。勃列日涅夫出兵占领捷克斯洛伐克和介入阿富汗战争，举着“马克思主义国际主义”的旗帜，实际上是占领别国领土，武装干涉别国内政，干的是霸权主义、侵略扩张的行径。教条主义和实用主义地对待马克思主义，是斯大林模式的一大特征，在总结苏联剧变的经验教训时，不能不直面这一现实。
    20世纪是人类社会飞速发展、变化的世纪。世纪之末，俄罗斯发生了再一场剧变，苏联历史档案解密，为研究剧变的苏联历史，为总结20世纪的文明发展史，开创21世纪的新文明构筑了新环境。