《总目》极其重视史书的取材，在提要中对史书取材作了许多评论分析。司马光撰《资治通鉴》，广泛占有资料，《总目》在史部提要的叙中率先指出这一点，认为该书“一事用三四出处纂成，用杂史诸书凡三百二十二家”，正是因为有了这浩博的材料，司马光等人才能“先为长编，后为考异”，成此史学“绝作”。（注：《总目》卷45《史部总叙》。）李心传撰《建炎以来系年要录》，取材广泛，《总目》给予高度评价，指出“其书以国史、日历为主，而参之以稗官、野史、家乘、志状、案牍、奏议、百官题名。无不胪采异同，以待后来论定。故文虽繁而不病其冗，论虽歧而不病其杂。在宋人诸野史中，最足以资考证”。（注：《总目》卷47《建炎以来系年要录》条。）由于《总目》重视博采史料，故而对那些取材稍嫌冗杂的史书，也不过多苛求，而是给予合理评价。明人徐应秋撰《王艺堂谈荟》，“嗜博爱奇”、“兼及琐屑之事”，资料以“采自小说杂记者为多”，但《总目》指出：“博洽之功，颇足以抵冗杂之过”。（注：《总目》卷123《玉艺堂谈荟》条。 ）清人张尚瑗撰《三传折诸》，有“支离曼衍”的缺点，但《总目》认为其“取材既广，储蓄既宏。……披沙拣金，往往见宝，固未可以其糠粃遂尽弃其精英”。（注：《总目》卷29《三传折诸》条。）同样，对那种取材不备的史书，《总目》都给予了批评。如明人沈越撰《嘉隆两朝闻见纪》，有人称为“野史之良”，但《总目》认为该书取材“未为赡备”，不足以当“野史之良”，（注：《总目》卷48《嘉隆两朝闻见纪》条。）等等。对取材不精的史著，《总目》也给予了批评，它认为：“即系史名，事殊小说。……大抵取其事系庙堂，语关军国。……若夫语神怪，供恢啁，……则别有杂家、小说家存焉”。（注：《总目》卷51《杂史类序》。）这段话很清楚地指明了史书取材的范围与性质，那些虚幻荒诞、怪异神说、里巷琐语、稗官所述、小说杂言等，在取材时当慎之又慎。
    由于《四库全书》成于乾隆时期，参与四库编修的又大多为汉学考据家，因此，《总目》特别注重考证。综观整个《总目》提要，几乎每一条评论之中，都灌注了作者辛勤考订的心血。正是因为有了这些精审的考订，才为评论提供了确凿的证据，提高了史学批评的学术价值。《总目》提出“考证则欲其详”，认为作史必须做到“虽有疑狱，合众证而质之”，“虽有虚词，参众说而核之”，这样才能“得其精”。（注：《总目》卷45《史部总叙》。）故而凡是史学上以考证见长或在考证上有成就的史著都得到《总目》肯定，反之则给予尖锐批评。这又是《总目》批评的一种倾向。
    援据纷纶以说史意
    余嘉锡先生在论《总目》的学术批评时，曾说《总目》的一大特色是“援据纷纶”。确实，在《总目》的批评系统中，博引前人之论的归纳成为一个重要的方法。《总目》总是自觉地将诸家议论系统化，纳入到自己的史评体系中，以佐证自身的论断。如许嵩所撰《建康实录》，《总目》认为“引据广博，多出正史之外，唐以来考六朝遗事者，多援以为证”。（注：《总目》卷50《建康实录》条。）为说明自己的评价正确，便引征张彦远在《历代名画记》、郑文宝在《南塘近事》、刘羲仲在《通鉴问疑》中对该书的引用以为佐证，使人们真切感到《建康实录》确乎有极高的史料价值。再如袁枢所撰《通鉴纪事本末》，《总目》深加激赏，认为“经纬明晰、节目详具，前后始末，一览了然。遂使纪传、编年贯通为一，实前古之所未见也。”为此，引用了王应麟《玉海》、《宋史·袁枢传》以及朱熹的话以为佐证，使品骘更有分量。（注：《总目》卷49《通鉴纪事本末》条。）
    对于前贤的评论，《总目》并非只引来以佐己说，有时它还要对这些评论加以驳难，推翻旧说以立新说，这也可看作是《总目》博引前人之论的归纳方法的另外一面。如宋人宋敏求撰《长安志》一书，司马光认为其书“精博宏赡”，程大昌认为“其引类相从，最为明晰”。《总目》在征引了这些评论后，提出了不同看法，指出其书“不免时有驳复”。（注：《总目》卷70《长安志》条。）等等。可见，《总目》看重前人的评价成果，但它又有自己的见解，大胆提出自己的看法。
    总之，《总目》所运用的史学批评方法是多样的，从各个不同的角度来审视历代典籍，提出了不少独到的见解，对于人们正确认识古代典籍的价值起了很大帮助作用。但是，我们也不能不看到，《总目》带有浓厚的封建正宗思想，所谓“今所采录，惟离经畔道、颠倒是非者，掊击必严；怀诈挟私，荧惑视听者，屏斥必力。”（注：《总目》卷首《凡例》。）所谓“离经畔道，颠倒是非者”，自然是不符合封建伦理道德，不符合名教的著作；所谓“怀作挟私，荧惑视听者”，自然是对清统治者有抵触情绪的作品。对此，《总目》就失去了评价的公正性，不是从学术的角度，而完全从政治的角度加以攻击。可以说，浓重的政治色彩障蔽了《总目》的批评眼光，使得自身的批评带有先天的局限，自觉充当了清代文化专制政策的马前卒。当然，任何学术批评都难于逃脱时代与阶级的局限，都不可能没有自身的价值观念，对此，我们也要从“原情准势”、“知人论世”的角度进行理解，不能一味苛责。另外，《总目》在进行史学批评时，尽管运用了多种方法，但它的批评仍然是保守的，它并没有像章学诚那样，自觉地通过评论向人们指出一条传统史学的发展出路。