治史的方法
    严耕望谦称“不太讲究方法论”，自认为《治史三书》“说不上史学方法论，充其量只能说是我个人的体验，个人方法”。然而，这本书毕竟是专讲史学方法的著作。他以为，讲史学方法可有两种形式：一类是史学概论类的高头讲章，这类史学方法，流于纸上谈兵，“只能取其大意，不能太过拘守”;另一类便是学有成就的史家结合自身经验，向后学传授的方法，往往亲切而实用。据说，萧启庆曾棒喝后辈：方法论只有成学的大家，才有资格谈论。作《治史三书》时，严耕望已卓然成家，当然有足够的资格来谈史学方法论。
    严耕望承认“方法论对于我的治史不无相当影响”，也“赞同运用各种社会科学方法与理论作为治史工作的辅助”;他甚至接受唯物论，认为“物质生活是人类历史演进的基本因素，政治与意识形态是上层建筑”。人类的历史包罗万象，史家面对的课题纷然杂陈，倘拥有越多的方法与手段，处理起来就越得心应手，这是不言自明的。
    惟其如此，严耕望在方法论上持开放态度：史学方法“应该是多样化的，也该是无止境的进步，愈后愈臻精密”。然而，史家应对的课题各不相同，处理的方法也不可能千篇一律，即便同一课题，不同史家的应对方法也未必千人一面。史家也如兵家，兵家有“兵无常势”之说，史家也有“史无定法”之论。正鉴于方法只是达到目标的手段，他认为：各种社会科学对治史都会有帮助，但也各有局限性，倘若执一驭万，无异刻舟求剑。以量化史学为例，严耕望说自己最喜用统计法，但接着反问：“历史材料不是都能量化的，难道不能量化，我们就不做?”
    在治史的根本方法上，严耕望强调：“固守一定原则，不依傍，不斥拒，能容众说(包括各种理论与个别意见)，随宜适应。”这与清代戴震的“空所依傍”和西方韦伯的“价值中立”大抵殊途同归。惟其如此，他坚决反对历史研究为任何预设的理论观点所奴役，无论大陆史学有过的“学术为政治服务”，还是当时海峡两岸滥用西方史学那种模式先行的做法。
    在治史方法的观摩体悟上，严耕望主张：“要多多的仔细阅读有高度成就的学者的好著作，体会作者探讨问题的线索。”在中国通史的入门导读上，他就建议以钱穆《国史大纲》为主，以吕思勉几部断代史为辅，前者是近乎“圆而神”之作，后者是近乎“方以智”之作，“在如此一经一纬的准备下”，跨入史学之门，开启史海之航，将会四处通达，无往不可。
    专精与博通
    自章学诚创论“浙东贵专家，浙西尚博雅，各因其习而习也”，文史学界对专博的议论层出不穷。严耕望则以专精与博通的对应概念展开这一议题。他首先区分了“专”与“精”、“博”与“通”之间的具体差别：“专不一定能精，能精则一定有相当的专;博不一定能通，能通就一定有相当的博。”然后申述己见：“治史既要专精，也要博通。只能博通，固必流于肤浅;过于专注精深，实亦难以精深，且易出大毛病，而不自知。”近代学术分科细密化已成大势，最易导致治学偏走专精一路，史学也不例外。但专精仍应以博通为前提，史学尤其如此，因为“历史牵涉人类生活的各方面，非有相当博通，就不可能专而能精”。
    博通涉及两个层面。一是史学本身的博通，如果研究断代史，必须对研究断代的前后时代有深入的把握;倘若研究专题史，必须对其他专题史也应有充分的了解。二是史学以外的博通，史家应该旁通各种社会科学。严耕望指出：“历史学者要想精通各种社会科学自然是不可能的事，不过我们总要打开大门，尽可能地吸收一点!尽可能予以运用!”这与当下倡导的跨学科视野与多学科方法若合符契。博通之重要，从消极层面说，“可使你做专精工作时不出大错，不闹笑话”;从积极层面说，“可以帮助我们为史事作解释”。
    从博通出发，严耕望认为断代研究便不能画地为牢，不应将研究时段限制得过于短促。在这点上，他的主张与现代西方“年鉴学派”的时段论所见略同。他告诫学子：“断代研究也只是求其方便，注意的时限愈长，愈能得到史事的来龙去脉。我们不得已研究一个时代，或说研究一个朝代，要对于上一个朝代有极深刻的认识，对于下一个朝代也要有相当的认识。所以研究一个时代或朝代，最少要懂三个时代或朝代，研究两个相连贯的朝代，就要懂得四个朝代，如此类推。”他尽管没有写过宋史论著，为对研究唐代有所助益，却把《宋史》从头到尾认真读了一遍。
    从博通出发，严耕望提醒后学，应该“集中心力与时间作‘面，的研究，不要作孤立‘点，的研究”。在他看来，所谓“面”的研究，就是“目标要大些，范围要广些，也就是大题目，里面包括许多小的问题”。这种研究的好处，一是“似慢实快，能产生大而且精的成绩”，即今所谓可持续发展;二是“容易发现材料彼此冲突，就可以即时纠正错误;材料彼此勾联，就可以相互补充”;三是“在一个大范围内同时注意相关联的问题群，则看书时到处发现材料，兴趣自然浓厚，乐此不疲”。而孤立“点”的研究，其弊显而易见，一来“仄则仄矣，不一定能精，而出了错误自己还不知道”;二来“东一点西一点的研究，势必心力时间都费得很多”，事倍功半，欲速不达。
    如何才能夯实博通的基础，严耕望劝勉史学入门者，应“对中国几部大的旧书能彻底的看，基础一稳固，将来往任何方向发展，皆能得心应手，毫无窒碍”。严耕望所谓“几部大的旧书”，《治史三书》未见明示，他另有《中国中古史入门书目》(收入《严耕望史学论文集》)，曾列出10种书目;当然，由于治史断代与方向不同，后学不妨作适当的选择与调整。他所谓“彻底的看”，就是从头至尾地细读精读，倘有注疏考证都不轻易放过。这一做法，也是诸多前辈史家与当下学者指导研究生最行之有效的方法。
    青年学子入门之初，应该彻底看几部大史书，尽可能打下博通的根底;起步之后最可行的进境，则是在自己熟悉的少数大范围内，“由小到大，由专而通”，从专精逐步走向博通。他研究唐代交通即遵循这一轨辙，从每一道着手，从点及面，由小到大，最后汇为全国性的交通图考。
    对应专精与博通之论，严耕望阐述了考据之作与通识之作的关系，对章学诚的独断之学与考索之功高下论，作出了透辟的回应：
    考据之作，重在实证，必须一字一句明其来历，如无明显具体证据，必当详为辩解，为之证明，但不当议于通识著作。通识之作，尤其通史，重在综合，重视章节布局，提出整体意见。就一个时代言，须综观全局，作扼要说明。就前后时代言，须原始要终，通变今古。不在一事一物之点滴考证。核实论之，一部通识性大著作，固然也要以考证功夫为基础，缺乏考证功夫与经验，即很难提出真正中肯之通识性论点。但不能要求其叙事论说之尽合乎考证标准。
    严耕望一生研究也始终在追求考索之功与独断之学的一身二任。他研究历史人文地理倚赖的便是这一路径，先是作专精的《唐代交通图考》，而后是唐代人文地理，最终是国史人文地理;《唐代交通图考》固然偏于考索，国史人文地理虽仅成十余篇论文，但已于传统沿革地理“推展到经济、社会、宗教、文化各方面，欲从人文地理角度窥探全史”，自有其独断与通识在。