《总目》利用比较方法评论作品价值最成功的例子就是对欧阳修的《新五代史》和薛居正的《旧五代史》的认识。《总目》认为，在记事上，《旧五代史》是“奉诏撰述，本在宋初。其时秉笔之臣，尚多逮事五代，见闻较近，纪传皆首尾完具，可以征信”。而《新五代史》“大致褒贬祖《春秋》，故义例谨严。……而事实则不甚经意”。“薛史如左氏之纪事，本末该具，而断制多疏。欧公如公、谷之发例，褒贬分明，而传闻多谬”。在体裁上，《新五代史》“止述司天、职方二志，而诸志俱阙。凡礼、乐、职官之制度，选举、刑法之沿革，上承唐典，下开宋制者，一概无征”，“不及薛史诸志为有裨于文献”。在风格上，《新五代史》“其词极工”，“文章高简”，《旧五代史》“文体平弱，不免叙次烦冗之病”。但无论两书多么不同，其价值不能互替，“盖二书繁简，各有体裁，学识兼资，难于偏废”。（注：《总目》卷46《旧五代史》、《新五代史》条。）《总目》对新、旧《五代史》的这种详密周全的比较，将两书的特点清楚明白地揭示出来，而且又不抑此扬彼，反映了一种良好的学风。
    比较学说异同，以见不同学术流派的意旨，是《总目》史学批评的又一方面。比如，《春秋》学中，左氏古文派与公羊、谷梁今文派水火不容，长期攻讦，《总目》运用比较方法进行评析，辨析学说异同，归纳学派特征，“《春秋》三传，互有短长。……左氏说经，所谓君子曰者，往往不甚得经意，然其失也，不过肤浅而已。公羊、谷梁二家，钩棘月日以为例，辨别名字以为褒贬，乃或至穿凿而难通。三家皆源出圣门，何其所见之异哉？左氏亲见国史，古人之始末具存，故据事而言，即其识有不逮者，亦不至大有所出入。公羊、谷梁则前后经师，递相附益，推寻于字句之间，故凭心而断，各徇其意见之所偏也。然则征实迹者其失小，骋虚论者其失大矣”。（注：《总目》卷49《案语》。）在这里，《总目》通过比较，将左氏征实而肤浅，公羊、谷梁穿凿而难通的学术特征归纳出来，并进一步将两派风格歧异的原因揭示了出来，使批评更深入了一步。
    中国传统学术发展到清代，所谓汉学、宋学之争颇为激烈，主汉学者重考证，主宋学者重义理。《总目》在梳理这两大学术发展时，运用比较的方法，揭示其异同，评析其优长短缺，极富启发意义。所谓“夫汉学具有根柢，讲学者以浅陋轻之，不足服汉儒也。宋学具有精微，讲学者以空疏薄之，亦不足服宋儒也。”（注：《总目》卷1 《经部总叙》。）“汉代诸儒，去古未远，其所训释，大抵有所根据，不同于以意揣求；宋儒义理虽精，而博考详稽，终不逮注疏家专门之学”。（注：《总目》卷22《读礼志疑》条。）“考证之学，宋儒不及汉儒。义理之学，汉儒亦不及宋儒”。（注：《总目》卷35《四书集注》条。）将汉学“具有根柢”的实证笃实的学风和宋儒“具有精微”的长于思辨的风格用比较的方法揭示出来，指出两种学说各有短长，互有得失，见解允当。
    比较批评方法是一种开阔视野，更准确、更深刻认识对象的方法之一，它可以克服史学批评的狭隘性，有助于揭示史学现象的同异，从而为深入探求史学现象创造条件。《总目》比较典籍优劣，明人之所未明，发表了许多有价值的见解。
    论世知人以见批评用心
    史学批评是主体作用于客体的过程，在批评过程中，批评主体的价值观念、思想意识，势必要影响到评论的结果。为使主体不致于过分曲解客体，中国古代的史学家、思想家早就提出知人论世的学术批评原则，即考察史家及史著产生的时代背景和客观环境，在这种背景和环境中讨论史家和史著的价值，以达到最大限度地接近历史真实。《总目》在进行史学批评时，多次宣明要“寓论世知人之义”，（注：《总目》卷190《甬上耆旧诗》条。）“俾读者论世知人”， （注：《总目》卷58《东林列传》条。）“每书先列作者之爵里以论世知人”。（注：《总目》卷首《凡例》。）并广泛使用了这一方法。
    《总目》的论世知人的批评方法，十分着意于从时代环境的制约与社会风尚的趋会等共时性方面对古代典籍的风貌或缺陷作出合理性说明，体现了一种设身处地的历史精神。这主要表现在三个方面。
    其一，考察制约史著优劣的政治文化因素。如《总目》指出，《北齐书》之所以“文章萎恭，节目丛脞”，是由于北齐“立国本浅”，“纲纪废弛，兵事俶扰”，那些被倚为立国之士者，“亦鲜始终贞亮之士，均无奇功伟节资史笔之发挥”，再加上作者的才、学不及古人，其缺陷自然难以避免。（注：《总目》卷45《北齐书》条。）史书质量的高低，史家固然首当其责，但政治文化的因素也极为重要。又如《辽史》之所以“重复琐碎”，是因为有辽一代，“书禁颇严”，“凡国人著述，唯听刊于境内。有传于邻境者，罪至死”。这样的文化政策，就使得辽代典籍无法“流播于天下”，战乱一起，便“旧章散失，澌灭无遗”，“可备修史之资者寥寥无几”。“无米之炊，足穷巧妇”，后世修史者“不得已而缕割分隶，以求卷帙之盈”，“其间左支右离，痕迹灼然”。重复琐碎也就在所难免，“不足怪也”。（注：《总目》卷46《辽史》条。）这就从当时的政治文化背景揭示了造成史著出现偏失的深刻原因。
    其二，考察制约史著优劣的社会文化因素。如《总目》指出，《南齐书》多“附会纬书”，“推阐禅理”，之所以如此，是因为“齐高好用图谶，梁武崇尚释氏”，萧子显“牵于时尚，未能厘正”。（注：《总目》卷45《南齐书》条。）社会文化风尚影响到史著的思想内容。又如宋人杜大珪撰《名臣碑传琬琰集》，“一代钜公之始末，约略具是”，一些被后世视为奸邪的人物，如丁谓、王钦若、吕惠卿、章惇、曾布亦被收录，“并得预于名臣”，对此，《总目》虽认为“去取殊为未当”，但并未就此止步，而是“知人论世”，分析了制约史家思考和认识的社会文化因素，“盖时代既近，恩怨犹存，其所甄别，自不及后世之公。此亦事理之恒，贤者有所不免，固不能独为大珪责矣”。（注：《总目》卷57《名臣碑传琬琰集》条。）这样的评析让人看到了史学批评中某些带有规律性的东西。