在《史部总叙》中，《总目》提出一条至关紧要的原则：“史之为道……考证则欲其详。”所谓“考证则欲其详”，首先指对史料慎重加以考辨。“虽有疑狱，合众证而质之，必得其情。虽有虚词，参众说而核之，亦必得其情”（11）。宋人王益之所作《西汉年搜纪》不仅广征博引，而且“于一切年月舛误、纪载异同、名地错出之处，无不参稽互核，折衷一是”。《总目·西汉年纪》遂称赞道，“其考证亦可谓精审矣”。宋人吴缜悉心考证欧阳修《新五代史》中的考证疏舛之处，撰成《五代史记纂误》，《总目·五代史记纂误》对此书予以好评；“缜一一扶其阙误，无不疏通剖析，切中症结。故宋代颇推重之”。对那种随手拈来，漫无考证的著史作风，《总目》总是展开尖锐批评。元人陈柽作《通鉴续编》，《总目·通鉴续编》评曰：“（是书）取宋太祖烛影斧声之讹，载文天祥黄冠故乡之语。皆漫无考证，轻信传述”。清人焦袁熹撰《此木轩纪年略》，“好以明人所刻《竹书纪年》为据，不知其伪”，所采用的其它材料又随手拈来，不加考订辨正。如“《孟子》所载之曹交，本不云‘曹君之弟’。称‘曹君之弟’者，乃汉赵岐注。朱子偶然因之，失于详核”。但焦氏“不考旧文”，陈陈相因，以讹传讹，“误执之以疑《史记》、并疑《春秋》”，其立论自然偏差，诚如《总目》所叹曰“所见更左矣”。
    然而，“考证则欲其详”绝不等于繁琐考证，细碎支离。在《经部总叙》中，《总目》便明确表示反对清代经学家“一字音训动辨数百言”的繁琐饾饤学风。对于史学研究，《总目》亦持同样态度。宋人倪思作《班马异同》，比较《汉书》、《史记》之同异。《总目》一方面肯定倪恩的比较研究对史学“大为有益”，另一方面又指出，《班马异同》一书的考证，颇有流于琐碎之处：“至于秦军作秦卒，人言作人谓，三两人作两三人之类，尤无关文义，皆非有意窜改。思一一赘列，似未免稍伤繁琐”。清人杨陆荣撰《五代史志疑》，对《新五代史》“争文句之繁简，论进退之当否，毛举细故”，论辩不休，《总目》批评如此风格的“考证”，指斥它失去了史学的真实宗旨。由此可见，《总目》所倡导的“考证则欲其详”，不是要求史家注目于无关紧要的历史事件的细节，而是对切关历史运行轨迹的史料加以可信性确认。这正是一种宏大的“以史存史”的史家眼光。
    3.体例谨严
    体例谨严是“以史存史”的第三方面内容。一部史著，纵然广征博引，考证精核，但若史料部勒失当，体例混乱，必然使历史思想和活动的记载淆乱不堪，进而歪曲人们对史事的理解和把握，直接影响“以史存史”的宏旨。
    《总目》十分注重史著体例：“史学要领，体例为先”。在史部提要中，它辨析体例紊乱的各种情形，一一予以批评。裴松之注《三国志》“或详或略，或有或无”，前后体例不一（12）。唐人许嵩作《建康实录》，以编年纪事，“其间如晋以前诸臣事实……皆用实录之体。而宋以后复沿本史之例，各为立传”（13），《总目》批评这些缺陷，指称它们“为例不纯”。清人傅维鳞作《明书》，“世家止列王公，其侯伯以下则别入勋臣传。……列传分二十一门，无一专立之传”（14）。从而大异于《史记》确立的“体例”规范。李延寿的《北史》虽然汇合诸书，材料充实，但却在体例上“以姓为类，分类无法”，如长孙俭附长孙嵩传，薛道衡附薛辨传，结果是“览其姓名，则同为父子。稽其朝代，则各有君臣。参错混淆，殆难辨别”（15）。《总目》将这类缺陷称之为“体例舛杂”。
    《总目》批评史著中的体例紊乱，更表彰体例严谨缜密的作品。唐人李吉甫所撰《元和郡县志》被《总目》称为“舆地图经”中体例“最善”者，“后来虽递相损益，无能出其范围”（16）。元人所撰《金史》，“经营已久，与宋、辽二史取办仓卒者不同，故首尾完密，条例整齐，约而不疏，赡而不芜”。《总目·金史》，赞许它“在三史之中，独为最善”。至于将不同时代、不同文笔的宏富史料熔为一炉，“叙之井井，不漏不烦”的《资治通鉴》，更受到高度推崇。
    《总目》虽然强调史家自有体例，却决不将史例僵化、模式化。着眼于“以史存史”的总体性宗旨，《总目》对“切于时务”或合理转换视角的史例创新无不加以推扬。如《明史》根据晚明科技发展的新态势，在《历志》中增加图。宋人倪思作《班马异同》，将《史记》与《汉书》加以比较。袁枢鉴于纪传体和编年体的缺陷，创立纪传体。清人马骕结合多种体例的史书体载，“自为一家之体”，均以成功的“创例”获得赞许。
    以史为鉴、以史蓄德与以史存史，既是《总目》所确认的史家宗旨所在，也映现出史学所特具的三大社会功能，这就是经验借鉴功能、伦理教育功能、文化积累与传播功能。此三项功能虽各有重心，但彼此之间互相渗透，相互包容。一部记载一代“典章之沿革，政事之得失，人材之优劣”的史著，既使后来者“有征焉”，又“未始非后来之鉴”，对于“风教”也不无有益。
    以史为鉴、以史蓄德和以史存史的史家宗旨也揭示出如下真情：尽管中国古代史籍具有旧史学的种种缺陷，但如果指斥它们只不过是一堆“历史纪录”或“寸寸断之”的史料，显然是一种历史的误解。