作为一个宏观研究中国思想文化的学者，王元化身上的朴学治学精神和方法为他治学提供了严谨的学风，但是这并不能代替他突破繁琐考证，从宏观上去思考中国文化、思维模式以及“五四”以来的思潮及学风。清季朴学家有其时代文化的局限，那就是注重语言文字的微观考证研究，忽视文献语言作为一种学术体系的整体性。这一点，到了章黄学派出现之后已经开始有所匡正。早期的朴学比较流于琐碎而繁琐，这也是受到后来学者讥讽的原因。他们蔑视宋代理学的理论探讨，拘泥于文献的考证和字义的训释，这就大大约束了学术的拓展，使得这一门学问仅仅给了人们更多的是方法论的意义，而缺少解决实际问题例如历史、哲学等领域的宏大视野。
    王元化既重视朴学治学的学风，严守规矩，但是他不仅限于此。他重视考证训诂的治学方法，又认清这种方法的流弊，这使得他在运用考据训诂时有两个与前人最大的不同：（一）凡考据均为解决自己研究的问题所立，不做空洞穿凿之论；（二）凡训诂必考语言之历时性和共时性，也就是顾及当时的语言环境，不以己意断之。如果古代文献歧义纷出，无法解决，宁可付之阙如，也不下断言。
    王元化的《文心雕龙创作论》（后增订改为《文心雕龙讲疏》）在训释词义方面严谨精密，每有新意，必用大量同时代文献史料佐证。他在做《文心雕龙》研究之初，其目的就是为《文心雕龙》做注释。而注释正是传统训诂学的一大重要内容。（19）故而王元化在著述中非常注重这方面的考证，很多阐述的新意往往就是从词义的训诂入手，当然也不是只找出出处辄止。他在日记中说：“近日曾与晓明谈，前人注疏（汉人尤甚），以找出出处辄止。范注《文心》，仍不离此习。但作者何以用前人此一说法，命意何在，是引申本义，还是借喻取譬，而于所用旧说中寄寓新意又如何？凡此种种，有千变万化之情况，皆须探索之，而不能引起旧贯。”（20）这就是王元化重视训诂考证与前人不同之处。他强调有待考证的词语“命意何在”，也就是从训诂考证的结果追溯其立意，探讨的是对于当代文化思想有关联的诸多问题。
    他关于“达巷党人”和“子见南子”的两篇考证文章中，就熟练地运用古代文献，进行非常详尽甚至有点繁琐的考证。但是，这两篇考证文章背后的深意常不为人所晓。王元化考释“子见南子”中的“矢”字，几乎将《皇清经解》中所有注家的注疏通读，并找来原文的上下文进行推敲，包括版本的异同、文字的错漏等。但是，这篇考证文字到最后却并没有得出确切的结论，而是重在揭橥世人在解释古代经典时惯有的毛病，那就是“增字解经”的方法。碰到一些难字无法理解古代文献的意义，便用自己的意思去理解古人，曲解古人之意，为达到自己的观点而服务，究其实还是王元化所批评的功利观点以及浮躁学风。值得注意的是，在此文中用了大量的资料，铺陈不同的观点和不同的解释，最后却并没有用自己的观点来下断语。因为这是一个充满歧义的词汇，宁可付之阙如，也不妄为改字解经。这也就是王元化称道陈寅恪的“案而不断，引而不发，倘不细心阅读，极易忽略其中深意”的意义。（21）他的这篇考证文字在这方面作出了表率，以此而实践真正朴学治学的方法。在世人浮躁的心理之下，他提倡的是真正的学术和真正的思想，两者不可偏废。王元化谈到陈寅恪在审读报告中论冯友兰哲学史之得失，其弊病跟时人常常尚未能细阅过道藏秘籍，就遽论儒道之关系有关。陈寅恪慨叹没有掌握充分史料，就宏篇大论，失之空泛，对此王元化深为赞许：“今冯氏对于尚待研究的宋代新儒学之产生尚不明了，骤以西洋与其乱下结论，不如付之阙如。”（22）这也是王元化晚年对于王国维、陈寅恪、杨树达等朴学大师治学方法特别赞许的原因之一。
    遗憾的是，增字解经和强古人之意，这种方法在学术界、思想界不在少数，流风所披，甚至及于海外。为此，王元化特撰《“达巷党人”与海外评注》一文。先是指出虽然美国汉学家牟复礼是在批评史华慈在汉字的文字训诂方面“常以己意为进退”，也就是常常在理解中国古代经典时为合己意，而不惜强古人之意为己之用，这就是增字解经的症结；但是，牟复礼本人也存在着这个问题。王元化再以对“达巷党人”的考证为例。虽然文字中说是因为海外汉学家对于中国古典文献中的文字训诂疏于了解而以己意进行判断，实际上也针对了国内的浮夸学风，不重视训诂考证而以论带史的治学方法。传统训诂考据因其根据实证资料来下判语，每得一字一义，必须要有文献材料佐证，故花功夫极多，而所获甚少。当今有些人图省力，用西方的诠释学来套用传统考据。有人以诠释学为名而为诠释的五个层次，最后两个层次，一为“应谓”（即原作者必须说出而未说者），一为“必谓”（即原作者必须说出而未说者）。所谓创造性的诠释学任务，即在于替原作者说出“应谓”和“必谓”两层次内容。这就与传统的训诂的内容相去甚远了。王元化认为，“此项工作不是不可以做，但极易引出逞臆妄说之风。如作为诠释者个人意见或诠释者的批判则可，而硬归派为原作者本身思想则勉强，倘进一步断定如此方得原作者之真谛，则更不可以为训。”（23）这也就是朴学传统中厘清古人之真义，而不作穿凿附会之解的根本方法。如果诠释者站在作者立场，试图为作者说出他想要说的，那就不是诠释，而是一种代圣人立言，转向宋学之流弊中去了。
    以此为基准，王元化在中西文化比较研究中，特别反对用比附的方法来罗列中西文化。他认为，中西文化的比较研究应该是对于两种文化进行深度的、从文化思想的方法上比较，经过反复研究，从容涵玩之后的一种严肃的研究，“比附”则只是把含有相同性的表面现象进行罗列而已。他对于胡适在《中国哲学史大纲》一书中将西方的“生物进化论”比附到中国古代，认为“墨子以后便有许多人研究生物进化”一说表示不妥，认为是纯粹用比附的方法来研究中国文化。胡适引《庄子》：“物之生也，若骤若驰，无动而不变，无时而不移。何为乎？何不为乎？夫固将自化。”胡适在此加以引申说：“自化两字，是《庄子》生物进化论的大旨。”又引《寓言》：“万物皆种也，以不同形相禅，始卒若环，莫得其伦，是谓天均。”胡再引申称：“‘万物皆种也，以不同形相禅’，这十一字竟是一篇‘物种由来’。”（24）对于这一说，胡适后来也做了自我批评，认为是一个年轻人的谬妄议论。王元化认为，这就是以中学比附西学，乃治学者之大忌。
    同样的，王元化自己也避免用比附来治学。记得美国哈佛大学文化人类学系主任张光直教授1984年在中国出版了第一本自选中文学术论文集《中国青铜时代》，以相当篇幅的考古资料来论证中国古代社会的结构。当时，我被其中论述的很多新颖观点和引用的材料所吸引；尤其他提出的关于中国古代的萨满意识的问题，我觉得是关于人神关系讲得最全面和最深刻的论述。一次，我到王元化家中上课讨论的时候，专门介绍了这一观点。王元化很有兴趣，马上提到：“‘文革’时期的全体人民陷入一种狂热之中，集体无意识的盲目崇拜，是否跟这种萨满有着一定的关系？”他让我继续搜集资料，因为这对于研究当代中国人的思想和宗教意识有着重大意义。后来，我没有如愿将这些资料搜集齐全，因为这是一个重大的文化思维方式问题；而他虽然在《为五四一辩》文中提到，但是后来不再使用这些材料，因为他感觉到资料不充分。对于这个问题，他始终没有动笔撰写，只是在四川三星堆出土了“神树”后，从考古上分析是鱼和枭两个部落的图腾之后做了一个点评，认为神树的早期信仰和萨满是有密切关系的，未提萨满与中国现当代文化思想的关系。可见其治学之严谨。