《四库全书总目》在目录学史上有着极为重要的地位，同样，由于《总目》以书目形式，“考本书之得失，权众说之异同，以及文字增删，篇帙分合，皆详为订辨”，（注：《四库全书总目》卷首《凡例》。）指陈得失，比较优劣，提出了很多有价值的见解，故而在史学批评史上也有着不能忽视的地位。
    区分类聚以示史法
    唐代著名史学评论家刘知几撰写《史通》，对唐以前史籍及史学发展进行评述，所常用的方法就是“区分类聚”，以类相从，评其流变。刘知几的这一做法，深得《总目》赞赏，称“刘知几深通史法”，并受其影响，在评论史书时使用了这一方法。《总目》史部的《纪事本末类小序》、《别史类小序》、《杂史类小序》、《传记类小序》中多次讲到“以类区分”、“必以类分”、“皆得类附”、“著书有体，焉可无分”、“略为区分”等，足见《总目》对这一方法的重视。《总目》的分类还体现出一种批评的原则，也是评论史籍的一种方法。
    《总目》把史部分正史、编年、纪事本末、别史、杂史、诏令奏议、传记、史钞、载记、时令、地理、职官、政书、目录、史评十五类，将所有的史书全部纳入这十五类中进行评论。每类中又根据具体情况再作分类，如传记类著作又分圣贤、名人、总录、杂录、别录五类。《总目》这样做，决非仅仅是把历代典籍按类划分，便于编录而已，它有自己的看法和思想在里面。
    一是尊正史、重编年的思想。《总目》特重正史，在《史部总叙》中说：“首曰正史，大纲也。次曰编年、曰别史、曰杂史、曰诏令奏议、曰传记、曰史钞、曰载记，皆参考纪传者也。曰时令、曰地理、曰职官、曰政书、曰目录，皆参考诸志者也。曰史评，参考论赞者也。”（注：《总目》卷45《史部总叙》。）明确指出正史是“大纲”，其它类别在地位上与正史是不平等的，编年至载记参考了正史的纪传，时令至目录参考了正史的志，史评参考了正史的论赞，皆受正史启发而分类。《总目》还进一步指出，“正史体尊，义与经配”，（注：《总目》卷45《正史类小序》。）将正史提高到与经并列的地步。尽管《总目》推尊正史，但对编年也特别重视。刘知几在《史通·二体》中将纪传、编年作为中国传统史书最为重要的两种体裁进行论述，《总目》深加赞赏，以为“编年、纪传均正史也”，只不过是纪传体历代相续，记载不断，而编年体时断时续，没有贯穿历代而已。（注：《总目》卷47《编年类小序》。）
    二是寓经世思想于分类之中。如史部“地理类”之下划分为若干小类，其分类就体现了正宗思想，“其编类，首宫殿疏，尊宸居也；次总志，大一统也；次都会郡县，辨方域也；次河防，次边防，崇实用也；次山川，次古迹，次杂记，次游记，备考核也；次外纪，广见闻也”。（注：《总目》卷68《地理类小序》。）这种分类明显地体现出两种思想，一是拱卫王室，天下一统的思想，二是分辨方域、经世致用的思想。再如“职官类”下分官制和官箴两类，其目的一是“稽考掌故”，以备文献，二是“激劝官方”，（注：《总目》卷79《职官类小序》。）以肃清吏风。体现的同样是经世的思想。
    三是分类以明通变，在分类的基础上分析著述流变。所谓“四部之首各冠以总叙，撮述其源流正变，以挈纲领。四十三类之首亦各冠以小序，详述其分并改隶，以析条目。如其义有未尽，例有未该，则或于子目之末，或于本条之下，附注案语，以明通变之由”。（注：《四库全书总目》卷首《凡例》。）如“史钞类”，从孔子删《诗》、《书》讲起，其后有卫飒的《史要》、张温的《三史略》、葛洪的《汉书钞》、张缅的《晋书钞》。阮孝绪的《正史削繁》等，史钞不断发展。到宋代，史钞更加发展，有“离析而编纂”者，有“简汰而刊削”者，有“采摭文句而存”者，有“割裂词藻而次”者，名目繁多。到明末，编纂史钞之风更盛，“趋简易，利剽窃，史学荒矣”。（注：《总目》卷65《史钞类小序》。）经《总目》这样探源考流一分析，“史钞”的源流、得失就清楚了。
    历史考察以见褒贬
    《总目》运用历史考察的方法评论历代典籍，主要有两种情况，一是宏观把握学术流变，进而确定史家史著在这其中的位置。二是辨章学术，梳理学术发展的脉络，进而确定各流派、各思潮在本学科演进历程中的位置。
    我们先看第一种情况。《总目》在评论这方面的问题时，就是通过宏观把握史书体裁的流变来确定史家史著在这方面的成就的。比如，《总目》指出，中国古代史书编纂形式，除最古老的记言、记事外，对后世有重大影响的最早是编年体史书，及至司马迁出现，创立纪传体，遂有编年、纪传共同发展的趋向。所谓“自汉以来，不过纪传、编年两法，乘除互用”，编年、纪传各有弊端，“纪传之法，或一事而复见数篇，宾主莫辨。编年之法，或一事而隔越数卷，首尾难稽”。到了宋代的袁枢，又因《通鉴》旧文，排比史事，详其始终，创立纪事本末体，该体裁“区别门目，以类排纂，每事各详起讫，自为标题，每篇各编年月，自为首尾”，其优点是“经纬明晰，节目详具，前后始末，一览了然。遂使纪传编年贯通为一，实前古之所未见也”。（注：《总目》卷49《通鉴纪事本末》条。）此后，仿效之作层出不穷。通过这种纵向的动态考察，确立了袁枢在历史编纂学上的开风气的地位。