在历次重大原则性斗争中，郭天民始终坚持真理，旗帜鲜明
     1955年4月，郭天民调到中央军委训练总监部担任副部长，协助代理部长叶剑英开展工作（训练总监部副部长还有张宗逊、萧克、李达、周士第、彭绍辉等5人，均为开国上将）。训练总监部下设计划监察部、陆军训练部、院校管理部、科学条令部、军外训练部和军事出版部等6个部门。郭天民兼任过陆军训练部部长、军事出版部部长、院校管理部部长。1955年，郭天民被授予上将军衔。
     1958年夏，全军掀起了反“教条主义”运动。在这次运动中，训练总监部部长兼党委书记萧克上将、副部长李达上将等被打成“资产阶级军事路线的代表人物”，有人编造了“以萧克为主帅、李达为副帅的反党宗派集团”，甚至连刘伯承元帅也被迫做了检讨。郭天民与萧克、李达他们在部队建设、战斗训练等问题上的看法、做法大体一致，组织上却让他来领导揭发批判萧克、李达。当时，郭天民被指定担任训练总监部临时党委书记。但是，萧克、李达的结论刚作完，郭天民马上又成了批斗对象，给他戴的“帽子”，与萧、李二人的一模一样。不仅如此，他竟然还成了“以萧克为主帅、李达为副帅的反党宗派集团”的“第二副帅”。
    面对突如其来的灾难，郭天民如同以往在历次重大原则性斗争中一样，坚持真理，旗帜鲜明。这里不妨举一例：
     20世纪30年代初，王明“左”倾错误统治中共中央，江西苏区开展反对“罗明路线”的斗争，有些单位把矛头指向毛泽东的一些正确主张。当时，郭天民任江西军区参谋长，他不怕残酷打击，站出来说：江西苏区的巩固和发展，红军在四次反“围剿”中的胜利，都证明毛泽东的意见是正确的，我们不应该反对正确的东西。这充分表现了一个共产党员的大无畏精神。为此，他被指责为江西军区“罗明路线”的执行者，被撤职“保送”到红军大学当学员，并被勒令写揭发材料、作检查。郭天民坚贞不屈，硬是不写一个字，却在日记里写下“坚持错误，拒绝检查”八个字。
     郭天民被扣上“资产阶级军事路线”和“教条主义者”的帽子后，三番五次作检查，挨批判。就是在这种情况下，他仍然勤奋工作。由于遭受到沉重打击，郭天民在战争年代本已经积劳成疾的身体更为衰弱了，一年之内连患皮肤癌和心肌梗死，从此多年不能正常上班。1969年10月，郭天民被以“战备疏散”的名义安置在广州。1970年5月26日，郭天民在广州逝世。
     进入改革开放新时期，戴在郭天民头上的“反党宗派集团”、“第二副帅”的帽子终于摘掉了。1980年秋，邓小平明确地说：“那次反教条主义是错误的。”1986年10月16日，在刘伯承元帅追悼会上，时任中共中央总书记的胡耀邦代表中共中央对反“教条主义”作了彻底否定，明确指出：“1958年反教条主义是错误的。”1987年1月27日，中央军委《关于新时期军队政治工作的决定》指出：“从50年代后期开始，我军政治工作逐渐受到‘左’的思想的影响，错误地开展反‘教条主义’斗争和批判‘资产阶级军事路线’，给我军建设和政治工作造成很大的损害。”